iqtree

R绘图中的分面记录

Desktop/plot_data_20210524/noncoding_case.csv",header=T,na.strings=c("NA"))a4method,levels=c("Fusang","Iqtree

Atourist·2024-01-14 03:40

同源基因鉴定 | OrthoFinder 2.0 + MAFFT + IQtree

写在前面写这个贴子纯粹为了记录一下自己的双面打工人的生活，然后再总结一下自己的工作方法还有哪些地方存在问题，希望下次再遇到这些小问题的时候可以更快速地应对。同源关系如何定义|Howtodefineortholog？可以参考这篇文章中的记录：https://www.jianshu.com/p/82d4cf6c3eda简单来说，就是speciationevents得到的是一对或者一组基因，称为orth

陈有朴·2023-12-18 07:09

Iqtree2：新模型高效构建系统发育树

系统发育推断（phylogeneticinference）的算法五花八门，从最简单的UPGMA法，到邻接法（neighborjoining）、最大简约法（maximumparsimony），再到复杂的的最大似然法（maximumlikelihood）与贝叶斯推断法（Bayesianinference），每种方法都有不少可选择的实现工具。这些方法无一例外都遵循一个规律：越精确则速度越慢。而随着分析的

SYSU星空·2023-08-23 01:43

轮状病毒进化分析-Rotavirus

通过modelfinder（iqtree内置）、jModeltest2测试，通过似然率（LRT）检验、BIC、AIC、DT指标筛选模型。最终选择GTR+I+G4。

蚂蚁爱吃饭·2023-06-23 11:18

2020-12-08 IQtree学习笔记

IQtree笔记根据windows软件phylosuite跑的IQtree代码，修改后在服务器中跑phylosuite原代码Command:D:\software\PhyloSuite_v1.2.2_Win64

云若蓝·2023-03-30 16:38

2021-01-04 IQ-TREE2 快速构建进化树

今天记录一下IQTREE的使用其实IQtree的网站做的很好，很方便学习：http://www.iqtree.org/#download主页他们的网站还提供了在线构建进化的功能，通过webserver实现我这里下载一个

小郑的学习笔记·2023-03-28 01:24

linux版本mrbayes和iqtree跑多基因树

基本思路就是利用phylosuite软件下载序列，串联寻找mrbayes和iqtree软件的模型，然后用多线程的mrbayes和iqtree跑树。

多啦A梦的时光机_648d·2023-01-16 21:54

IQtree：使用 SNP 数据构建有根系统发育树及踩坑

IQtree默认构建的是无根系统发育树，但v2.1.3版本后IQtree提供了使用LieMarkovModel算法对系统发育树实现无外群生根功能（Rootingphylogenetictrees）。

浓香鸭腿面·2023-01-11 17:24

IQtree：使用 SNP 数据（vcf file）构建玉米群体的无根系统发育树

IQtree是一款用于构建系统发育树的软件，支持Phylip、Fasta、Nexus、Clustalw等多序列比对后的数据格式。

浓香鸭腿面·2023-01-11 17:53

MUSCLE、IQtree 软件及使用简介

本文以4个兰科物种的252个NB-ARCdomian蛋白序列信息为数据集，介绍MUSCLE、IQtree的使用，最后构建出包含246个蛋白的无根进化树（其中6个蛋白没有通过IQtree的chi2检验而被过滤掉了

浓香鸭腿面·2023-01-11 17:23

6-【FasTtree、RAxML-NG、IQtree】的安装和使用（2021.3.16更新）

3.16更新说明：增加了第五部分内容，IQtree可以帮助用户选择最佳的进化模型，速度也较快，有文献报道准确度比传统的RAxML高。

lkj666·2022-01-05 08:08

生信log6细菌全基因组建树|基于GTDB-KT抽单拷贝蛋白序列-iqtree2 && fasttree建树

前言最近在跑一个很大的数据集，大概有3500条以上的基因序列，因为数量太大，跑树有点搞不定，特此来记录一下这个过程超过3000个基因组iqtree直接跑断直接跑了iqtreecoredumpfasttree

周芷希Hazel·2021-08-08 20:01

模型选择准则:利用IQtree结果计算AIC&BIC

赤池信息准则（AkaikeInformationCriterion，AIC）贝叶斯信息准则（BayesianInformationCriterion，BIC）原理参考：https://blog.csdn.net/baidu_38172402/article/details/89075582https://blog.csdn.net/xianlingmao/article/details/78912

土雕艺术家·2021-05-04 12:51

RAxML进化树构建的新一代——raxml-ng

近年来，其江湖地位也受到来自其他软件，尤其是IQ-Tree的挑战（关于IQTREE更多内容可参见新一代建树工具I

montreal_sxr·2020-08-21 15:49

安装open-mpi 2018-03-01

为了安装iqtree的多线程版本，我先安装了openmpi下载：https://www.open-mpi.org/software/ompi/v3.0/openmpi-3.0.1rc3.tar.gz然后参考了

Bettrry·2020-03-23 13:14

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