metaphlan

数据下载两三事

这次遇到的是metaphlan的数据库在Dropbox，然后

yilunanxia·2024-01-30 00:42

hclust2.py做聚类热图-基于MetaPhlAn结果或类似结构数据

MetaPhlAn怎么安装使用看这里：202310-宏基组学物种分析工具-MetaPhlAn4安装和使用方法-Anaconda3-centos9stream-CSDN博客数据格式MetaPhlAn运行完成后合并物种丰度结果

小果运维·2023-11-09 23:04

202310-MetaPhlAn4安装和使用方法-Anaconda3- centos9 stream

MetaPhlAn4是一种基于DNA序列的微生物组分析工具，它能够从宏基因组测序数据中识别和分离微生物的组成。

小果运维·2023-10-29 11:03

metaphlan2

wgethttps://bitbucket.org/biobakery/metaphlan2/get/default.zipunzipdefault.zipmvbiobakery-metaphlan2-

nitrostarch·2023-08-30 12:20

2022.03.24【基因组组装】|获取比对到参考基因组的contig序列

使用nr数据库比对以及metaphlan3进行物种注释都找到

穆易青·2023-08-25 07:27

MetaPhlAn4 Meta taxon

Github:https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4安装#超算安装source/public/home/zzumgg03/huty

小白菜学生信·2023-03-09 14:48

利用metaphlan2结果计算alpha多样性

利用metaphlan2结果计算alpha多样性前期回顾结果展示格式转化什么是α多样性什么是Shannon指数Shannon指数如何计算前期回顾MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒

大尾猫·2022-11-26 21:08

metaphlan2实战案例

blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1110159.html（存在问题，以英文文档为主）#参考英文文档：https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/metaphlan2

寂静的繁华·2022-02-10 23:36

MetaPhlAn1宏基因组物种注释

导读1MetaPhlAn获得宏基因组物种和物种丰度2MetaPhlAn结果合并和可视化3GraPhlAn绘制进化树4LEfSe寻找分类biomarker并可视化5HUMAnN代谢分析bitbucket地址

小白菜学生信·2021-11-24 19:31

MetaPhlAn2宏基因组物种注释

导读上一篇介绍了MetaPhlAn：宏基因组微生物分类分析教程，这次来学习MetaPhlAn2的使用方法。

胡童远·2021-11-24 19:17

MetaPhlAn3宏基因组物种注释

Github:https://github.com/biobakery/MetaPhlAnManual:https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn

小白菜学生信·2021-11-24 19:06

microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram

为啥写这个平日经常会分析shotgun宏基因组的数据，我们的pipeline使用MetaPhlAn，Kraken等profiler。

刘永鑫Adam·2020-07-06 07:26

HUMAnN3的安装经验分享

HUMAnN3的安装经验分享HUMAnN3的安装过程HUMAnN3的安装依赖项的安装安装Bowtie2安装biom-format安装MetaPhlAn3安装DiamondHUMAnN3的使用前三个数据库的安装和设置后一个数据库的安装致谢

南开狼与周德训·2020-06-20 19:52

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