samtool

[实战1] Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II variant, and regulates me...

prefetch][得到fastq格式的测序数据----sratoolkitfastq-dump]fastq数据的质量控制----fastqc；trim_galore多参数比对以及质控----bowtie建立索引;samtool
shine_9457·2021-02-05 15:13

CentOS安装samtools

sudoyuminstallbzip2-develsudoyuminstallncurses-libssudoyuminstallncurses-devel然后在samtool同级目录下安装tslibhttp
可有瑞奥色提·2020-08-01 04:22

计算基因上外显子碱基覆盖度（exon coverage depth）：Samtool工具使用

假设想要计算ATP1A4基因上的外显子碱基覆盖度首先查询这个基因所有exon的起始和终止位置，查询链接：http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000132681;r=1:160121360-160156767;t=ENST00000368081如下图所示，可以看到该基因有6个转录本，假定选择第
weixin_34195364·2020-06-28 13:16

Samtools, bedtools, UCSC tools安装

下载我是按照图片中的路径下载后上传的http://samtools.sourceforge.net/大佬让下载的软件们这个链接有好多东西，木有关系，坚定地选择Samtools就好啦，samtools1.10samtool1.10
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2020-04-01 08:21

RNA-seq分析流程

condaactivatepython3或者用sourceactivatepython3#安装所需软件(conda可以同时安装多个软件，但是建议初学者还是选择逐一安装，避免出现错误)condainstallbowtie14samtool
Laurel*·2020-02-22 15:13

htslib和Samtool安装步骤

htslib和Samtool安装步骤（一）htslib安装：参考【1】1.下载：gitclonehttps://github.com/samtools/htslib.git 2.安装指令：autoconf
bob601450868·2016-03-09 14:00

利用 secedit.exe 配置本地审核策略

效果图：代码（samtool.bat）：复制代码代码如下:@echooffif{%1}=={}goto:helpif{%2}=={}goto:helpifexistSAMTool.sdberaseSAMTool.sdb
·2013-09-01 18:55
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