htslib

生物信息基础：pysam读写基因组文件

Pysam[1]是一个Python模块，它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API，可用于读写基因组相关文件，如Fasta/Fastq，SAM/BAM/CRAM，VCF等。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:37

生信（十一）htslib处理bam或sam文件的简单示例

原创：hxj7本文给出了一个示例，介绍如何使用htslib编写c程序来处理bam/sam文件。
生信了·2023-10-16 09:14

samtools安装

先从这里：http://www.htslib.org/download/将samtools的安装包下载到本地，解压之后进人文件夹，直接.
木子木木夕然·2023-09-21 08:32

网站服务器配置计算,服务器配置计算公式

服务器配置计算公式内容精选换一换简要介绍HTSlib是一个C库，用于读取和写入高通量测序数据。HTSlib是SAMtools使用的核心库。
许多的小兵器·2023-08-04 00:16

生信人应该这样安装软件

/samtools-1.10/htslib-1.10/test/bgz
简boo·2023-04-10 11:21

Samtools安装

下面介绍这款软件的下载、编译、安装和运行方法，详情见其官网(http://www.htslib.org/download/)。
adong·2023-02-04 17:13

读源码学C之阅读李恒的bioawk

目前尚没有能力直接去阅读htslib的源代码，看到bioawk的代码稍微简单点，因此准备先从这里下手，bioawk的项目地址为https://github.com/lh3/bioawk。
xuzhougeng·2022-02-16 16:46

sam文件转换为bam文件——SAMtools

SAMtools官方网站：http://www.htslib.org/1.下载安装链接：http://www.htslib.org/dow
Wei_Sun·2022-02-04 02:27

htslib 的使用( C++ 处理BAM文件）

C++中可以读写BAM的库有htslib、bamtools、Seqan3等。Seqan3的文档信息比较
茄子_0937·2021-11-18 14:45

htslib/sam.h--操作bed文件

一、介绍bed文件必有3个字段，以及9个可选字段。必有字段1.chrom：染色体2.start：起始位置3.end：终止位置需要注意的是，bed文件是0-base坐标系统，例如以下164849556485369表示的区间坐标实际上是1号染色体的[6484956,6485369)区间其他可选字段目前没有接触过二、判断是否在bed区域比如想判断1：101是否在bed区域#include#include
晏九·2021-04-20 18:44

生信（11）htslib处理bam或sam文件的简单示例

本文给出了一个示例，介绍如何使用htslib编写c程序来处理bam/sam文件。
生信了（公众号同名）·2020-08-18 10:15

CentOS安装samtools

sudoyuminstallbzip2-develsudoyuminstallncurses-libssudoyuminstallncurses-devel然后在samtool同级目录下安装tslibhttp://www.htslib.org
可有瑞奥色提·2020-08-01 04:22

pysam - 多种格式基因组数据（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）读写与处理模块（python）

本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3和bcftools-1.3
weixin_33674437·2020-07-30 20:42

Samtools说明文档网址变更

很多地方都有这个连接：samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml但是连不上了，所以现在的地址为：http://www.htslib.org
KeepLearningBigData·2020-07-11 03:49

10 月 25日 安装samtools 缺少 lzma.h 源码编译

步骤及问题1.首先下载samtools的源码文件http://www.htslib.org/downl
小郑的学习笔记·2020-04-07 20:05

利用python中的pysam模块做一些简单的数据统计（BAM文件）

它打包了htslib-1.3、samtools-
糕糕python·2020-03-24 13:01

安装新版本samtools和bcftools(1.3.1版本)

官方网站和github上的INSTALL/README有问题，要按照下面的方法安装gitclone--branch=developgit://github.com/samtools/htslib.gitgitclone
leoatchina·2020-03-24 10:28

samtools安装（已更新）

安装samtools时，第一次提示没有htslib-1.4/htslib/bgzf.h:35:18:fatalerror:zlib.h:Nosuchfileordirectory#include下载了zlib
砖头机的灵感·2020-02-13 10:32

使用LUMPY检测结构变异

软件在编译的时候会先安装HTSLIB，根据Makefile,需要预先安装好curl和zlib.此外还推荐安装Python的Pysam和Numpy，Samtools(0.1.18+)，SAMBLASTER
徐洲更hoptop·2020-02-11 02:09

samtools的功能大全：查看bam文件外还能做什么

必须学习这篇英文：http://www.htslib.org/doc/samtools.html【继续更新ing】samtoolsview-h查看bam文件，包含头文件，去掉-h，不包含samtoolsview-hs.bam
Amy_Cui·2019-10-09 17:24

使用Pysam操作BAM文件

Pysam操作BAM文件Pysam包是一个处理基因组数据的python模块，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3和bcftools-1.3的核心功能，能在编程时非常灵活的处理bam和bcf
Sakurag1·2018-07-27 16:09

C++使用htslib库读入和写出bam文件的实例

有时候我们需要使用C++处理bam文件，比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列，根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等，这时我们可以使用htslib库。
ywliao·2017-11-16 08:28

学习——pindel,delly,GATK安装

（一）pindel安装1)安装htslib:gitclonehttps://github.com/samtools/htslibhttps://github.com/genome/pindel主要参考github
union0402·2017-06-04 20:09

问题之htslib安装时没有zlib

问题之htslib安装时没有zlib问题：HTSlibusescompressionroutinesfromthezliblibrary.
bob601450868·2016-03-09 21:00

Samtools说明文档网址变更

很多地方都有这个连接：samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml但是连不上了，所以现在的地址为：http://www.htslib.org
bob601450868·2016-03-09 15:00

htslib和Samtool安装步骤

htslib和Samtool安装步骤（一）htslib安装：参考【1】1.下载：gitclonehttps://github.com/samtools/htslib.git 2.安装指令：autoconf
bob601450868·2016-03-09 14:00
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