stlearn

10X空间转录组之共定位分析（细胞类型和配受体基因）

文章在空间转录组细胞类型的spotdistance-basedanalyses，距离分析，空间转录组细胞类型的距离分析之二---代码实现，当然，还有一些其他的分享来介绍配受体的空间分布关系，例如10X空间转录组细胞通讯之stlearn

单细胞空间交响乐·2024-01-04 13:24

st.pp.normalize_total(data) # NOTE: no log1p

这段代码在使用stlearn包中的st.pp.normalize_total函数对数据进行总体计数标准化。标准化后，每个细胞的总计数都将等于median(total_counts)。

生信小博士·2023-12-21 09:17

10X空间转录组之空间临近通讯分析stlearn进阶版

新的一年，2022年，第一周，继cellphoneDB更新到3.0，辅助做空间生态位细胞通讯之后，stlearn也更新了其做空间转录组临近细胞通讯的分析教程，我们来看一下，看看有什么新颖的地方。

单细胞空间交响乐·2023-09-07 14:11

2022空间转录组分析02：stLearn-空间临近通讯

关于本教程的数据说明，见：https://www.jianshu.com/p/2ac31d3a5560stLearn是python语言编写的，更新速度贼快，网上很多笔记教程已经运行不通了，前两天一口气更新了三个版本

_十三·2023-06-08 04:30

空间转录组教程|| stLearn ：空间轨迹推断

NMF解卷积空间表达数据Seurat新版教程：分析空间转录组数据单细胞转录组数据分析||scanpy教程：空间转录组数据分析10XVisium:空间转录组样本制备到数据分析定量免疫浸润在单细胞研究中的应用stLearn

周运来就是我·2023-02-05 02:41

2022空间转录组分析01：stLearn CCI分析教程数据说明

教程链接：https://stlearn.readthedocs.io/en/latest/tutorials/stLearn-CCI.html教程更新速度太快，很多网络上的帖子已经不能运行了，官网教程的数据又没有提前交代

_十三·2022-03-03 21:04

10X单细胞空间回顾之stlearn

今天我们还有复习一下stlearn，很棒的软件stSMEclusteringtutorial(空间平滑)stSMEisanovelnormalisationmethodimplementedinstLearnsoftware.It

单细胞空间交响乐·2021-12-30 17:21

10X空间转录组细胞通讯之stlearn（寻找区域交流热点中心）

hello，大家好，就在昨天（2021.5.10）李彦宏举办了第一届生物计算大会，不知道大家听了没有，其实我认为最值得关注的一点就是同一样本的多组学检测，就是说同一样本，同时检测外显子，转录组，ATAC，蛋白组等，才能真正解决生物学问题。这也是未来发展的趋势，好了，我们开始今天的分享，10X空间转录组之区域交流中心。其中关于10X空间转录组的细胞通讯分析，之前的文章都分享过，大家可以参考10X空间

单细胞空间交响乐·2021-05-11 16:01

STUtility || 空间转录组多样本分析框架（一）

应用空间统计学分析空间表达数据空间信息在空间转录组中的运用Giotto||空间表达数据分析工具箱SPOTlight||用NMF解卷积空间表达数据空间转录组教程||stLearn：空间轨迹推断Seurat

周运来就是我·2021-01-16 05:05

STUtility || 空间转录组多样本分析框架（二）

前情回顾：应用空间统计学分析空间表达数据空间信息在空间转录组中的运用Giotto||空间表达数据分析工具箱SPOTlight||用NMF解卷积空间表达数据空间转录组教程||stLearn：空间轨迹推断Seurat

周运来就是我·2021-01-16 05:01

应用空间统计学分析空间表达数据

空间信息在空间转录组中的运用Giotto||空间表达数据分析工具箱SPOTlight||用NMF解卷积空间表达数据空间转录组教程||stLearn：空间轨迹推断Seurat新版教程：分析空间转录组数据单细胞转录组数据分析

周运来就是我·2020-12-23 08:10

器学习3- 一元线性回归+Python实现

.线性模型2.线性回归2.1一元线性回归3.一元线性回归的Python实现3.1使用stikit-learn3.1.1导入必要模块3.1.2使用Pandas加载数据3.1.3快速查看数据3.1.4使用stlearn

fsgrgs·2020-03-31 16:20

机器学习3- 一元线性回归+Python实现