海南发展休闲农业虽然起步较晚来势快，但仍处于初级发展阶段，与国内外先进发达地区相比，与建设国际旅游岛的目标相比，差距甚大。主要存在以下几个方面的突出问题：
一、地方区域利益驱动，全局规划难以奏效
尽管海南休闲农业发展全局上有一定的统筹规划，然而各市县并没有按照全省的统一规划与布局，而是受到各自区域利益的驱动，各自为政，难以确保全省布局上的合理性和科学性，也没有追求区域内特色或质量上的高标准严要求，而是追求数量上的多多益善。一些地区的领导、经营者和农户急于发展经济，增加收入，凭着一股热情，没有做市场调查和投资分析，就利用现有农田、果园、牧场、养殖场一哄而上。使得项目设计趋同，布局不尽合理，功能不配套，市场定位不明，缺乏个性化和文化内涵，简单仿效，粗放经营，在开发建设上随意性较大，存在着一定的无序性和盲目性。造成同一地区内项目建设重复，功能雷同，互相竞争，效益低下。结果因低层次开发，产品品位不高，配套设施和环境较差，则逐渐衰落而停业。甚至有的地方造成了生态环境和景观的破坏性开发。
各市县政府缺乏对当地农业旅游资源开发的宏观控制和引导，与此同时不少投资者怀着投机行为，缺乏周密的市场论证和发展规划，造成投资决策的随意性和开发的盲目性，致使同一区域内休闲农业项目开发的模式雷同（诸如三亚的某某花海、某某谷、某某世界等，又如保亭的呀呐哒、槟榔谷等），除了有特殊风景或人文风貌的，其余都是大同小异；园区大多缺乏整体规划，规模比较小，主要以个人、民间资本投资为主，整体建设水平比较低，布局不够合理，设施配套不齐，服务功能缺乏创新。这些不重视事先规划的行为，带来了效益低下、同质化严重等系列负面问题。千篇一律的开发模式只会让消费者产生审美疲劳，不能留下深刻的印象。因此，休闲农业的开发必须坚持科学的发展观，按照“因地制宜、统一布局、生态循环”的原则，根据当地的自然、经济、社会条件，考虑到市场需求状况，充分体现当地的历史人文景观和自然农业资源，有针对性地进行设计，挖掘特色旅游资源，藉此形成有异于其他市场主体的特色品牌。而特色，则是在激烈的市场竞争中立于不败之地的一大法宝。
当下，各市县休闲农业产业如火如荼，但如何正确引导这股热潮的发展方向，使其能够成为带动农民增收致富、农业产业转型升级的强大助推力量，还需多方协力，共同破题。“上兵伐谋，规划先行”，此原则对于我省休闲农业发展而言，同样适用。不过，科学可行、切实有效的规划设计，是其中一道不可或缺的关键环节。科学的规划设计，一方面要与城镇发展规划、城市旅游规划、新农村建设规划衔接，科学规划休闲农业企业的空间布局，考虑交通区位和休闲农业资源条件，设计区域内休闲农业企业密度，准确选址，掌握规模，合理布局。另一方面，建设上要重视项目的设计，要整合资源，主题鲜明，功能区分明确，规划景观搭配和基础设施建设，精心选择经营项目，研究市场需求，策划经营模式。经营中必须坚持“以农为本”，以农业为基础、种养产业为核心、农民为主体、农村为特色，把发展农业产业、扶持农民增收放在首位，同时为广大游客提供更好的休闲农业产品、知识和服务。在经营内容上开阔思路，以“农”字为特色，采用先进的农业生产方式，注重农业生产能力的开发和保护，弘扬农耕文化，提高农业品位。
二、整体状况良莠不齐，个别渗杂投机行为
尽管海南休闲农业已涌现出诸如三亚热带天堂森林公园、呀诺达、槟榔谷、兴隆热带植物园等等著名景区景点，然而，不可否认的是，整体上还处于良莠不齐的状况。
一是有些是借着休闲农业的名义，实则是进行房地产的开发（如保亭某某庄园，所谓的田野风光，实则是临时租一点水稻田作为幌子，与一般的水稻田比并没有什么差异，也根本没有特色化、个性化的打造）；二是有些则是纯庄园式的酒店或宾馆，与休闲农业几乎没有任何的关联；三是有些休闲农庄经营项目仍多为棋牌、钓鱼、吃饭、住宿，占到较大比重，餐饮、棋牌、钓鱼一套流程吃完玩完消费完，游客即“悄悄的我走了，正如我悄悄的来，挥一挥衣袖，不带走一片云彩。”只吃喝玩不捎带，且再没有下次生意，“不能轻视游客的“捎带”行为，这里面有一个非常庞大的市场”，如兴隆热带植物园就能很好地处理好游客的“捎带”行为；四是休闲产品单一，缺乏文化内涵和地方特色，提供的产品和服务严重同质化（诸如三亚的某某谷、某某花海等）；五是绝大部分缺乏下游产品或衍生产品的打造，即便一些著名景区景点也是严重依赖于门票收入、餐饮收入及住宿收入等，而缺乏下游产品或衍生产品等产业链条的打造，收入来源门路较为狭小。从而导致绝大多数的休闲农业企业经营状况并不理想。
需要特别指出的是，个别所谓的休闲农业企业，利用国家鼓励工商资本进入农业之契机，借建设国际旅游岛之名，打着休闲旅游农业的幌子，搞房地产开发，或抱有幻想，搞所谓的田园生活，拿地搞小产权房或建设私人会所，或借农村旧村改造，投资囤房囤地，或蓄意囤地，想发农业财等等现象。上述现象均渗杂着投机行为。
三、雷同同质较为普遍，特色挖掘缺乏深度
近年来，尽管我省各市县休闲农业如雨后春笋般崛起，然而，大多数属于小型农家乐。这些农家乐普遍以吃饭、钓鱼、住宿、打牌、卡拉OK等居多。不少人感叹“这些所谓的农家乐仅是把城市休闲的活动搬到了农村，缺乏特色和吸引力”，“如果说，开车大老远地到农村，仅仅是为了吃一顿饭，吸引力肯定不大。而且吃的菜，菜的做法，也没什么特色，跟城里大致一样。”“有些农家乐说可以摘菜，但是一去才知道，菜园没多大，而且并不能采摘。”
我省休闲农业企业经营项目与经营产品的雷同同质化现象较为严重，在一些诸如农家乐等小型休闲农业企业严重存在，也在一些著名景区景点也同样普遍存在。如在三亚地区周边，就有多个以花或植物为卖点的景区景点，休闲内容相对单一，个性化创意不足较为普遍，且这些景区景点普遍严重依赖于门票收入、餐饮收入及住宿收入等，而很少或缺乏相应的下游产品或衍生产品等产业链条的打造，收入来源门路较为狭小。缺乏统一经营和组织化管理，互争客源、压价竞争现象时有发生。
特色资源挖掘不够也普遍存在，我省是较为典型的热带亚热带地区，热带亚热带资源较为丰富多彩，然而无论是作物品种资源开发利用（如香蕉就有香蕉、芭蕉、米蕉、皇帝蕉、粉蕉等多种形状各异的品种，此外，香蕉的颜色除了常见的绿色、黄色，也有粉红色、深红色等多种，通过香蕉主题公园或庄园，让广大游客了解到热带水果的多彩与拓展知识面），还是热带农产品的深加工（如香蕉可以制作成香蕉果汁、香蕉果酱、香蕉饼、香蕉冰糕、香蕉冰激凌、香蕉片等几百种，木薯也可以制作成木薯糕、木薯汤、木薯饼、蒸木薯、水果木薯等上百种，让广大游客在领略各种热带作物品种主题庄园的同时，再享受独一无有的热带水果套餐，其感觉相信是美妙的，印象相信也是深刻的，其口碑效果想念也是显著的），由此可见，很多方面都还有待于深入挖掘。此外，耕作文化挖掘更是挖掘不足，我省的耕作文化既与大陆有相似的地方，更多的是具有差异化的地方，如何把这些差异化与海南的黎族、苗族等文化进行有机结合，创造出更多满足不同消费群体的多元化消费需求，又如何把休闲农业从卖方市场扭转为卖方市场是摆在广大休闲农业企业面前的重大课题。
四、盈利模式普遍趋同，带动辐射范围有限
普遍的农家乐以餐饮为盈利模式，少数除了餐饮还有住宿为盈利模式，而有些较为著名的景区景点则以门票、餐饮、住宿为盈利模式，仅有少数休闲农业企业以下游产品或衍生产品为盈利模式。由于盈利模式较为单一，再加上盈门路较为狭小，导致对当地农业及农民的带动辐射作用较为有限。
就休闲农业的盈利模式而言，目前通常有如下的做法：一是餐饮类（特色早茶、农家饭菜、特色预订、宴会接待、自助烧烤、特色外卖等）；二是加工类（自酿谷酒、熏制腊味、泡菜系列、干菜系列、粮油加工、热带水果加工等）；三是住宿费（乡村别墅、青年旅馆、露营基地、特色住宿、其他服务等）；四是康乐类（乡村茶馆、乡村酒吧、花园足浴、草坪瑜伽、乡村温泉、乡村高尔夫练习场、乡村马术俱乐部、拓展训练基地、短程亲水漂流、乡村游戏池、狩猎场等）；五是游乐类（水上运动系列、山地运动系列、场馆游乐系列、空中游乐系列、有奖游乐系列等）；六是体验类（私家菜园、果疏采摘、钓鱼捕鱼等）；七是产业类（特种养殖、有机果疏、农副产品加工、药材茶叶、花卉苗木、天然矿泉水、野菜野果等）；八是服务类（会议中心、展览中心、婚纱摄影基地、旅游纪念品商场、土特产超市、交通服务中心、医疗保健服务中心、通讯及其它公共服务等）；九是手工类（风筝制作、手工棉被、竹子编织、藤类纺织、陶艺制作、女红针线、其他体验等）；十是活动类（集体婚礼、交友派对、夏令营、纪念林植树活动、农民趣味运动会、其他节庆活动等）；十一是艺术类（收藏展馆、工艺品趣味拍卖、根雕盆景、窗纸剪纸等）；十二是地产类（乡村别墅、幸福公寓、老字号商业街、双语国际幼儿园、武术培训基地、艺术家创作基地等）；十三是技术类（珍稀观赏鱼繁殖推广、优质种苗培植推广、宠物繁殖训导、有机肥料生产推广、无公害养殖垫料推广、大棚温室推广等）；十四是表演类（绝活表演、农家动物表演、传统艺术表演、演出团体等）；十五是教育类（农科教中心、青少年特长假日培训班、市民大学、幼儿教育等）；十六是广告类（酒水供应商广告、当地房地产广告、其它旅游景区广告、农庄消费指南折页广告、企业形象林、主题活动等）；十七是管理类（专业合作社、品牌连锁和委托管理等）；十八是其它收益等。
五、区域市场没能细分，市场定位随意性大
尽管我省陆地区域并不大，但各市县所面对的区域市场却是有较大的差异性。以海口与三亚的比较为例，海口休闲农业面对的消费群体更多的应是本市市民，当然岛外游客也有一定的比例，而岛外游客当中应是出差到海口或到海口探亲访友的居多；而三亚更多的是岛外旅游团体或散客或岛内城镇居民为主，而本市市民却不多。由此可见，海口与三亚的休闲农业所面对的区域市场应该具有明显的差异化。然而，纵观全岛休闲农业企业的发展，在发展之初及至发展过程中，绝大多数没能对区域市场进行细分，更多的是盲目或跟风发展，似乎啥消费群体都能接纳，缺乏针对特定消费者及个性化经营项目。其结果可想而知，缺乏对消费群体的定位，大众化、普适性较为突出，导致特色不够鲜明、消费群体缺乏针对性、卖点不突出，更难以激发消费者再次消费的欲望与冲动。
而在市场定位上，主要是对经营项目缺乏市场细分，或缺乏细分顾客群，对同行竞争者现有产品在市场上所处的位置，针对消费者对该产品某种特征或属性的重要程度，强有力地塑造出本企业产品与众不同的、给人印象鲜明的个性或形象，并把这种形象生动地传递给消费者，从而使该产品在市场上确定适当的位置缺乏明确定位。也可以说，市场定位是塑造企业一种产品在市场上的位置，这种位置取决于消费者或用户怎样认识这种产品。企业一旦选择了目标市场，就要在目标市场上进行产品的市场定位。市场定位是企业全面战略计划中的一个重要组成部分。它关系到企业及其产品如何与众不同，与竞争者相比是多么突出。
六、市场季节性反差严重，市场客源难以掌控
休闲农业自身的特点之一，就是具有强烈的季节性，一年四季不同，有旺、淡季之分，无法连续生产。休闲农业的客源主流一般从城市流向农村，原因在于求异乃旅游最基本的驱动因素，城乡的差异、地域的差异、季节的差异造成了休闲农业旅游市场的这种定势性。海南休闲农业普遍以节假游为主，游客选择农业休闲游的时间大多集中在法定假日和周末，各景点双休日和法定假日住房基本饱和，而平时入住率徘徊在30％左右。法定假日选择农业休闲旅游的主要是自驾车族，且以家庭和亲戚朋友为单位；而在双休日，则是单位客户和家庭客户为多；但在工作日，则往往门可罗雀。游客的过渡集中，使农业休闲设施的利用效率大大降低，增加了接待成本。同时由于休闲农业具有农业最基本的特征，受季节的影响较大，同时休闲农业属于一个易产生较大同质性的行业，市场客源变动较大，难以有效掌控，各项旅游设施难以得到充分的利用。
七、农村金融孵化滞后，产业资本投入不足
尽管国家和海南省各级政府对海南发展休闲农业给予了高度重视，但由于海南省的休闲农业产业还处在起步阶段，缺乏与休闲农业相关产业配套的信贷、财政资金补贴、税收等方面的扶持措施。特别是在信贷方面缺乏强有力的扶持政策措施，由于休闲农庄的土地、住房等不能作贷款抵押，休闲农庄到银行基本上贷不到款。休闲农业涉及种养、加工、三产服务等多个环节，发展需要大量资金投入，光靠企业自身积累远远不够。同时，海南省各级政府安排发展休闲农业的扶持资金很少，至今未设立休闲农业专项资金，全靠企业自筹解决，休闲农业企业在完成了首次资金投入之后，难有第二次投入能力，使休闲农业的发展受到较大限制。由于缺乏政府部门的相关政策扶持，以及地方上不少干部群众对休闲农业缺乏了解，认识不到位，使企业和个人对于发展休闲农业的热情大打折扣，这势必会影响海南休闲农业的蓬勃发展。
八、基础设施较为薄弱，专业素质参差不齐
休闲农业园区的基础设施服务是否健全，是影响休闲农业发展的重要因素之一。有些休闲农业项目基础设施和公共服务设施不配套。如因缺乏统一的道路指示牌等标识系统，加上交通不便，存在“路难走、点难找、车难停”等现象；有些休闲农业经营单位因缺乏基本服务设施，游客“一吃二走三不回头”现象比较突出。即使如经济较发达的海口及三亚，也由于很多休闲农庄地处城郊或偏僻、不通公交车，前往农庄消费的也只能是有车族，一般城镇居民因交通不便很少去农庄游玩；更不要说如白沙、琼中等市县，诸如白沙的罗帅村，尽管环境优美，经营项目较多又具特色，但从海口或三亚去游玩的成本收益性价较低，无形中打消了很多游客的需求欲望。
基础设施薄弱具体表现在以下三个方面：（1）交通设施。在一些自然风光秀丽，农家风情浓厚的旅游地往往交通不便，道路过于颠簸，农业园内没有代步工具，甚至在一些最原始的休闲农业景区，基础设施非常简陋，抵抗自然风暴的能力薄弱，而在一些交通发达便利的景区，其原始生态资源少，往往都是后来人工修葺的景观，游客体验不到原汁原味的农家生活；（2）休憩服务设施。一部分休闲农园的饮食条件差，房间住宿环境简陋，有的甚至没有卫生间，小商品零售店等基本服务设施，不能满足游客的旅游需求；（3）卫生问题。现在旅游者休闲度假大多崇尚自然，他们中很多来自城市，生活质量较高，对环境卫生的要求也比较高，部分休闲农业景区餐饮和住宿环境卫生条件差，垃圾处理不及时，对生态环境造成了一定的污染，使很多旅游者再访率很低。
从业人员素质不高。一是专门的经营管理团队、具有专业知识的经营人才缺乏；二是从业人员总体素质普遍较低，服务人员以当地村民为主，多数未受过正规的教育和培训，他们的文化水平不高，服务意识也不强，管理比较粗放、涣散，接待水平较低，难以满足产业发展需求；三是管理水平较低，与产业发展相关的建设、安全、餐饮、住宿、环保、卫生、服务等多方面的行业标准或规范缺乏，管理制度不健全，服务水平不高。
休闲农业是一种集生产、生活、生态为一体的综合型农业经营方式，兼顾农业、旅游、环保和生态等方面内容，需要各方面的农业技术与管理人才来开展规划、开发、管理等方面的指导工作。休闲农业对管理水平的要求远高于单纯的休闲业和农业，因为它是多功能、综合性的产业，其发展需要财务管理、导游管理、人力资源管理等专业人才，但是目前海南省休闲农业的从业人员大多是专注传统农业生产的农户，缺乏相应专业知识及管理经验。
九、推广推介创新不足，理念更新过于迟缓
据有关的调查显示，参加休闲旅游的群体主要是学生和上班族，所占比例分别达到调查样本的37.3％和45.9％。为此，农业休闲旅游的营销，应把目标客户主要锁定在这两个群体上。此外，有关数据还显示，约46.4％的游客是通过朋友介绍来了解休闲农园的，而通过媒体广告了解的仅占28.3％，这说明休闲农业园区的营销者，应该高度注意园区自身的口碑，否则来了一次，就不再有第二的欲望与冲动。在交通方式方面，约有50％的游客喜欢旅游专线方式和定点接送，其次是自驾车，比例有20％，只有18％的游客愿意通过公共交通工具自行前往，这说明如果要进一步扩大休闲农业市场，开设经过景点的旅游专线车辆接送服务也非常重要。在市场调查谈到“为什么不愿意参加农业休闲游”的理由时，大多数(57.69％)接受访问者认为农业休闲旅游景点没有吸引力，这进一步说明了当前的休闲农园在营销策划方面的不足，需要引起足够的重视。
为此，在推广推介时，应及时更新理念，依据消费者的不同偏好与习惯，创新性地开创推广推介的新模式、新举措，去适应市场及其现代信息技术的发展变化。
十、土地流转问题较多，预警预报机制欠缺
国土资源部、农业部《关于完善设施农用地管理有关问题的通知》（国土资发（2010）155号）中第二条第三款规定“在以农业为依托的休闲观光项目以及各类农业园区，涉及建设永久性餐饮、住宿、会议、大型停车场、工厂化农产品加工、中高档展销等的用地，不属于设施农用地范围，按非农建设用地管理”。因此，在目前情况下，在休闲农业项目中搞永久性建筑，必须按照建设用地来管理，要将农业用地变为建设用地，这是一个相当难的过程，社会资本也就很难进入休闲农业产业。“用地难”成为制约休闲农业发展的突出问题之一。开发休闲农业项目往往需要建设一定的餐饮、住宿、停车、农产品加工和农事体验场所等服务设施，需要在农业用地区域内划定一定比例的建设用地改善服务设施条件，目前国家尚未制定休闲农业发展方面的法律和行政法规，海南省也未建立有效的土地流转机制和配套管理服务体系，土地流转形式也不够规范。特别是随着城市化、工业化进程加快，土地增值潜力等因素使农民对土地预期提高，而此前流转过程中确实不排除极少数业主利用农民的“不明真相”促成低价流转的事实，造成潜在的社会矛盾，休闲农业缺乏法律保障。现在反映最集中的是企业资产产权不明晰，土地使用权证手续不够完备，地面建筑物没有产权证、种植的果林没有果（林）权证、养殖的水域没有养殖证。没恒产就没恒心，因此再有实力的老板也不敢大力投资，不放心。现有的设施农业用地政策对扶持休闲农业发展不明朗、不强烈，影响了经营主体投资休闲农业的积极性，也制约了休闲农业的发展。同时，经营休闲农业前期投入大、回报周期长，经营主体的融资渠道相对较窄，有些以民间借贷为主要融资方式，增加了风险成本。有序推进农村土地流转是实现休闲农业规模化经营的基础，土地流转机制不健全，制约了休闲农业的规模化经营。
此外，现阶段农业产业尤其是种植业方面已逐步建立起了相关的风险预警机制，尤其是对于海南这个有着特殊的地理位置，经常面临台风等自然灾害的威胁，农业上更是需要提早进行监测预警。但休闲农业属于一种相对特殊的农业范畴，现阶段各地区尚未建立起信息互通机制，缺乏一个休闲农业的产业化信息平台，休闲农业经营者之间不能进行有效地交流沟通，做好产业的发展趋势、游客信息等的预测，不能及时地将休闲农业发展的宏观情况、需要预防的问题及预警方案准确无误地反馈给各方利益主体，而是盲目的各自封闭发展，一定程度上造成了农村资本的浪费，制约了海南休闲农业的整体长远发展。