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#分子模拟#PUTRACER:一个在多结构域蛋白中预测连续域的在线软件

蛋白质结构域的计算机辅助预测被认为是结构生物信息学中的一个重要问题。被解析的三维结构现在几乎呈指数性的增长，并且蛋白在生物，医疗，药物中都扮演着重要的角色，所以一个可信的自动测点蛋白结构蛋白的工具变的非常重要。PUTRACER是一个基于可溶及表面积 accessible surface area(ASA)和蛋白骨架氢键能 hydrogen bonds energy in protein backbone (HBE)的方法。对124个测试集进行预测，准确度可以达到81.45%，适当的调整准确率可以达到89.5%

官方网址为:http://bioinf.modares.ac.ir/software/PUTracer/

从界面可以看出，这个实在是非常非常简陋····

#分子模拟#PUTRACER:一个在多结构域蛋白中预测连续域的在线软件_第1张图片
图1

我们只需要上传pdb文件，指定初始链，邮箱即可完成，我们拿1au7.pdb进行检测，其是一个PIT-1蛋白突变DNA复合物，具有2个结构域。如图2，图3.

#分子模拟#PUTRACER:一个在多结构域蛋白中预测连续域的在线软件_第2张图片
图2
#分子模拟#PUTRACER:一个在多结构域蛋白中预测连续域的在线软件_第3张图片
图3

提交后结果如图:

#分子模拟#PUTRACER:一个在多结构域蛋白中预测连续域的在线软件_第4张图片
图4

主要是第一行显示有多少个结构域。Domain_Boundaries不知是否是结构域的边界?，官网制作简陋，并未提及。
另值得注意的是改篇文章发表的杂志影响因子仅0.8。

参考文献:
Seyed Shahriar Arab, Mohammadbagher Parsa Gharamaleki, Zaiddodine Pashandi, Rezvan Mobasseri (2013) Putracer: A Novel Method For Identification Of Continuous-Domains In Multi-Domain Proteins. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. Vol. 11, No. 1 doi: 10.1142/S021972001340012X

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#分子模拟#PUTRACER:一个在多结构域蛋白中预测连续域的在线软件_第5张图片

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