运行geisen_main_v1_2_1文件夹中的ipynb文件时总是提示未设置计算机的参考路径

运行geisen_main_v1_2_1文件夹中的ipynb文件时总是提示未设置计算机的参考路径。geisen_main_v1_2_1文件中包含的是用于下载生物科学相关的信息的工具。

其中geisen_main_v1_2_1文件夹下的文件如下图：

图1

运行run文件夹下的ipynb文件提示的错误如下图：

图2：如第三个单元格的错误提示

通过查看src文件中的output.py文件，看到需要做一些修改才能解决'Did not yet set reference paths for current machine'问题

图3

由于是if分支循环，所以路径修改时，可以只修改一个一个分支就行，该文件中的elif表示另外一台计算机的路径。对于我就只使用一台计算机，因此可以不用修改elif。修改的内容为：

host_name=socket.gethostname() #返回的是计算机名；

socket.gethostbyname(host_name) #返回的是计算机的IP地址，如果不知道自己电脑的ip地址，可以使用它来查看自己的电脑的ip地址；

将数据输出的路径改为自己想要储存数据的文件夹。

图3中的代码使用的是mac计算机，在mac计算机中，socket.gethostname()得到计算机名，计算机名.local就可以访问计算机，无需使用ip地址，在非mac计算机中，需使用ip地址才得以实现。

图4：修改内容如图

另外，对于geisen_main_v1_2_1文件夹下的src文件夹中的prepare.py  文件，该文件中的 import ENCCalculator as CodonBiasCalculator 模块可能是由于涉及未发表的文章的代码的原因，我还不知道如何去找这个模块来安装。因此导致很多需要调用prepare.py 的文件运行都会提示没有 ENCCalculator  模块。我就把“import ENCCalculator as CodonBiasCalculator ”删除。

图5：geisen_main_v1_2_1文件夹下的src文件夹下的子目录

图6：prepare.py文件的开头部分内容

图7：删除了import ENCCalculator as CodonBiasCalculator之后的pripare.py文件