浮生终有醒
浮生终有醒

环形RNA预测注意事项

使用CIRI的注意事项：

  1. 9_16_0意味着9 Softclipping/Mapping signals，16 Mapping/Softclipping signals和0 Softclipping/Mapping/Softclipping signal
  2. bwa mem -T 19改进ciri的敏感度
  3. read长度少于60bp时，bwa mem使用-k 15 -T 15改善结果
  4. PCC 成对交替剪辑（paried chiastic clipping），局部比对read的形式，PEM（paired end mapping）双端比对
  5. 注意使用-low参数，增加敏感度
  6. 建议不要使用-R参数，当然能用PEreads是最好的选择，SE的假阳性真心高
  7. 建库注意选择适合的方法， 比如去除线性RNA
perl CIRI_v1.2.pl -I a.sam -O a.ciri -A a.gtf -F a.fa -G a.log -low

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