Cytoscape

cytoscape构建ceRNA网络的输入文件如何制作

生信交流平台·2024-08-24 05:51

“高颜值”在线可视化分析利器—NetworkAnalyst！

上一期给大家介绍了网络图绘制工具“Cytoscape”，受到了小伙伴们的热烈欢迎，其中有小伙伴问到有没有可以在线绘制网络图的工具呢？

ee00dc6faab7·2024-02-14 20:22

Cytoscape软件下载、安装、插件学习[基础教程]

关于Cytoscape，对于做组学或生物信息学的同学基本是陌生的，可能有的同学用这个软件作图是非常溜的，做出来的网络图也是十分的好看，“可玩性”很高，就像前面分享的aPEAR包一样aPEAR包绘制功能富集网络图

小杜的生信筆記·2024-02-06 18:28

谈谈数次生信线下活动的收获和体会

blog.genesino.com/2018/03/ampliconseqsumamry/从2017年11月份到2018年3月份，共进行了5次培训研讨活动，内容依次为转录组高级分析、生物信息作图系列R、Cytoscape

生信宝典·2024-02-06 08:48

【R语言】rep函数的使用

例如，GEO芯片数据差异表达分析时需要用到的分组变量，cytoscape构建ceRNA网络的节点文件中的RNAtype列等等。今天小编就来给大家介绍一下R中生成重复序列的函数rep。

生信交流平台·2024-01-28 01:08

图结构选型：Gephi 、 Cytoscape # ArangoDB、OrientDB、JanusGraph；弃nebula因其explorer收费； ssh X11Forward

图结构选型图可视化工具图结构可视化、分析（开源、完全免费、重型PC软件）：Gephi、Cytoscape还有另外三个等待确定：Graphexp、KeyLines、Linkurious支持以上图可视化工具的图数据库图数据库

ziix·2024-01-05 04:35

ubuntu22安装nvidia驱动 GeForce RTX 3050 M 以解Cytoscape3.10找不到libOpenCL.so错， Cytoscape3教程

0.本机环境uname-a#Linuxv6.2.0-39-generic#40~22.04.1-UbuntuSMPPREEMPT_DYNAMICThuNov1610:53:04UTC2x86_64x86_64x86_64GNU/Linuxcat/etc/issue#Ubuntu22.04.3LTS\n\llspci|grep-ivga#01:00.0VGAcompatiblecontroller:

ziix·2024-01-05 04:05

Cytoscape3.9安装包下载及安装教程

Cytoscape3.9下载链接：https://docs.qq.com/doc/DUldkdndLdlJ2TlJJ1、选中下载好的安装包，右键选择解压到【Cytoscape3.9.1】文件夹2、双击打开

办公软件行家1·2024-01-04 05:27

Cytoscape3.8安装下载及安装教程

Cytoscape3.8下载链接：https://docs.qq.com/doc/DUmhZQ1lqTWhuSXJC1.选中下载好的安装包右键选择“解压到Cytoscape3.8.0”文件夹2.打开解压好的

办公软件行家1·2024-01-04 05:27

Cytoscape 3.10安装包下载及安装教程

Cytoscape3.10下载链接：https://docs.qq.com/doc/DUkpuR0RVU0JVWkFP1、选中下载好的安装包，右键选择解压到“Cytoscape3.10”文件夹2、双击打开

办公软件行家1·2024-01-04 05:55

绘制scenic的转录因子调控网络图

健明大佬给分享了cytoscape的教程。我知道是用cytoscape来画的了，

Seurat_Satija·2023-12-16 01:29

如何利用cytoscape画ceRNA互作网络图？

说起互作网络图，大家都不陌生。看文献的时候，经常看见相互作用网络图展示了circRNA-miRNA的靶向关系或者ceRNA竞争性网络关系。我们先来看几个图：imageCircRNA-miRNAnetworkmapstheinteractionrelationshipbetweencircRNAsandmiRNAs[1]imagemiRNA-ceRNAnetwork.UpregulatedcircR

Seurat_Satija·2023-11-22 11:13

Networkx绘图

在以后的功能中，#图的可视化可能被移除，或只提供一个附加的包#著名的绘图工具是：Cytoscape,Gephi,Graphvizand,forLaTeXtypesetting,PGF/TikZ.

yuexiaomao·2023-11-16 03:58

GEO生信数据挖掘（十一）STRING数据库PPI蛋白互作网络 & Cytoscape个性化绘图【SCI 指日可待】

使用Cytoscape本地客户端进行蛋白互作关系图绘制。STRING在线数据库进行PPI分析h

人工智能学术前沿（真)·2023-10-30 19:40

搭建java环境——安装GSEA和Cytoscape

GSEA和Cytoscape的安装都需要java环境，所以首先要搭建好java环境。在搭建java环境之前新建一个虚拟环境，将java环境与外部环境隔绝起来。

Mingyan_C·2023-10-22 23:55

高颜值生物信息在线绘图工具

另外还有Cytoscape和其它作图工

生信宝典·2023-09-26 04:09

毕业论文

可变剪切的分析，参考https://www.jianshu.com/p/ecef1d9e53e7Cytoscape的网络构建，做出重点基因的网络无重复转录组的分析（DEGSeq）文章撰写材料方法补充完善研究背景相关文献综述结论与讨论

wo_monic·2023-09-12 16:55

肝细胞癌中关键生物标志物的筛选和鉴定:来自生物信息分析的证据

构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)，并使用STRING和Cytoscape进行模

亦是旅人呐·2023-09-11 11:30

跟着Cell学作图|8.富集网络图(Cytoscape/ClueGO)

cell_8.jpg跟着Cell学作图|8.富集网络图(Cytoscape/ClueGO)“实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。”

木舟笔记·2023-09-02 21:26

react中使用cytoscape

cytoscapenpminstallcytoscape2.使用importReact,{useEffect,useRef,useState}from"react";importcytoscapefrom"cytoscape

M_Eve·2023-09-02 08:42

Cytoscape + STRING + cytoHubba 联合使用寻找hub基因

Cytoscape的安装和使用Cytoscape是一款非常优秀的生物信息分析软件，该软件可以在分析生物数据的时候提供图形化的操作方式，支持多种多种分析方式，可以选择分析网络，帮助用户对

米妮爱分享·2023-08-19 13:14

WGCNA用法详情

基本概念基本分析流程WGCNA包实战输入数据和参数选择数据读入软阈值筛选经验power(无满足条件的power时选用)网络构建层级聚类树展示各个模块绘制模块之间相关性图可视化基因网络(TOMplot)导出网络用于Cytoscape

马疾香幽_0702·2023-08-14 09:09

网络图库Cytoscape.js的使用（一）：初始化配置

文章目录Cytoscape.js的使用（初始化）简介在vue中使用Cytoscape.js创建实例配置选项基本选项==container：图表容器====elements：图表元素====layout：

黑猫_默雨·2023-08-01 20:05

视频 | 一文学会Cytoscape 网络绘制从入门到进阶

往期精品(点击图片直达文字对应教程)机器学习后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文获取教程合集

生信宝典·2023-07-27 10:38

2021-03-24 cytoscape 用户手册翻译2

官方手册——中Cytoscape3.7.2用户手册8.节点和边列数据交互网络可用作独立模型。但是，当与其他信息集成在一起时，它们对于回答科学问题最有效。

谢某丶·2023-07-19 01:34

跟着 NC 学作图 | 互作网络图进阶(蛋白+富集通路)(Cytoscape)

ppi_cytoscape.jpg今天我们复现一幅2020年发表在naturecommunications上的相互作用网络图。

木舟笔记·2023-06-14 22:23

利用R语言作PPI（免String网页和安装cytoscape法）

mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是针对小鼠，现改为人类当得到差异基因后，很多时候需要作PPI蛋白互作网络，一般需要登陆STRING网站，然后用cytoscape

欧阳松·2023-04-18 08:27

蛋白质互作网络挖掘中Hub Genes选择

今天小编给大家介绍以下Cytoscape中的Cytohubba模块。

onlyme_862a·2023-04-16 16:55

GoJs基本使用示例详解

因此在研究了D3，antVG6，cytoscape和go.js之后，决定使用gojs实现。因为gojs的交互功能封装比较完善，能够很快的搭建出想要的关系图之外，还有很多封装好的交互功能。

·2023-04-14 22:19

RNA-seq入门实战（十）：PPI蛋白互作网络构建（下）——Cytoscape软件的使用

本节概览：1.Cytoscape软件基本介绍2.数据导入：蛋白互作节点信息导入、其他注释信息的导入3.PPI网络图绘制：➀选取部分节点展示➁AnalyseNetwork➂node节点与edge连线的调整

嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-11 09:10

Cytoscape.js_关系图API_文档

开始本节将向您介绍开始使用Cytoscape.js所需的基本步骤。

qq_30852577·2023-04-05 12:09

用R画弧形图（Arc Diagram）

在前几篇里我用cytoscape软件构建了网络图（如何将WGCNA导出的基因共表达网络进行可视化），见下图。

生信start_site·2023-04-01 17:18

超详细Windows 10 Cytoscape安装教程

一、Cytoscape下载首先打开Cytoscape官网，官网首页地址为Cytoscape官网首页地址点击Download注意！！！

极小白·2023-03-24 01:21

关系图谱

正在开发一个这样的关系图谱.关系图谱经过调研，选择的技术栈是前端Vue.js+Cytoscape.js，后端是Django+Neo4j.这样可以很方便的集成到现有的项目中。

alue·2023-03-23 06:20

蛋白互作cytoscape实践

蛋白质组学是通过系统化研究蛋白质所含特性，详细描述生物系统在健康和疾病状况下的结构、功能和调控的学科。现有的研究表明蛋白质很少以独立个体的方式实现其生物学功能，往往是通过彼此间的相互作用形成大分子复合物后完成其生物学功能，例如遗传物质复制、基因表达调控、细胞信号转导、新陈代谢、细胞增殖、细胞凋亡等。因此对蛋白质相互作用网络(PPI)的研究和分析成为理解生命活动中细胞组织、过程和功能的基础。对蛋白质

shannonnana·2023-03-22 03:55

RBP AS生信流程（N）cytoscape构建RBP调控可变剪接网络

cHarden13·2023-03-17 16:01

Cytoscape使用

Cytoscape安装，java问题因为此前安装了igv，需要java8并且安装了。现在要安装Cytoscape，发现最新版3.8.2需要java11。

大胆冒险实践者·2023-03-14 07:49

Cytoscape可视化物种分类树结构

本文转载自：Cytoscape可视化物种分类树结构Cytoscape可视化物种分类树结构。

wanghaihua888·2023-02-17 05:01

使用Cytoscape中的Enrichmen进行富集分析可视化tMap

EnrichmentMap是一个用于功能丰富可视化Cytoscape软件的插件,必须使用任何可用方法在EnrichmentMap之外生成富集结果。

Mingyan_C·2023-02-01 15:18

py2neo安装

Graph'objecthasnoattribute'cypher'：新版本执行语句不一样python3.6.6neo4j：3.5.9参考https://py2neo.org/2021.1/(flask_py)E:\githubwks\cytoscape_neo4j

su317·2023-02-01 06:14

cytoscape 绘图

cytoscape的绘图1.数据得导入image.png2.计算节点的出入度image.png只保留这两列，并输出保存，然后重新导入3.重新导入节点的度的信息image.png4对节点和边赋值也是在tools

医学小白学生信·2023-02-01 05:01

Cytoscape 安装教程 | Network Data Integration, Analysis, and Visualization in a Box

CSDN叶庭云：https://yetingyun.blog.csdn.net/官网：https://cytoscape.org/进入官网，点击DownLoad进入，即可下载Windows64位的安装包

叶庭云·2023-01-25 14:30

PPI网络的构建与美化(String+Cytoscape)

目录写在前面一、使用string分析数据二、使用Cytoscape构建网络1.导入TSV文件2.AnalyzeNetwork3.GenerateStyle4.CytoNCA计算Betweenness三、

Dzfly..·2023-01-09 13:10

用cytoscape.js展示neo4j网络关系图 - 1. Flask

用可视化的方式来展示网络关系图是一件挺有趣的事情，在选定用cytoscape.js来显示neo4j图形数据库的数据后我做了一个原型，并用下面三篇博客来记录了做原型的过程。

mishidemudong·2023-01-05 01:05

Neo4j+flask+python+cytoscape 实现知识图谱在web的展示

1.安装配置neo4j(7条消息)Neo4j：入门基础（一）之安装与使用_Puzzle的博客-CSDN博客_neo4jhttps://blog.csdn.net/sinat_36226553/article/details/108541370?spm=1001.2101.3001.6650.1&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2~d

恐小龙·2023-01-05 01:04

Cytoscape网络可视化 | 以WGCNA结果的网络可视化为例

Cytoscape网络可视化|以WGCNA结果的网络可视化为例Cytoscape是一个开源的软件平台，用于可视化分子相互作用网络和生物路径，并将这些网络与注释、基因表达谱和其他状态数据进行整合。

木舟笔记·2022-12-14 19:15

关于使用Cytoscape软件合并多个网络图

发布于2021年10月22日最近在使用Cytoscape绘制基因-转录因子的调控网络图，想绘制这种包含正负调控关系以及对样本的调控关系的网络图。

彩虹色的朝阳·2022-12-08 14:00

知识图谱+可视化

123都没有拿来即用的可视化，需要借助echars.js、D3.js、cytoscape.js、AntvG6、vis.js等。4.TuGraph+Graphin+GraphSc

浮生不够温柔·2022-11-29 13:03

WGCNA 分析 —— 安装及概念介绍、简单应用及总结

2.3筛选合适的阈值2.4分割模块，作网络图2.5关联模块与表型，作相关系数图2.6根据模块间的相似性及向异性，作树杈图2.7查看特定模块中的特定基因与特定形状关系2.8最后导出模块中TOM值的数据，导入cytoscape

Lyrelion·2022-11-25 00:44

2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现七：DAVID在线工具进行KEGG富集分析

文章目录论文地址DAVID官网获得KEGG富集分析结果气泡图cytoscape软件绘制代谢通路网络图准备输入文件networkdatatabledata输入network文件输入table文件设置风格、

obwte·2022-11-23 19:23

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