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YXF-测序仪和质量控制

目前常用的测序仪
Illumina: high-throughput sequenching
IonTorrent: clinical application
PacBio Sequel: long read sequencing
MinION: portable, miniaturized device, robust and reliable
原理暂时没有搞明白
质量控制步骤--Quality control of data
质量控制：通过删去一些错误的数据来提高数据质量
质量控制步骤：Keep reads with an average quality over a threshold
Trim back the ends of reads until the measurements are reliable
Remove known synthetic sequences
质量控制工具：Trimomatic, cutadapt,bbduk
FastQC的结果解读--Visualizing data quality
FastQC is FASTQ quality visualization tool
length histogram: how many sequences of each length the data contains
quality histogram: 横轴是质量分数，纵轴是质量读数
使用multiQC聚合fastqc的输出结果
multiQC: Generate outputs that summarze multiple individual results.
安装：source activate bioinfo
conda install multiqc -y
使用：Get and unpack the data
Run fastqc and make it keep the data directories
Run multiqc on the resulting directories
最后生成一个multiqc_report.html 的输出结果

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