f2019年上半年aptamer领域的进展及调研思路
【题记】想花三天时间把2019年上半年aptamer领域的进展总结一下。下面这张图就是第一天的工作成果。
下面先解释一下这张图的内涵，后面再介绍一下整个调研的思路。
一、标签云图的内涵
这张图是我浏览了1358篇文献之后，对每一篇文献加了一个标签。这个图上的关键词都是我添加的，不是文章本身提供的关键词。这是最耗时的部分，我觉得比直接从文章中提取的那个主题词要有价值。这个图上的词表示研究方向，词的大小表示相关的论文数量。所以字越大，表示文章数越多。主要的研究方向有以下几个：
1、检测与传感
最多的文章是来自做检测或者是做传感的。我这里基本把检测和传感归到一起了，所以传感的词比较小，并不代表小众。这点符合直觉，也很容易理解。中国的aptamer论文数占比超全球50%，检测类论文功不可没。如果检测方法真的可行，倒是为今后的产业化奠定了很好的基础。
2、适配体筛选
比较可喜的是，今年上半年总共有78篇文章是做筛选的，这个数量远超过去同期。过去30年，筛选文章数，最多就是去年104篇左右。从现在这样一个趋势来看，今年肯定会突破100篇，还有可能会超过去年。我们顺利的话，下半年估计也会有两篇筛选文章出来。这说明做筛选的人还是在增多，我觉得这对这个产业是一个好消息，因为如果没有筛选的话，这个产业就无法发展。不知道这点和我们一直在推进筛选技术培训是否有关。至少可以看到，中国的筛选文章数量在快速增加，有多篇文章的作者都在我们实验室学习过。[广告：欢迎合作，共同推动适配体产业发展。需要请关注微信公众号：aptamers 或加微信私聊 aptamerHF ]
3、靶向、载药和药物递送
另外一个非常热门的方向就是药物靶向递送，载药等，这些基本上放在一起的。
4、治疗和功能研究
就是还有一些文章是研究治疗效果的，以及研究适配体的功能等方面的。相对来说数量还不是太多，但也是一个主要的研究方向。
5、其它方向
其它研究还包括基础性的方向，如结构研究，作用机制，修饰，优化，计算筛选，分裂适配体，光调控，标志物发现，制备方法，诊断等等。研究呈现多样化的方向发展。也说明该领域吸引了来自不同专业的人士参与。
以上是昨天调研工作的一个简单的总结，详细的总结在后面还会继续进行，包括每一个方向的一些重要进展都会给梳理出来。
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二、调研工作的整个流程
1358篇文献，一天梳理一遍，开始以为自己很快可以完成，后来发现也很艰难。中途甚至一度想放弃，好在坚持了下来。这个调研我全程也有录像，而且下面这张图是我所做调研过程的完整记录。
浏览每一篇文献，然后对每一篇文献加标签（标签数量1-3个不等）。过程就是看下标题，看看是研究什么内容，加上一个标签。为了保持整体节奏，基本上没看摘要。少数看标题，没看明白又感觉很重要的，才会快速浏览一下摘要。摘要阅读数总共不超过30篇的样子。
如果只是看一遍，留下一个粗略的印象，这个其实是比较快的，可能三四个小时就可以搞定这个事。但是如果说要把每一篇文章加个标签的话，这个所需要耗费的时间就一下子要翻了好几倍。
下图最上面一行红色部分表示离开电脑，没有在电脑前工作的时间。其余的部分都是在做这个调研工作，其实昨天整个效率并不是很高。总共在电脑前的工作时间是12小时27分43秒。
整个调研的过程是这样的：
首先先利用endnote收集文献。文献来源是，web of science，pubmed和scopus三个数据库。我认为基本可以囊括全了所有aptamer文献。其中WOS和pubmed的文献可以直接在endnote搜索，scopus现在网站搜索，输出再导入到endnote当中。去掉重复之后，共1358篇文献。
开始时，在endnote中进行阅读的，打标签不太方便，随后又把文献导入到note express当中，去浏览每一篇文献，然后用noteexpress加上标签。整个完成之后，然后再导出每一个标签的数量，然后再在wordart.com网站，做了上面这个标签云图。
真实的感受：
其实整个过程还是比较痛苦的，如果仅仅是浏览的话会比较快，3-4小时就可以搞定。但是浏览一篇要去提起他的核心思想，判断是研究什么内容，然后还要加上一个标签，这个过程开始做起来特别的慢。一篇文章超过1min。大家可以算一下1300多篇文章，如果说一篇文章花一分钟时间就是1300分钟，也就是22小时左右。2整天高度集中，高度专注才行。
所以整个过程中，也在思考如何做得更快。开始想用endnote来注释，发现很慢，不支持快捷键，很不方便。
后来用noteexpress，（怎么在endnote与noteexpress之间互导数据以后再讲），ctrl+T，就看直接加标签了。方便了很多。但双手切换的动作还是比较大，仍然比较费力。后来在notexpress中完成一半之后，改成在Excel当中去加标签的。我发现在Excel当中处理会更快一些。因为回车之后，会自动跳到下一行。不同文献之间只需要enter即可切换，方便了不少。但仍不时我的理想选择，因为excel处理完之后与原始文献关联就不太方便。所以目前还在寻找更快的方法。
我总共阅读的时间大概花了8小时，另外还花了一些时间去摸索软件功能，包括整理等等。
整个的过程我是有一个屏幕录像，大家如果感兴趣的话后面可以给大家再详细介绍一下，如何去完成这样一个工作，希望能够帮助大家提升效率。我觉得按照我的方法，三天从头开始，完成一篇综述还是有可能的。
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