Hayes2010 gwas和gs的综述

Hayes, B., Goddard, M., 2010. Genome-wide association and genomic selection in animal breeding. Genome 53, 876–883. https://doi.org/10.1139/G10-076

GWAS的结果引出这样一个结论：单个qtl对数量性状的效应往往较小，因此要解释这些性状中的遗传变异需要大量qtl。鉴于这样一种遗传架构，采用追踪有限个数的qtl的很少DNA标记的mas只能获得很少的遗传收益。这就需要开发一种新的方法来利用现有的高密度snp信息，称之为基因组选择。基因组选择利用了覆盖整个基因组的高密度标记，因此全部qtl都可能与至少一个是那篇处于连锁不平衡。基因组育种值用整个基因组上的snp效应之和来预测。
在奶牛育种中，可以实现对基因组育种值的准确估计。本文讨论了在未来世代中实现基因组育种值准确预测的实验设计，从需要的标记个数、参考群体的大小两个方面。同时也展示了一个利用基因组关系矩阵开展基因组选择的简单方法。未来的挑战是利用整个基因组序列数据去提高基因组选择的准确性，以及通过基因组关系管理近交。