《吕后本纪》所载的是刘邦驾崩（公元前195年）至汉文帝登基（公元前180年）即汉惠帝与前后少帝年间的事迹，这段时期虽有皇帝在位，然政令多出于吕后之手，吕后无皇帝之名，却有皇帝之实，因此司马迁将其单独列入本纪，位同皇帝。吕后（公元前241年-公元前180年）是刘邦还在沛县籍籍无名时娶的妻子，从《高祖本纪》来看，吕后是被父亲许配给当时各方面都不算优秀且比自己大十六岁的老男人刘邦，虽然父亲坚持认为刘邦日后将大富大贵，但估计父女俩都没想到刘邦最后能君临天下。其父慧眼如炬，如愿成就了吕家人的富贵，却没料到为吕家埋下了灭族的祸患。
吕后嫁给刘邦后，生有一子以女，分别是后来的汉惠帝刘盈和鲁元公主。刘邦当上汉王，吕后年纪已高，已不甚受宠。后来刘邦又得了一位戚夫人，常伴左右，深得荣宠，生有一子名为如意。太子刘盈性格仁弱，不像刘邦，刘邦因此“以为（刘盈）不类我，常欲废太子”，想要立戚夫人的儿子赵王如意为太子，“如意类我”。而戚夫人仗着受刘邦宠幸，也时常哭闹，“欲立其子代太子”。然而刘邦数次动了换太子的念头，都被大臣所劝阻，最后吕后求助留侯张良，张良让她请商山四皓辅助太子，才完全打消刘邦废太子的念头。虽然太子的名分保住了，但吕后却从此深恨上戚夫人母子。她帮助刘邦从一无所有到平定天下，后来又为刘邦出谋划策诛杀众大臣，一路走来多么坎坷不易，全凭着自己的权谋手段忍辱负重撑到刘邦称帝，到头来却差点为别人做了嫁衣，如此深仇大恨岂能随意勾销，何况她本来也不是宽宏大度、心慈手软之人，此时不报，只是时候未到。
刘邦死后，太子刘盈即位，成为汉惠帝。当时刘邦的八个儿子也分别封王，其中长子刘肥为齐王，戚夫人的儿子刘如意为赵王、薄夫人的儿子刘恒为代王，其余的刘恢为梁王、刘友为淮阳王、刘长为淮南王、刘建为燕王。吕后痛恨戚夫人母子至极，刘邦在世时不敢发作，如今刘邦一死，再也无法忍受。将戚夫人幽禁，而后想召赵王进京图谋加害。不过此事遭到阻拦，先是赵王属臣周昌不奉诏，吕后不得已先将周昌征召到京城，再派人召赵王。然而惠帝刘盈不忍母亲加害自己的兄弟，在赵王还未入城之前就将其接走，从此每天起居饮食都和赵王待在一起，不让吕后有下手的机会。直到有一天早晨，惠帝出去射猎，赵王年纪小，不能早起，未能陪同。吕后得到消息，派人送毒酒令其饮下。惠帝回来后，赵王已经死了，无可奈何。赵王死后，吕后仍不满足，命人将戚夫人的手脚都砍断，挖掉眼睛，薰聋耳朵，用药将她毒哑，放在厕所里，称作“人彘”。更为残忍的是，还带着自己的儿子惠帝刘盈前去观看，向其炫耀自己的“杰作”。惠帝为人仁慈懦弱，对自己母亲的残忍实在无法接受，于是对吕后说：“这样的所作所为简直不是人能做出来的！我是您的儿子，怎么还能治理天下呢！！”从此天天饮酒淫乐，不理朝政，身体也日渐虚弱。惠帝的仁爱懦弱确实不像刘邦的枭雄性格，也不如吕后阴毒残忍，难怪刘邦说其“不类我”，岂止不类父，亦不类母！不过或许正因为如此，才能得到众大臣的支持。吕后为了泄戚夫人母子的恨，却间接毁了自己的儿子，又不知是何感想？
汉惠帝因母亲的缘故消沉度日，在位仅七年时间就驾崩。刘盈死后，吕后悲哭却不流泪，张良的儿子张辟强看破后告诉丞相，皇帝的儿子都还年少，太后是担心诸大臣作乱。为今之计，只有请吕后的兄弟子侄入宫主事，让他们分别掌控南北军，太后才能心安，你等才能幸免于难。丞相依其计行事，“太后说（悦），其哭乃哀”。不过，吕氏专政也就从此开始了。
吕后稳定局势后，一方面开始逐渐分封诸吕氏子弟为王侯，加强吕氏政权。因当年刘邦曾与众臣订白马之盟，约定“非刘氏而王，天下共击之”，故此事起初仍受到大臣反对，右丞相王陵以此驳斥吕后。然吕后势大，已不可阻挡，左丞相陈平和绛侯周勃都表示支持，于是此事成行。王陵怒斥陈平、周勃违背白马之盟，陈平、周勃却答到：若论当廷回绝据理力争的气节，我们不如您，但若论保全社稷，保护刘氏血脉，您不如我们。由此可见，二人只不过为了顾全大局而与吕后虚以委蛇，后来平定吕氏之乱功劳最大的也确实是这两人。此事后，右丞相王陵被迫告病免职，陈平升任右丞相，吕后男宠审食其任左丞相，“不治事，监宫中，如郎中令”。吕后去世之前，吕氏子弟中封王者有吕王吕产，赵王吕禄，燕王吕通，其余封侯者不计其数。
另一方面，吕氏大肆废黜甚至诛杀刘氏诸王。吕后除了对争权的戚夫人母子痛恨之极外，对刘邦其他的儿子也多怀厌恶。早在汉惠帝在世时，有一次和齐王刘肥在太后面前宴饮，齐王是惠帝兄长，惠帝为了表示尊敬，让齐王坐在上座，用家人间的礼数对待齐王，却引得吕后大怒。吕后命人准备了两杯毒酒，放在座前，让齐王敬酒祝寿。惠帝大概早就认清母亲的面目，知道其不怀好意，于是也拿起一杯酒假装要和齐王一起祝寿。吕后惊恐，起身一把将惠帝的酒打翻在地，齐王由此看出端倪，不敢饮，而后假装醉酒离去。事后齐王了解真相，惶恐不已，觉得自己大概不能活着离开长安了。还好他的內史为他献计，让他献出自己的一郡封地送给吕后的女儿鲁元公主，并尊称其为鲁元太后，以此讨好吕后，最后才得放还封地。从此吕后也对齐王刘肥一脉略有恩宠。 但对于刘邦其他的儿子，她就没有这么宽容了。赵王如意被杀后，原淮阳王刘友徙封赵王，且其王后是吕氏之女。然刘友不爱王后，宠幸别的姬妾，王后由妒生恨，向吕后进谗言诬陷刘友有谋诛吕氏一族之心。吕后大怒，将赵王刘友召来，幽禁在府中，且不准人送食物给他，刘友在饥饿之中唱到：吕氏乱权，刘姓危矣，忠臣不在，国将不宁，为王饿死，谁人怜之！不久，刘友就在幽禁中死去，仅以普通百姓的礼节草草下葬，梁王刘恢被改封为赵王。改封后，刘恢心怀郁郁，想来赵王这个称号实在凶险的很。果然，吕后将吕产的女儿嫁给刘恢为王后，并派了很多吕氏属臣监视刘恢。刘恢不得自由，“有所爱姬，王后使人鸩杀之”，悲愤之中，不久即自杀而亡，吕后废其嗣。吕后还想将代王刘恒改封赵王，但是这个不祥的封号已经成了催命符，刘恒万万不愿接受，“代王谢，愿守代边”。最终吕后将赵王封号给了吕禄。燕王刘建死，吕后将他的儿子杀死，以无后之名除国。至此，刘邦的四个王子，三任赵王和燕王，都身死国灭，刘氏子弟人人自危。吕后也当真心狠手辣，一点不念与刘邦的旧情，不愧“最毒妇人心”！
这段时期，朝政全由吕后把持，就连皇帝的废立也全凭她的心意。前少帝刘恭本是汉惠帝其他妃子所生，但惠帝的皇后是鲁元公主的女儿，也即吕后的亲孙女（惠帝的外甥女），皇后无后，于是吕后杀死刘恭的母亲，以狸猫换太子的手法佯装其是皇后之子，并将其立为太子。刘恭即位后年纪渐长，知道事情的真相后，怨恨吕后杀其母，有心报仇。吕后知晓后担心发生动乱，将他“幽之永巷中，言帝病甚，左右莫得见”。吕后以刘恭病重不能治理天下为由，决意另立皇帝，群臣皆顿首，于是将常山王刘义立为皇帝，并更名刘弘，是为后少帝。前后少帝都只不过是名义上的傀儡，吕后才是真正的统治者，只不过她终究没有踏出那一步，才让武则天成为女皇帝的独宠。
执政的第八年（公元前180年），吕后病重，病因其实是作恶太过心中有鬼，以为赵王如意死不瞑目找其报仇，最终不治而亡。临死前，吕后也知道吕氏一族专政势必为众大臣所不服，因此叮嘱吕王吕产和赵王吕禄分别掌管好南北两军，派重兵把守好皇宫，不要给人以可趁之机。同时，遗诏各诸侯将相郎吏以秩赐今，大赦天下，希望以此平息天下人的怒气。
然而刘吕之间已势同水火，吕后在时尚有忌惮，如今吕后一死，刘姓诸王和大臣均相机而动。齐王刘肥曾因讨好鲁元公主而受吕后优待，虽然刘肥已死，但其子顺利继位为齐哀王，另外两个儿子刘章和刘兴居也分别被封为朱虚侯和东牟侯，留在长安。朱虚侯刘章的妻子是吕禄的女儿，获知吕氏想要作乱，暗中通知其兄齐王，欲意两兄弟里应外合谋诛吕氏而自立。齐王举兵西向，传檄天下：自从孝惠皇帝驾崩，吕后执政，春秋年高，听信诸吕谗言，擅自废帝改立，又连杀三位赵王，灭梁、赵、燕等国分封吕氏。如今吕后驾崩而皇帝年少，诸吕擅居高官，把持兵权，劫持众诸侯大臣，矫诏号令天下，宗庙危亡！我此次举兵，是要诛除那些不应当称王的人！朝中吕氏听闻，派灌婴前往迎战。然灌婴也不愿与吕氏为伍，兵至荥阳，竟和齐王联和，欲共诛诸吕。
与此同时，朝中丞相陈平和太尉周勃也已经蛰伏良久，吕后一死，正待伺机而动。但是周勃虽然为太尉，却不能掌兵，没有兵权，贸然行动，与送死无异。于是二人商议，有个名叫郦寄的和吕禄关系很好，两人将他的父亲郦商绑架，让郦寄去劝说吕禄放弃兵权。郦寄对吕禄言道：“高帝刘邦和吕后一起平定天下，刘邦立了九位异姓王，吕后立了三位异姓王，这都是大臣同意了的，并没有不妥之处。但是如今吕后驾崩，皇帝年少，您身为赵王不回封地，却领重兵留在此地，所以才被大臣怀疑要作乱。您不如归还将印，把兵权交给太尉，同时请梁王（吕王）吕产归还相国印，和大臣盟誓，这样齐国定会罢兵，大臣们也就安心了，您就可以回封地安心当个大王，这才是对您和后代最有利的决定呀！”吕禄听信郦寄的话，想要放弃兵权，并将此事告诉吕氏众人，但吕氏众人争论不休，并没有作出最终决定。不过从此吕禄经常和郦寄出外游玩，放松警惕。有一次碰到吕后的妹妹吕媭（xū），吕媭大骂他：“你身为将军却弃军不顾，我们吕氏一族恐怕是要死无葬身之地了！”骂完便把家里的财宝都扔在外面，说道：“我还帮别人守着它们干嘛！”如此看来，倒是这个女流之辈更有远见。
不久，灌婴和齐王联合的消息传回长安，平阳侯曹窋（曹参之子，zhú）将消息告知陈平和周勃。太尉周勃觉得时机已经成熟，于是想前往北军大营掌控北军，但是没有成功。当时，襄平侯纪通掌管符节，周勃叫纪通持着符节假传皇帝诏令，要北军接纳自己。同时，又令郦寄带着典客刘揭再次游说吕禄：“陛下已经让太尉接手北军，您再不归还将印回封国，将有大祸！”吕禄天真的以为郦寄不会出卖自己，于是把北军将印给刘揭让其转交周勃。周勃提着将印进入军门，喝令众将士：“支持吕氏的袒露右臂，支持刘氏的袒露左臂！”结果众将士都袒露左臂支持刘氏。周勃由此控制北军。
然而尚有吕产控制的南军，成败还未可知。彼时，吕产正急着入宫见天子，不知道吕禄已经归还北军将印。丞相陈平得到平阳侯曹窋消息后，派朱虚侯刘章前来辅助周勃。周勃先让曹窋告诉卫尉不让吕产进殿门，吕产不得门而入在殿外徘徊往来。而后周勃令朱虚侯刘章带兵千余前往保卫皇帝。刘章进入未央宫门后发现吕产，下令袭击。吕产逃跑，当是时狂风大作，吕产的手下一片大乱，不敢抵抗。最终于郎中府吏的厕所中击杀吕产。
吕产一死，天子派出使者慰问刘章，刘章一路带着使者驾车驰回北军，报告太尉周勃。周勃听后，向刘章拜贺道：“我所担心的就只有吕产，如今吕产已死，天下大局已定！”于是派人诛杀诸吕族人，无论男女老少皆未能幸免。不久，吕禄被捕获斩首，吕媭被杖杀。可怜吕禄一心只想回封地当王，主动放弃兵权，仍难逃一死。此后，周勃令刘章把诛除诸吕的事告知齐王，齐王和灌婴于是分别罢兵而回。
平定乱局后，参与平乱的诸大臣暗中商议：少帝和其他几位皇子都不是惠帝的亲生儿子，而是吕后用别人的儿子所冒充，分封为王，以加强吕氏的势力。现今我等已经将诸吕诛除，若仍尊他们所立之人为天子就不太像话了，应该令立贤能。其实所谓皇子并非惠帝所生多半不过是借口，担心诸皇子长大后为吕氏报仇才是真，书中众人所言“今皆已夷灭诸吕，而置所立，即长用事，吾属无类矣”，方是真言。为了日后的安全，改立天子是必须的，何况此时朝局大乱，少帝和诸皇子无依无靠，天下还不是平乱的众人说了算。但是立谁为新皇却又有争议。有人推齐王、淮南王，诸大臣以其母家强势，恐再度发生吕氏之乱为由否之。最后以代王为刘邦所存长子，宽厚仁孝，且母家本分，决定共尊代王为天子。代王即是当年曾拒绝吕后徙封赵王的刘恒。于是暗中派人召代王回京，代王几番推脱，见诸臣确是真心拥戴，方才返京即位。
新天子既然已经就位，少帝自然不能再居宫中，东牟侯刘兴居自荐道：“之前诛除吕氏我没什么功劳，现在就让我去将少帝请出宫吧！”于是带着汝阴侯滕公（夏侯婴）进宫。大势所趋，少帝也只能像家畜任人驱赶出宫。“代王夕入未央宫。夜，有司分部诛灭梁、淮阳、常山王及少帝于邸。”惠帝的子嗣不管真假，从此也就断绝了。政治斗争的无情，无辜者是没法喊冤的。
代王在位二十三年，是为汉文帝。
吕后执政期间虽然对刘氏子弟严苛，擅用诸吕，但是政治上无为而治，百姓得以修养生息，且刑罚罕用，罪犯日渐稀少，百姓勤于劳作，日益富足。所以司马迁说吕后，“高后女主称制，政不出房户，天下宴然。”算是很不错的评价。