学习小组Day 3笔记- K-molar

1.软件安装：

1.1源码编译安装：三部曲（configure, make, make install）

configure是检查系统的库文件、类文件、依赖软件是否存在以及它们的版本是否满足需求，并根据实际检测结果生成Makefile的工具。最常用的就是指定软件的安装目录--prefix=/home/ct/soft/specific_name.
make则是具体的编译过程.
make install通常是拷贝make编译出来的可执行文件或者依赖的库文件(如果有的话)到configure时的--prefix指定的目录下.
添加到环境变量，一般存在于 . ~/.bashrc
export PATH=$PATH:/home/ct:/home/bin:/home/soft/bowtie2/bin

2.Miniconda安装

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh#下载miniconda
sh Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh#安装Miniconda 但老师的bash命令我报错查了下用sh就能运行了
source ~/.bashrc#来激活conda
conda#输入conda不报错就说明安装成功了

添加Conda的channel

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

3.软件安装

conda search fastqc#搜索软件库
conda install fastqc版本号
conda install fastqc -y#自动安装

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