使用CompareM计算细菌基因组间的amino acid identity

手里有一个细菌的基因组序列，如何分析和挖掘基因组信息对我是一个头疼的问题！！先依葫芦画瓢吧，看了一些文献，很多做比较基因组学分析，计算了多个基因组之间的平均核酸一致性average nucleotide identity（ANI）和氨基酸一致性amino acid identity（AAI）。

平均核酸一致性average nucleotide identity（ANI）的计算教程网上比较多，比如JSpecies的使用，今天主要分享一下氨基酸一致性amino acid identity（AAI）计算。CompareM is a software toolkit which supports performing large-scale comparative genomic analyses. It provides statistics across sets of genomes (e.g., amino acid identity) and for individual genomes (e.g., codon usage). 

ubuntu 16 系统下操作

1.CompareM软件安装

依赖软件的安装

prodigal >= 2.6.2: Hyatt D, Locascio PF, Hauser LJ, Uberbacher EC. 2012. Gene and translation initiation site prediction in metagenomic sequences. Bioinformatics 28: 2223-2230.

diamond >= 0.9.0: Buchfink B, Xie C, Huson DH. 2015. Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND. Nature Methods 12: 59–60 doi:10.1038/nmeth.3176.

需要SciPy Stack（numpy, scipy和 matplotlib），大多数Linux系统是自带的，如果没有前往http://www.scipy.org/install.html去安装。

comparem安装 

> sudo pip install comparem

#comparem是基于python2的， 我的系统是python3，因此我用bioconda构建了一个python2的虚拟环境，在python2环境中使用comparem

> comparem aai_wf input_files  output_dir  

aai_summary.tsv文件中给出了基因组两两间的amino acid identity值。