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gtf格式的基因注释文件转bed格式.

基因注释文件在基因组分析过程中起这非常重要的参考作用,前面已经讲过一期gtf文件基本格式及列提取技巧,比如根据gene_name或gene_type提取某个基因信息或全部蛋白编码基因信息,但gtf文件太大且比较冗余,今天介绍个将gtf文件转为bed格式的脚本.

使用格式如下:

perl ./gtf2bed.pl gtf文件 输出文件名

脚本下载地址: https://github.com/kubranarci/gtf2bed

例如: gencode19版本的长非编码RNA的gtf注释文件转bed6格式:

gtf格式的基因注释文件转bed格式._第1张图片
gtf文件 
perl ./gtf2bed.pl gencode.v19.long_noncoding_RNAs.gtf  a.bed

结果如下:

gtf格式的基因注释文件转bed格式._第2张图片
bed文件

当然使用bedtool的convert2bed或gtf2bed也是可以的.

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gtf格式的基因注释文件转bed格式._第3张图片
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