2014年3月1日新《公司法》颁布实施，注册资本实缴登记制度转变为认缴登记制度，工商部门只登记公司认缴的注册资本总额，无需登记实收资本，不再收取验资证明文件。这样一来，很多企业在注册登记时，总以为反正不需要实缴资本，注册资本高一点更好，注册资本金额大能够显得公司有实力。而2014年税务总局出台的《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》，又没有能够充分考虑到注册资本认缴制下的复杂情形。随意的“注册资本”背后其实隐藏着无法扣除费用的税务风险，并引发一定的税务问题，下面跟大家分析一下。
一、投资未完全到位，利息不能税前扣除
在企业注册资本尚未缴足的情况下，企业取得借款资金进行经营活动发生的利息费用，面临不可以足额进行税前扣除的风险。
政策依据：
《国家税务总局关于企业投资者投资未到位而发生的利息支出企业所得税前扣除问题的批复》（国税函[2009]312号）规定，“根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第二十七条规定，凡企业投资者在规定期限内未缴足其应缴资本额的，该企业对外借款所发生的利息，相当于投资者实缴资本额与在规定期限内应缴资本额的差额应计付的利息，其不属于企业合理的支出，应由企业投资者负担，不得在计算企业应纳税所得额时扣除。”
据上述规定，企业存在实缴资本额低于应缴资本额的情形利用借贷资金进行经营活动产生利息费用支出的，实缴资本额与应缴资本额的差额部分对应的利息费用支出不属于企业所得税法实施条例第二十七条所规定的“合理的”支出，不允许税前扣除。
另外，如果企业向关联企业借款，实际支付给关联方的利息支出，不超过2:1的债资比例和税法及其实施条例有关规定计算的部分，准予扣除，超过的部分不得在发生当期和以后年度扣除。而在注册资本尚未缴足的情况下，依2:1的债资比例计算的利息支出准予扣除的金额自然会减少，纳税调增的风险会增大。当然，企业如果能够按照税法及其实施条例的有关规定提供相关资料，并证明相关交易活动符合独立交易原则的；或者该企业的实际税负不高于境内关联方的除外。
简单说来，就是假如公司注册资本一个亿，约定2016年12月31日缴纳完毕，但是你们公司一直没有实际缴纳的话，你们公司如果在2017年借款1000万，这1000万的利息是不可以所得税前扣除的！
二、认缴后未（全部）实缴出资，股权转让个税会有大麻烦！
认缴后未（全部）实缴出资情况下的股权转让所得税问题，主要是个人股东的个人所得税，法人股东除涉及关联企业股权转让外，企业所得税方面一般不存在问题。
股权转让所得税问题其实就是股权转让收入和股权原值的确定问题。
（一）股权转让收入如何确定
政策依据：
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号，下面简称“管理办法”）的第四条规定，个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。第十二条规定，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的，应视为股权转让收入明显偏低。《管理办法》把“股权对应的净资产份额”作为判断申报的股权转让收入是否明显偏低的依据之一。申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的，税务机关采用净资产核定法时，核定的股权转让收入=股权转让时公司的净资产×股权转让比例。该核定方式在实缴制下或认缴制下全部认缴出资已到位的情况下是合理的，但在认缴制下当认缴出资尚未全部出资到位的情况下就会出现不合理的情况。
举例说明：
如甲乙分别认缴70万和30万投资成立了A公司，分别占股70%和30%。公司成立后半年内甲按照公司章程的约定向公司实缴了70万资本金，乙认缴的资本金迟迟没有出资。年底公司盈利，账面所有者权益（净资产）为80万元。由于乙一直没有缴纳资本金，甲乙发生了矛盾，于是在征得甲同意后，乙将自己30%的股权以0元的价格转让给丙（注：丙要在承让股权后的三个月内向公司实缴30万资本金）。此后，税务机关对本次股权交易价格进行了调整，要求乙补缴税款及滞纳金。
案例中，如果单纯从A公司的资产负债表来看，公司的净资产为80万元，乙持有30%的股权，对应的净资产为24万元，以0元的价格转让，显然低于账面净资产，根据《管理办法》规定，属于“股权转让收入明显偏低”；但根据《公司法》、《合同法》的相关规定，按实缴出资分红是基本原则，在对股东投资权益没有特殊约定的情况下，由于乙并未实缴出资，其不能享有股东的分红、优先认缴出资等权利，即乙不享有公司净资产80万元的份额。就此而言，如果对乙按照持有30%的股权所对应的账面净资产核定其股权转让价格是明显不合理的。因此，乙应提供未实际缴纳注册资本、无法取得分红等材料证明其以0元的价格转让股权的合理性，并与税务机关充分沟通。
（二）股权原值如何确定
又如甲、乙、丙各认缴400万元注册资本金成立注册资本1200万元的A公司，公司成立一年后，尚未收到三位股东缴纳的出资，但是经过一年的经营，公司在业内前景看好，有较高的品牌价值。为了公司能够更好发展，股东会一致通过决议，修改公司章程，决定自股东会决议通过之日起一个月内，由三位股东将各自认缴的注册资本金实际缴付到位。期满后，甲、乙两位股东认缴的资本金均已缴付到位，但是股东丙因自身原因未能缴付认缴出资，形成了股东丙事实上欠缴注册资本金的局面。半年后，丙仍未能履行其出资义务，经股东间协商一致，由甲、乙两位股东共同出资600万元收购丙的股份。据此，三方股东签订了股权转让协议，约定，甲、乙共同支付股权受让款600万元给丙，同时扣除丙欠缴公司的注册资本金400万元，由甲、乙将400万元欠款缴付至公司。
《管理办法》第十五条和第十六条规定了“以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值”等六种确认个人转让股权原值的方法。而对于认缴制下未实缴的股权原值如何确认，《管理办法》中并没有明确的规定，在上述案例中，若只有实际缴付至公司的出资才可以作为股权转让的原值扣除，那么，股东丙的股权原值应为零，则其股权转让所得应为600万元，应纳个人所得税600万元×20%=120万元，这显然是不合理的。
在认缴后未（全部）实缴出资情况下，股权转让收入和股权原值应相互综合考虑来确定，如上述案例中，股权转让收入600万元包含了应缴公司的注册资本400万元，若只有实际缴付至公司的出资才可以作为股权转让的原值扣除，则股权转让收入应扣除应缴公司的注册资本金400万元后确定为200万元；若根据三方股东签订的股权转让协议，可将由甲、乙从股权受让款600万元中缴付至公司欠缴公司的注册资本金400万元，作为股东丙的股权原值，则股权转让收入为600万元。两种方法下，股权转让所得都为200万元。望税务总局尽快明确注册资本认缴制下，股权转让收入和股权原值的确定问题。
三、多余的注册资本金获取的利息收入，个人股东所获的税后收益税负较重
注册资本定高了，个人股东按企业章程实缴后，企业资金就会出现闲余，只好放在银行获取利息收入；而如果是公司制企业，利润要交纳25%的企业所得税和20%个人所得税后才分红到股东，相对于股东个人自行投资或投到个人独资、合伙企业，个人股东所获的税后收益税负较重。
所以，也不能傻傻的为了全部实际缴纳，就多实际缴纳过多注册资本，从而让股东收益遭受损失！
四、最后提醒一下，注册资本实行认缴制后，认缴但未实际收到投入的资本时，无需缴纳印花税，待实际收到投入资本时再缴纳印花税。
这一点尤其提醒广大会计，很多企业增加注册资本时并没有产生印花税纳税义务，只有实际缴纳才需要缴纳！