教授治校
美国大学里的教授通道分为终身教职通道和非终身通道两种。不得随意辞退教授，使得教授不必顾虑政治、宗教和赞助人的利益，自由地进行研究和发表言论，拥有最大程度的学术自由。
只有终身教职通道上的教授才有资格管理学校，主要是学校中系一级的制度制订和日常事务管理。教授治校是美国大学的普遍传统，可以降低行政成本，使管理民主公正，并保证学术自由。
复杂的分权管理
美国的研究型大学从行政上分为学院和系。
学院是最重要的教学和科研单位，在管理上有很大的自主性。一个大学可以看成很多学院的联邦。
校长的首要任务是搞定办学经费。教务长负责具体的教学和科研管理，各学院院长通常向教务长汇报。
学院自主决定学科发展方向和师资队伍建设，以及制订学生培养原则和毕业要求。
系里主要负责教学任务，教授评级，和研究生管理。
很多大的实验室和研究中心通常会跨好几个系，实验室和系实际是交叉关系，它们各自的管理是分离的，实验室主要负责科研，系里主要负责教学和人事管理。
财务收入
与公立大学不同，美国私立大学没有各级政府税收的支持，它们的经费主要有四个来源：学费、科研经费、捐赠和对外培训费。
由于对中低收入家庭的优惠政策，本科教育每年其实都是赔钱的，需要其他收入去补。
科研经费专款专用，但是学校会对教授拿到的研究经费额外收取一笔管理费，大约是研究经费的40％-60％。
相比受制于政策扶持和审核制度的科研经费，捐赠是更受大学青睐的净收入。各大学在学校和学院两级都设有专门的办公室，负责寻求捐赠。捐赠收入除了建设学校，还能建立科研基金和奖学金，因此学校会给出冠名权拍卖、子女入学照顾等各种福利来吸引捐赠者。
培训收费包括在职继续教育、中小学暑期班、EMBA班等，硕士教育收入也属于此盈利部分。但收入高低主要取决于学校名气和培训课程的名气，几家欢喜几家愁。
董事会监管
董事会源于信托，即将学校资产委托给一些人来管理，他们就是学校的董事。董事会在学校一级和院系两级都有董事会，负责校长的选择和任命，以及其他重大事务决策。
19世纪中期以后，董事会成员由社会名流和行政官员向企业家和商人、金融家转变。
学校董事会帮助学校解决财务问题，参与制订大学的发展规划，为大学开展宣传和合作。学院一级的董事会则更多地关注具体行业发展和学院的专业建设。
系一级的董事会成员却通常来自学术界，主要是各大学的系主任和院长。他们负责帮助系里向学院和学校争取资源。
一个合格的董事需要为学校教育投入金钱、时间和精力，他必须关心教育、懂教育、具有一定道德水准。老牌私立大学的董事会依然是WASP(White, Anglo-Saxon, Protestant)男性为主。
美国私立大学没有政府的背景和支持，有赖于社会精英们维系它们的地位，董事会在其中扮演着重要角色。也因此，它们在招生时会多少偏向于精英阶层。