1945年8月上旬，二战即将结束的前夕，日本首相铃木贯太郎考虑接受《波茨坦公告》，无条件向盟军投降。但是，在内阁会议上，陆军强烈反对投降，为彻底抗战吵嚷不休，最终决定在8月9日有裕仁出席的御前上会议再定夺。此次御前会议一直开到深夜，最后，裕仁同意在保证国体的前提下同意接受《波茨坦公告》。8月14日，在得到联合国的回复后，裕仁又一次召开御前会议，再次下达接受公告的“圣断”，决定投降。
这两次御前会议均是在皇宫吹上御苑内的地下防空堡内召开，具体位置是在其中一间名为参谋本部附属会议室内。这处地下防空设施由日本陆军负责设计与建造。
1 建 造
1941年6月初，陆军大臣东条英机在得知宫内省工务部负责建造的“御文库”等昭和天皇用于避难的防空设施不能承受直接命中的炸弹一事之后，命令陆军筑城本部（主要负责海岸要塞设计施工的组织，直属陆军大臣）本部长野口政义中将负责为天皇建造更加坚固的防空设施。对此，东条还放宽了很多权限，并且不设费用上限，允许自由调动陆军第1师团的士兵作为工程人员。此项工程还受到严格保密，匿称为“戊号工事”，工程期限很短，要求9月底竣工。
接到命令后，筑城本部立即着手选址与设计。经过一番调查，筑城本部认为位于吹上御苑北部的一座名为地主山的小山丘（25米）最为适合挖掘建造此设施。
这座地下防空堡的正面朝北，有东西两个入口，入口外是挖掘地主山北坡铺设的门前通道，连接着吹上御苑外环道路，入口内分别连接着东西通道，东西通道又由中通道连接，在东西连接处又各设一个入口，进入这两个入口之后，就来到了是防空堡核心部分。
核心部分是用防弹门隔离的防弹区域，这里面包括天皇起居的御休所与会客室、会议室（参谋本部附属会议室）、卫生间、通信室以及机械室。
筑城本部的设计获得了陆军与宫内省的一致同意。对于这个新的防空堡，很多人经常将其与御文库混淆，不过它们并不是同一设施。御文库是一幢有着地下室的地面建筑物，地下防空堡则位于御文库东北约100米处，为一座纯粹的地下建筑。另外，前者还是天皇日常的起居地，后者则具有战略功能，在遇到空袭的情况下，这里即可成为“最高司令部”，天皇可以在此继续指挥陆海军。
2 防空堡的内部设施
日美开战后，每逢空袭，天皇就躲到防空堡避难。本来，天皇从皇宫到防空堡预定乘车转移，之后由于感觉行驶在路面上的汽车容易成为攻击目标，会给天皇造成生命威胁，遂改为从御文库挖一条地下通道直通防空堡。这条地下通道长约100米，通道的墙面通过打木桩和木板防止泥土脱落，地面铺设碎石和沙，因为是临时通道，所以在做工上较为粗糙。在挖掘该通道时，动用了赤羽的工兵联队。
御休所是天皇起居室，面积为20平方米，墙面贴上木板，木板表面涂有光亮的油漆，地面也铺有木板，在木板上再铺一层地毯。紧邻着御休所北面的是会客室，两室之间用木制装饰门隔断。
御休室的西侧为机械室。机械室占地70平方米，根据陆军科学研究所的指导，这里配置了发电机组、防毒气电动毒气过虑装置、自行车型的人力毒气过渡装置、冷气机、饮用水及其他用水水箱。
会议室就是讨论是否接受《波茨坦公告》的两次御前会议召开地，其正式称呼为“参谋本部附属会议室”，面积55平方米，墙面与御休所一样，贴上了涂了油漆的木板。这里虽然处于地下，但为了保持作为日本最高意志决定的场所的格局，地板上铺了地毯，南北的入口设装饰门。
通信室邻接会议室的东侧，有通信兵24小时值班，是宫城内的情报中心。这里与宫内省、陆军省、海军省及掌握防空情报的东部军司令部等重要部门之间有热线连接，热线的外部线路与防空堡内的电话终端通过内设的日本国产的T型自动交换机连接。
防空堡共有三处卫生间。会议室东面的卫生间为天皇专用，南走廊与北走廓西端的卫生间为一般人员使用。污水朝着地势更低的北面排出。
3 防空堡的防弹措施
二战时，对重要设施的空袭一般是使用250公斤至500公斤的炸弹，因此，天皇地下防空堡的承受能力被设定为对250公斤炸弹的轰炸要绝对安全，而对于500公斤炸弹的轰炸则为基本安全。为了满足这个要求，防空堡的顶盖厚度为4米，共三层，从下到上分别是钢筯混凝土层、沙石层以及钢筋混凝土层。御休所、会客室和会议室的顶盖下面另外还加了一块约2.54厘米厚的强化钢板，使其顶盖的钢筋混凝土层和沙石层被炸穿之后，还有最后一层保护。最后，整个防空堡上面还覆盖了15米以上厚度的土层，并种上植物，起到伪装的作用。
防空堡的外墙厚度为1.5米，内墙厚度为1米。最重要的御休所与会客室、会议室的周围配置走廊、通信室和机械室，每个房间都有内外双层隔壁相隔，有些甚至还有三层隔壁。出入防弹区域均有30厘米厚的防弹门把持，防弹门耐冲击但气密性低，出于防毒气的考虑，防弹门的内侧还加装了密闭门。
4 防护升级
从1944年开始，日本着手准备本土决战，大本营和其他政府机关计划从东京疏散，搬到建在长野县松代的一座巨型防空堡，即“松代大本营”，这座防空堡建在一座由玢岩和黑色页岩构成的山体中。但是，1945年4月，陆军工兵学校的研究部长净法寺大佐直接接到了刚刚就任陆军大臣的阿南惟几大将下达的命令：“天皇陛下表示无论如何也不离开东京，所以不会前往松代避难。你们一定要加强宫城内的防空堡，使之足以承受10吨炸弹的空袭。”
10吨炸弹是什么东西？1943年，英国皇家空军在其5.4吨的“高脚橱”炸弹基础上开始研制更大型号的炸弹，1945年3月14日，这种名为“大满贯”的10吨重炸弹进行了首次成功测试，一天后，第617中队的“兰开斯特”轰炸机就在德国比勒菲尔德使用这种炸弹成功炸毁了一座铁路桥。至二战结束，英国皇家空军一共使用过42枚这种炸弹进行过9次空袭，目标多为铁路桥和潜艇洞库这类有着坚固结构的目标。美国也从英国引进了“高脚橱”和“大满贯”的技术，仿制出了T-10和T-14型炸弹，一架B-29“超级空中堡垒”可以携带2枚T-10或1枚T-14。
日本方面正是在得知德国遭到了10吨“大满贯”炸弹的袭击之后，为了防备美军也用相同的炸弹对日本发动空袭，才做出了对天皇地下防空堡进行强化升级的决定。而在当时，陆军筑城本部已经解散，原来的部员都到前线指导当地部队的防御工事，因此对现有天皇地下防空堡的升级设计任务就落到了净法寺大佐的头上。净法寺在接到命令后立即开始设计，在对1942年占领菲律宾时缴获的一枚美制1000公斤炸弹进行调查后，他提交了防护措施升级方案，要点是能够完全承受2枚5吨炸弹的轰炸，大体承受10吨炸弹的轰炸。
该方案的主要措施就是在顶盖上再设置一层引爆层和一层防弹层。引爆层的作用是防止炸弹钻入地下之后再爆炸的毁灭性破坏，使其在地表处就爆炸，冲击波能量再由引爆层下面的防弹层吸收化解。引爆层的主体为两层纵横交错的铁轨无间隔铺设，还以钢筋混凝土进行加固；防弹层的结构基本为钢筋混凝土。两层相加的总厚度约为3.5米。
经阿南陆军大臣审批通过后，强化工程以匿称“一号演习”为幌子从1945年5月5日开始动工。施工人员主要为在东京附近驻屯的近卫师团官兵，建造物资由近卫第1师团长森赳中将指挥的经理部筹措，东京都交通局也让出库存的铁轨用于建造引爆层。
经12万人次不分昼夜的施工，引爆层和防弹层于7月15日建好，之后又与以前一样，在上面覆盖泥土并种植植物进行伪装，7月30日交付宫内省。
5 最终命运
1945年8月15日正午。当广播在全日本播放天皇宣布接受《波茨坦公告》和决定投降时，裕仁本人也坐在防空堡内听着预先录好的自己的声音。在1945年7月以后，裕仁就每晚都在防空堡内的御休所渡过，而由于担心反对投降的势力可能因不满投降而闹出什么事端，故而在“玉音放松”的这个时刻，裕仁也置身防空堡内。
战争结束后，裕仁表示不用再对这个地下防空堡继续维护，于是地下通道被掩埋。2015年8月1日，宫内省公开了防空堡的最新照片，由于时间久再加上湿气重，天花板和墙面都挂满了水珠，墙面的木板斑驳脱落，地面的木板也断裂或翘起，铁门锈迹斑斑，狸甚至在此建起了巢穴，一派荒废的景象，任谁也无法联想到这里是天皇决定投降的地方。在照片公开后，日本不少学者表示，这个防空堡是决定日本命运的场所，为重要历史遗迹，建议宫内省复原和继续保存，但目前宫内省尚未有回应。
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