什么？微生物的表型也能预测？(Predicting phenotypes)

什么是表型

表型（Phenotype），又称表现型，对于一个生物而言，表示它某一特定的物理外观或成分。表型主要受生物的基因型和环境影响。表型可分为连续变异或不连续变异的。前者较易受环境因素影响，基因型上则会受多个等位基因影响。

• 括革兰氏阳性（Gram Positive）
• 革兰氏阴性（Gram Negative）
• 生物膜形成（Biofilm Forming）
• 致病性（Pathogenic）
• 移动元件（Mobile Element Containing）
• 氧需求（Oxygen Utilizing，包括Aerobic、Anaerobic、facultatively anaerobic）
• 氧化胁迫耐受（Oxidative Stress Tolerant）等

早期的遗传学家欠缺分子生物学技术，无从直接观察DNA构造，生物和其后代的表型就是他们判别其基因型的工具。早期的遗传学家欠缺分子生物学技术，无从直接观察DNA构造，生物和其后代的表型就是他们判别其基因型的工具。

比如，孟德尔、摩尔根

为什么要知道微生物的表型

重温微生物三大经典问题

三大经典问题

How they will respond to environment change ?

Microbiome phenotypes vary by body site

Human Gut Microbiome Viewed Across Age and Geography

BugBase prediction across the tree of stool-associated bacteria from the Human Microbiome Project.

Microbiomes across temperature&&pH gradients

Structure, function and diversity

• 让测序理实验更近

哪里有表型

IMG

Integrated Microbial Genomes

KEGG

Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

PATRIC

Pathosystems Resource Integration Center

怎样做表型预测

knights Lab

BugBase Predicts Organism Level Microbiome Phenotypes
BugBase
Git hub

BugBase Workflow

knights Lab
blekhman Lab
BugBase, another cool tool to help moving towards asking WHAT instead of just WHO from your 16S and WGS data.
Structure, function and diversity of the healthy human microbiome