《解忧杂货店》讲述了一个奇异的故事：三个因入室盗窃而躲避警察追捕的少年，误入了浪矢杂货店，收到了来自上世纪70年代的来信，从此揭开了这家不起眼的杂货店过去和现在的一连串故事。如果你有什么烦恼，写信投进浪矢杂货店前门的信箱，第二天就能在后门的牛奶箱里收到回复。
杂货店主人浪矢雄治真诚贴心地给每一个烦恼回信，每一封信的背后都有一个不为外人道也的故事，《解忧杂货店》巧妙地将这些故事串联在一起。这些故事，有的悲壮，有的温情，发生在不同时空中的故事，在不经意中影响了另一个故事的走向。
01 鱼店继承人的音乐梦想
身为鱼店的继承人，克郎却中断学业去追寻音乐梦想。然而，音乐这条道路上并不顺利，苦心创作的歌曲在音乐人眼里也只是“还不错，但没什么新意”。
因为奶奶的去世，离家三年的克郎又回到了家乡的小镇。看着父亲快速衰老，他动了回来继承鱼店的念头，想不到曾经反对他搞音乐的父亲，却鼓励他继续坚持下去。
再次回到东京依旧默默无闻，一次偶然的机会克郎开始去各地的孤儿院做慰问演出。圣诞节这天，克郎来到一所叫丸光园的孤儿院演出，在这里他遇到了一个对音乐极有天赋的小女孩小芹，小芹很喜欢克郎的作品《重生》，在听过两遍后就能完整哼唱这首歌的旋律。
这一晚，丸光园发生火灾，为了救小芹的弟弟，克郎葬生火海。后来的小芹成了一名天才女歌手，在每一次演唱会结束时，都会唱起那首《重生》，这首歌的作者是她弟弟的救命恩人，如果没有他，就没有后来的歌手小芹。作为对克郎的报答，小芹决定这一生都会一直唱这首歌。
在回家的那几天，克郎曾向浪矢杂货店写信，诉说自己的烦恼。他得到的回复是：
你对音乐的执着追求，绝不是白白付出。我相信，将会有人因为你的歌而得到救赎，你创作的音乐也必将流传下去。
02 未婚妈妈的生命延续
绿河小姐怀上了有妇之夫的孩子，对方不会为此负起责任，而如果将孩子生下来，可以预见一个女人独自抚养孩子，将来的生活会很窘困。一般人看到这，都会劝她把孩子拿掉，但绿河小姐是很难生育的体质，这次怀孕是她最后当妈妈的机会。
绿河小姐将她的烦恼写信给了浪矢杂货店。
一年以后，浪矢雄治看到了一篇报道，一名女子带着自己一岁左右的婴儿驾车坠入海中，婴儿奇迹生还，而女子被发现时已身亡。这名未婚女子没有工作，生活窘迫，甚至交不起房租而被勒令搬家。由于现场没有刹车的痕迹，警方认为携子自杀的可能性很高。
这篇报道给了浪矢雄治沉重一击，对比报道上的信息，这名女子很可能就是一年前写信咨询的绿河小姐。浪矢雄治开始思考，自己写过的那么多回信，不知道有没有帮助到咨询者，或者这些咨询者按照自己的回答去做，却陷入了不幸的境地，想到这些，他如芒刺背。于是，他关掉了杂货店。
关掉杂货店不久，浪矢雄治生病住院，由于某种不可言说的原因，他回到杂货店住了一晚，并收到了来自未来的回信。
回信的这些人是曾经咨询过浪矢杂货店的人，大多数人参考了杂货店的建议，有了不错的结果。其中有一封信很特别，写信人是在丸光园的孤儿院长大，在母亲的遗物中有一封来自浪矢杂货店的信件，自此她知道了自己的身世，原来她的母亲就是当初驾车坠海的绿河小姐。
她怨恨过母亲为什么要生下她，觉得母亲的坠海是自作自受，朋友看她如此漠视生命，跟她回忆起了孤儿院的一场火灾。朋友的弟弟差点在那场火灾里丢掉性命，幸好被当晚来表演的一位业余歌手救出来，然而这位歌手却严重烧伤去世了。朋友流着泪说，希望她能明白生命是多么可贵。
从此，她终于可以坦率地感谢母亲，也感谢浪矢杂货店当年的建议，让她能来到这个世界。如今她是那位朋友的经纪人，朋友已经成为全国知名歌手，用自己的方式在给两姐弟的救命恩人报恩。
03 三个少年的神奇体验
翔太、幸平、敦也三位少年入室盗窃后，为了躲避警察的追捕，误入废弃了的浪矢杂货店。在杂货店的这一晚，不断有来自过去的信件投进来，虽然困惑，但三位少年还是认认真真地给这些信件回信。神奇的是，只要把回信放在后门的牛奶箱里，就能邮寄到过去的时空里。
三位少年虽然不是浪矢雄治，但误打误撞中也帮助了不少人，站在未来的时空中，给予了过去这些人的烦恼一些特殊的指引。而这种被人咨询烦恼的感觉也让这三位少年感觉很特别，能被如此需求着，是一种未曾有过的体验。
收到鱼店音乐人克郎第一封信的时候，三位少年还对身为祖传鱼店独生子的烦恼嗤之以鼻，认为他生活太舒适了，直接否定了他的音乐梦想，让他回去继承鱼店。克郎对这封回信很气愤，立马写信反驳了。令人惊异的是，当克郎的信从投递口塞进来时，还伴随有口琴声。
敦也三人对这段旋律很熟悉，这是知名女歌手水原芹广为人知的成名作《重生》，关于这首歌背后的故事，三人从小就耳熟能详，因为他们也是在丸光园长大的。一番推敲后，三人终于明白了，这位鱼店音乐人就是水原姐弟的恩人。预知了那些无法改变的事实后，三个少年想写封信好好感谢他，如果没有他，水原芹很可能不会成为歌手——丸光园引以为傲的希望之星，大家也听不到《重生》了。
三人在信的结尾写了这样一段话：“你对音乐的执着追求，绝不是白白付出。我相信，将会有人因为你的歌而得到救赎，你创作的音乐也必将流传下去。”
结语
每个人将烦恼投进信箱的那一刻，就像抛起硬币，答案其实已经在心里了，只是需要一些肯定、鼓励推动自己去做出那个选择。《解忧杂货店》围绕着浪矢杂货店和丸光园，一封封信件发挥着特殊的魔力，将这些愿意改变、积极认真生活的人串联在一起。书里的每个人，用自己的行动影响了别人，也在不知不觉中被别人影响了。
故事的最后，敦也试着往信箱投了一张白纸，在他们打算离开杂货店时，发现牛奶箱里有一封回信：
“正因为是一张白纸，才可以随心所欲地描绘地图。一切全在你自己。对你来说，一切都是自由的，在你面前是无限的可能。这可是很棒的事啊。我衷心祈祷你可以相信自己，无悔地燃烧自己的人生。我以后应该不会再回答烦恼咨询了，感谢你在最后问了一个很有价值的难题。”
三个少年和浪矢杂货店真正的主人，就这样跨越了四十年的时空对上话了，这封浪矢雄治回复的最后一份信，点亮了三个迷途少年内心的明灯。