学习小组Day3笔记--王陈

思维导图

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1. 准备工作：检查有没有bzip2
   命令行输入bzip2,检查有没有这个软件,若提示bzip2: command not found, 则输入yum install -y bzip2进行安装。
2. 下载miniconda
   百度或谷歌搜索miniconda,选择服务器对应的版本，选择python3.6对应的版本右键复制下载链接（安装脚本文件）。
   登陆服务器，进入biosoft目录（cd biosoft), wget 复制的下载链接（下载安装脚本文件）,bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（运行脚本安装文件安装miniconda),用source ~/.bashrc来激活conda, 命令行输入conda,出现满屏的信息说明安装成功,若出现报错则删除miniconda目录重新安装。

3. 添加镜像
   把下面代码一行一行复制到命令行，粘贴，回车

   
   
   

   添加镜像
   
   

   注：第一次安装不需要remove 所以加了#号。如果曾经添加过国内镜像，需要去掉第一行行首的#再运行第一行。

4. conda的使用
   • conda list(查看当前所有软件列表 )
   • conda search fastqc(搜索软件，以fastqc软件为例)
   • conda install fastqc -y(安装软件，以fastqc软件为例，默认最新版本，可以指定版本进行安装 conda install fastqc=0.11.7 -y)
   • conda remove fastqc -y(卸载软件)
5. conda环境
   • conda info --envs（查看conda环境）
   • conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y（新建一个rna-seq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqch和trimmomatic）
   • conda activate rna-seq(激活新的conda环境)
   • conda remove -n rna-seq fastqc -y（卸载conda环境中的某个软件）
   • conda deactivate（退出当前conda环境）
   • conda remove -n rna-seq --all（卸载conda环境）