转-NAMD中原子速度过快的问题

1. 能量最小化不够，增加minimize的步数。能量最小化3000步一般是足够的，不必把能量最小化至收敛的情况，那样意义不大。消除一些明显不合理的构象就足矣。
2. 能量最小化已经充分进行，还出现这个问题，那么说明模拟计算的步长过大，这样导致一些原子会在模拟进算出挨得过近，然后在下一步势能计算中受到过大的斥力被弹开，从而产生很高的速度。减小步长即可。这个情况发生在气相中较多，合适的步长是0.5 fs，液相的模拟1- 2 fs 都是合适的。
3. 周期边界的情况下，如果周期单元的尺寸设置得过小的话，亦会出现这种情况，应当在元胞间留出适当的空隙。
4. 如果周期边界留出了足够的空隙仍然无效，在设置文件中把margin的值设得更大一些，如将其值设置为3。