- salmon分析RNA-seq实战
超级无敌大蜗牛
Salmon应用查看帮助文档#查看可用的命令###Salmonv0.9.1salmon-h#查看帮助文档之Salmon'squasi-mapping-basedmodesalmon--no-version-checkquant--help-reads#查看帮助文档之Salmon'salignment-basedmodesalmon--no-version-checkquant--help-alig
- 【块】生信上游-6 Salmon
JamesMori
两种模式:mapping-basedmode与alignment-basemode特点:fast,built-inselective-alignmentmappingalgorithm官方文档中,transcript是序列,fraction是reads现版本用的是Selectivealignment,Theuseofselectivealignmentimpliestheuseofrangefac
- 秋天的树叶艺术
程明明是我
大家好,今天的生活分享我们来针对秋天的落叶开下脑洞,将有一大波图片和视频袭来……先给大家发一组图片,这个日本的艺术家Teriyaki创作的叶雕艺术作品,因自小患有专注力不足及过度活跃症(ADHD),为了克服及改善患病带来的影响,于是专注于在小小的叶子上雕刻,来训练自己的耐性及专注力,并且透过作品鼓励其他同样患有ADHA的病友,他的作品灵感多源自日常生活中的食物,当中一片以水族馆为题的作品更备受关注
- Chrome开发者工具三个小技巧
flyingjimmy
Hello,这篇文章的内容来自订阅的邮件,所以没办法给出链接。作者是ng-book的Nate,或许大家网上可以找到原文。1.console.table这个应该很直观明显,可以直接在console上试试。console.e.jpg2.在console.log中使用CSS用法就是:console.log("%cHello,World!","font-size:600%;color:salmon;fon
- salmon 转录本定量转为基因水平定量
今天没回家
需要提前安装GenomicFeatures和tximportlibrary(GenomicFeatures)library(tximport)gtf_file='gene.gtf'txdb<-makeTxDbFromGFF(gtf_file)k<-keys(txdb,keytype="TXNAME")tx2gene<-select(txdb,k,"GENEID","TXNAME")count_di
- 简易的移动端 Touch 滑动反弹及上拉刷新,下拉加载的提示方法记录
chouchou723
完整代码:其实主要也就是记录touch的clienY做一个处理移动端Touch滑动反弹/*样式初始化*/*{margin:0;padding:0;}html,body{width:100%;height:100%;}aside{height:100%;width:100%;background:salmon;}/*列表的父盒子,限制宽高*//*注意设置overflow:hidden;样式后,超出这
- 使用rna-seq定量软件salmon运行index步骤遇到的一个问题(计算集群slurm)
凉亭下
开发语言
salmon帮助文档https://salmon.readthedocs.io/en/latest/building.html#installationgithub主页https://github.com/COMBINE-lab/salmon我最开始是直接使用conda安装的v1.4首先第一步是对参考转录组进行索引,命令salmonindex-tpome.fa-itranscripts_index
- 通过tximport将Salmon结果传递给DESeq2最直白过程
月神蛾
1.更改目录setwd()2.安装R包BiocManager::install()3.加载R包library(DESeq2)library("tximport")library("readr")4.读取转录本与基因关系文件,trans2gene.csv第一列为转录本,第二列为基因,需要加表头:tx2gene<-read_csv("trans2gene.csv")5.设置sample矩阵,run为样
- 总结获取dom元素宽高的几个属性区别
热情市民阿俊
js获取dom元素宽高,我们用的最多的有三种(此处不包括获取元素width等属性值或者css属性值),即clientWidth、clientHeight,offsetWidth、offsetHeight和scrollWidth、scrollHeight。先上代码Document.demo{height:300px;width:300px;background-color:salmon;border
- CSS 属性值计算过程
下雪天的夏风
csscss前端css3
目录例子1,确定声明值2,层叠冲突2.1,比较源重要性2.2,比较优先级2.3,比较源次序3,使用继承4,使用默认值其他例子我们来举例说明标签最终的样式:标题一样式表1——自定义样式.red{color:salmon;font-size:40px;}h1{font-size:30px;}divh1.red{font-size:20px;font-size:3em;}div{background-c
- 不一样的卡梅科-英文版5.I love the black kitty
37625
今天录的是第5本,《我爱小黑猫》Ilovetheblackkitty黑猫会带来厄运?起外号?排外?霸凌也存在在小鸡们之间。。。这只小黑猫结果是传说中的PussinBoots--跟Leo妈妈学过这本书的小朋友们,还记得它吗?愿大家都能于己不妄自菲薄,于人不妄加评判。1.salmon/ˈsæmən/三文鱼,大马哈鱼2.allergic/əˈlɜːdʒɪk/过敏be~to对...过敏3.feelingl
- linux学习100篇38:转录组分析用软件及安装salmon
Seurat_
安装(rnaseq)root11:55:29~$condainstall-ysalmonCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewerversionofcondaexists.[-h|options]Commands:index:createasalmonin
- 海鲜
春暖花开_aa1a
一词汇日炎热的夏天悄悄来临海鲜什么要不要安排起来[阴险][奸笑]今天我们一起来学习海鲜类常用英语词汇吧:虾皮driedsmallshrimps海蜇jellyfish蚝oyster三文鱼/鲑鱼salmon鲈鱼weever鳝eel金枪鱼tuna带鱼hairtail海参seacucumber明虾prawn虾仁peeledprawns龙虾lobster小龙虾crawfish扇贝/鲜贝scallop鲍鱼ab
- CSS :nth-child
庇耳拉海莱
css前端cssn-thcss3设计
CSS:nth-child:nth-child伪类根据元素在同级元素中的位置来匹配元素.CSS:nth-child语法值是关键词odd/evenAn+B最新的[ofS]语法权重浏览器兼容性很简单的例子,来直觉上理解这个伪类的意思AppleBananaPeachAppleBananaPeach.me:nth-child(1){background-color:salmon;}你也许会奇怪,为什么下边
- RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查
嘿嘿嘿嘿哈
本节概览:数据预处理,进行样本间具有可比性boxplot查看样本的基因整体表达情况查看不同分组的聚类情况:样本hclust图、距离热图、PCA图、差异基因热图、相关性热图承接上节RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵在进行差异分析前需要进行数据检查,保证我们的下游分析是有意义的。以下展示了样本hclust图、距离热图、PCA图、前500
- RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵
嘿嘿嘿嘿哈
本节概览:从featureCounts输出文件中获取counts与TPM矩阵:读取counts.txt构建counts矩阵;样品的重命名和分组;counts与TPM转换;基因ID转换;初步过滤低表达基因与保存counts数据从salmon输出文件中获取counts与TPM矩阵:用tximport包读取quant.sf构建counts与TPM矩阵;样品的重命名和分组;初步过滤低表达基因与保存coun
- 利用salmon进行转录组定量(中) --R包下载--2019-05-14
Bio小盼
library(tximportData)getwd()#查看当前工作目录,之后转换至文件所在目录dirsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")>options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")>biocLite("tximportData")>library("tximportData
- HTML05流式布局
是妍妍吖
流式布局*{margin:0;padding:0;}html,body{width:100%;height:100%;}.one{width:80%;height:50%;margin:0auto;background-color:salmon;overflow:hidden;}.two{width:50%;height:30%;background-color:orange;margin-lef
- 学习HTML5+CSS3 (8.3)将图片转成HTML
人生即是一场修行
图片练习HTML:聚超值爆款推荐乐视发布新机:功能劲爆球迷福音!Xplay6限量售没想到它手感这么好!破吉尼斯最快自拍竟是它儿时记忆,尖头不对起飞我和海边有个约会CSS:*{padding:0;margin:0;}.container{width:1120px;height:207px;/*background:salmon;*/margin:200pxauto;}.top{width:1120p
- day23-markdown总结
DoubleKou
1.标准流和display属性/*1.display属性*/#div1{background-color:salmon;width:100px;height:100px;}#div2{background-color:seagreen;width:100px;height:100px;}div{display:inline-block;}img{display:inline;width:100px
- 米其林小厨房—— Citrus Marinade Salmon柑橘腌三文鱼
珉思苦想
米其林小厨房,让你的食物不再单调。CitrusMarinadeSalmon今天来给大家介绍一种米其林三星餐厅使用的腌渍酱——CitrusMarinadeSalmon,柑橘腌三文鱼。CitrusMarinade是用几种柑橘类水果皮所组成的腌渍酱料,适合腌渍各种鱼类,使鱼肉清香可口。本食谱及烹饪方法来自于美国拥有两家米其林三星餐厅的大厨ThomasKeller。所需材料有:三文鱼一片约4磅(1800克
- 盒子模型伪元素制作小三角
张冬昱
代码Document.contain{width:100px;height:100px;background:salmon;}.contain::after{position:absolute;left:75px;top:-10px;content:"";display:block;border:10pxsolidtransparent;border-bottom-left-radius:25%;
- 转录组比对番外篇:aligner 与 mapping 区别
冷冻工厂
导读考虑到在转录组比对时,有许多软件可以使用,但很少有介绍它们之间的差别。因此,本文主要介绍STAR,KALLISTO,SALMON之间的区别。1.定义STAR是alignerKallisto/salmon是mapping2.alignervs.mapping那么aligner与mapping的区别是什么呢?2.1.aligner当我们比对一个read时,我们不仅要询问它可能在基因组中的位置,还要
- Bulk RNA-seq上游分析流程(Salmon)
BioGou
转录组分析一般通过比对或非比对的方法对基因表达进行定量,得到一个样本-基因表达矩阵用于下游数据分析。下游分析通常是进行差异表达分析,对差异基因进行功能注视,如GeneOntology(GO)或KEGGpathway。也可以对差异基因进行蛋白互作网络(PPI)分析,找出可能存在的关键基因。除了差异表达分析,还可以进行WGCNA分析,多与临床数据相关。原始测序数据质控测序数据有可能含有测序接头和质量较
- Bulk RNA-Seq 差异表达分析流程
BeeBee生信
以前写过不少零散的RNA-Seq分析文章,现在整理为流程,同时修改一些错误。流程包含质控、比对、定量、差异分析。流程概况前处理拿到原始fastq数据先进行前处理。前处理包含质控、比对和定量。质控采用fastqc/fastp;比对用hisat2或者不比对,用salmon直接定量;比对后用featureCounts进行reads定量,用TPMCalculator进行TPM定量。fastp质控推荐fas
- CSS中的display属性总结
振翅大魔王
主要写一些笔者在学习display属性时遇到的知识点,文末会添加一些拓展阅读。display:block常用标签:div、p、form、header、footer、section。每个元素会换行,默认从左到右撑满整个容器,但是允许设置宽高。.test{display:block;height:100px;width:100px;background-color:salmon;padding:10p
- CSS样式
gongzairen
css前端
选择器伪类选择器:伪类选择器是用“:”开始的:+选择器;focus伪类选择器是当光标放置于当前输入时所展现的样式,一般用于表单之中input:focus{color:blue;background-color:salmon;}link伪类选择器:一定要按照顺序去编写:LVHA(linkvisitedhoveractive)a:link表示是链接还没被访问的样式a:visited表示链接访问后的样式
- 二级Python 第三方库
寂静的以
python开发语言
♣\color{salmon}\clubsuit♣本文总结了二级Python中经常考察的一些第三方库的功能和分类,做到一半发现39,40知识点基本固定,突发奇想做个总结,有缺的话应该是前几套功能用途第三方库数据可视化mayaviTVTKmatplotlibvispyggplot图像处理pil自然语言处理snowNLPlosoNLTK游戏开发pygame机器学习kerasMXNettensorflo
- RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon
嘿嘿嘿嘿哈
本节概览:hisat2+featureCounts:获取hisat2索引文件,hisat2比对和samtools格式转化,featureCounts计数得到counts表达矩阵Salmon:salmonindex用cdna.fa建立索引,salmonquant对cleanfastq文件直接进行基因定量获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件承接上节RNA-seq入门实战(
- 基因BIN来源分析(一)cd-hit去冗余,salmon计算基因TPM
胡童远
导读humann中有一个模块可以进行基因物种来源分析,但是内部怎么分析的。如果能获得每个物种的基因序列文件,那么不用humann也能进行此分析。所以基因BIN来源分析很适合Binning下游分析。一、合并基因序列ffn文件mkdirBin_all/Bin_genetouchBin_all/Bin_gene/bin.ffnecho-e"\033[32m合并bin.ffn基因序列文件begin:\03
- 分享100个最新免费的高匿HTTP代理IP
mcj8089
代理IP代理服务器匿名代理免费代理IP最新代理IP
推荐两个代理IP网站:
1. 全网代理IP:http://proxy.goubanjia.com/
2. 敲代码免费IP:http://ip.qiaodm.com/
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183.207.228.22:83,中国/
- mysql高级特性之数据分区
annan211
java数据结构mongodb分区mysql
mysql高级特性
1 以存储引擎的角度分析,分区表和物理表没有区别。是按照一定的规则将数据分别存储的逻辑设计。器底层是由多个物理字表组成。
2 分区的原理
分区表由多个相关的底层表实现,这些底层表也是由句柄对象表示,所以我们可以直接访问各个分区。存储引擎管理分区的各个底层
表和管理普通表一样(所有底层表都必须使用相同的存储引擎),分区表的索引只是
- JS采用正则表达式简单获取URL地址栏参数
chiangfai
js地址栏参数获取
GetUrlParam:function GetUrlParam(param){
var reg = new RegExp("(^|&)"+ param +"=([^&]*)(&|$)");
var r = window.location.search.substr(1).match(reg);
if(r!=null
- 怎样将数据表拷贝到powerdesigner (本地数据库表)
Array_06
powerDesigner
==================================================
1、打开PowerDesigner12,在菜单中按照如下方式进行操作
file->Reverse Engineer->DataBase
点击后,弹出 New Physical Data Model 的对话框
2、在General选项卡中
Model name:模板名字,自
- logbackのhelloworld
飞翔的马甲
日志logback
一、概述
1.日志是啥?
当我是个逗比的时候我是这么理解的:log.debug()代替了system.out.print();
当我项目工作时,以为是一堆得.log文件。
这两天项目发布新版本,比较轻松,决定好好地研究下日志以及logback。
传送门1:日志的作用与方法:
http://www.infoq.com/cn/articles/why-and-how-log
上面的作
- 新浪微博爬虫模拟登陆
随意而生
新浪微博
转载自:http://hi.baidu.com/erliang20088/item/251db4b040b8ce58ba0e1235
近来由于毕设需要,重新修改了新浪微博爬虫废了不少劲,希望下边的总结能够帮助后来的同学们。
现行版的模拟登陆与以前相比,最大的改动在于cookie获取时候的模拟url的请求
- synchronized
香水浓
javathread
Java语言的关键字,可用来给对象和方法或者代码块加锁,当它锁定一个方法或者一个代码块的时候,同一时刻最多只有一个线程执行这段代码。当两个并发线程访问同一个对象object中的这个加锁同步代码块时,一个时间内只能有一个线程得到执行。另一个线程必须等待当前线程执行完这个代码块以后才能执行该代码块。然而,当一个线程访问object的一个加锁代码块时,另一个线程仍然
- maven 简单实用教程
AdyZhang
maven
1. Maven介绍 1.1. 简介 java编写的用于构建系统的自动化工具。目前版本是2.0.9,注意maven2和maven1有很大区别,阅读第三方文档时需要区分版本。 1.2. Maven资源 见官方网站;The 5 minute test,官方简易入门文档;Getting Started Tutorial,官方入门文档;Build Coo
- Android 通过 intent传值获得null
aijuans
android
我在通过intent 获得传递兑现过的时候报错,空指针,我是getMap方法进行传值,代码如下 1 2 3 4 5 6 7 8 9
public
void
getMap(View view){
Intent i =
- apache 做代理 报如下错误:The proxy server received an invalid response from an upstream
baalwolf
response
网站配置是apache+tomcat,tomcat没有报错,apache报错是:
The proxy server received an invalid response from an upstream server. The proxy server could not handle the request GET /. Reason: Error reading fr
- Tomcat6 内存和线程配置
BigBird2012
tomcat6
1、修改启动时内存参数、并指定JVM时区 (在windows server 2008 下时间少了8个小时)
在Tomcat上运行j2ee项目代码时,经常会出现内存溢出的情况,解决办法是在系统参数中增加系统参数:
window下, 在catalina.bat最前面
set JAVA_OPTS=-XX:PermSize=64M -XX:MaxPermSize=128m -Xms5
- Karam与TDD
bijian1013
KaramTDD
一.TDD
测试驱动开发(Test-Driven Development,TDD)是一种敏捷(AGILE)开发方法论,它把开发流程倒转了过来,在进行代码实现之前,首先保证编写测试用例,从而用测试来驱动开发(而不是把测试作为一项验证工具来使用)。
TDD的原则很简单:
a.只有当某个
- [Zookeeper学习笔记之七]Zookeeper源代码分析之Zookeeper.States
bit1129
zookeeper
public enum States {
CONNECTING, //Zookeeper服务器不可用,客户端处于尝试链接状态
ASSOCIATING, //???
CONNECTED, //链接建立,可以与Zookeeper服务器正常通信
CONNECTEDREADONLY, //处于只读状态的链接状态,只读模式可以在
- 【Scala十四】Scala核心八:闭包
bit1129
scala
Free variable A free variable of an expression is a variable that’s used inside the expression but not defined inside the expression. For instance, in the function literal expression (x: Int) => (x
- android发送json并解析返回json
ronin47
android
package com.http.test;
import org.apache.http.HttpResponse;
import org.apache.http.HttpStatus;
import org.apache.http.client.HttpClient;
import org.apache.http.client.methods.HttpGet;
import
- 一份IT实习生的总结
brotherlamp
PHPphp资料php教程php培训php视频
今天突然发现在不知不觉中自己已经实习了 3 个月了,现在可能不算是真正意义上的实习吧,因为现在自己才大三,在这边撸代码的同时还要考虑到学校的功课跟期末考试。让我震惊的是,我完全想不到在这 3 个月里我到底学到了什么,这是一件多么悲催的事情啊。同时我对我应该 get 到什么新技能也很迷茫。所以今晚还是总结下把,让自己在接下来的实习生活有更加明确的方向。最后感谢工作室给我们几个人这个机会让我们提前出来
- 据说是2012年10月人人网校招的一道笔试题-给出一个重物重量为X,另外提供的小砝码重量分别为1,3,9。。。3^N。 将重物放到天平左侧,问在两边如何添加砝码
bylijinnan
java
public class ScalesBalance {
/**
* 题目:
* 给出一个重物重量为X,另外提供的小砝码重量分别为1,3,9。。。3^N。 (假设N无限大,但一种重量的砝码只有一个)
* 将重物放到天平左侧,问在两边如何添加砝码使两边平衡
*
* 分析:
* 三进制
* 我们约定括号表示里面的数是三进制,例如 47=(1202
- dom4j最常用最简单的方法
chiangfai
dom4j
要使用dom4j读写XML文档,需要先下载dom4j包,dom4j官方网站在 http://www.dom4j.org/目前最新dom4j包下载地址:http://nchc.dl.sourceforge.net/sourceforge/dom4j/dom4j-1.6.1.zip
解开后有两个包,仅操作XML文档的话把dom4j-1.6.1.jar加入工程就可以了,如果需要使用XPath的话还需要
- 简单HBase笔记
chenchao051
hbase
一、Client-side write buffer 客户端缓存请求 描述:可以缓存客户端的请求,以此来减少RPC的次数,但是缓存只是被存在一个ArrayList中,所以多线程访问时不安全的。 可以使用getWriteBuffer()方法来取得客户端缓存中的数据。 默认关闭。 二、Scan的Caching 描述: next( )方法请求一行就要使用一次RPC,即使
- mysqldump导出时出现when doing LOCK TABLES
daizj
mysqlmysqdump导数据
执行 mysqldump -uxxx -pxxx -hxxx -Pxxxx database tablename > tablename.sql
导出表时,会报
mysqldump: Got error: 1044: Access denied for user 'xxx'@'xxx' to database 'xxx' when doing LOCK TABLES
解决
- CSS渲染原理
dcj3sjt126com
Web
从事Web前端开发的人都与CSS打交道很多,有的人也许不知道css是怎么去工作的,写出来的css浏览器是怎么样去解析的呢?当这个成为我们提高css水平的一个瓶颈时,是否应该多了解一下呢?
一、浏览器的发展与CSS
- 《阿甘正传》台词
dcj3sjt126com
Part Ⅰ:
《阿甘正传》Forrest Gump经典中英文对白
Forrest: Hello! My names Forrest. Forrest Gump. You wanna Chocolate? I could eat about a million and a half othese. My momma always said life was like a box ochocol
- Java处理JSON
dyy_gusi
json
Json在数据传输中很好用,原因是JSON 比 XML 更小、更快,更易解析。
在Java程序中,如何使用处理JSON,现在有很多工具可以处理,比较流行常用的是google的gson和alibaba的fastjson,具体使用如下:
1、读取json然后处理
class ReadJSON
{
public static void main(String[] args)
- win7下nginx和php的配置
geeksun
nginx
1. 安装包准备
nginx : 从nginx.org下载nginx-1.8.0.zip
php: 从php.net下载php-5.6.10-Win32-VC11-x64.zip, php是免安装文件。
RunHiddenConsole: 用于隐藏命令行窗口
2. 配置
# java用8080端口做应用服务器,nginx反向代理到这个端口即可
p
- 基于2.8版本redis配置文件中文解释
hongtoushizi
redis
转载自: http://wangwei007.blog.51cto.com/68019/1548167
在Redis中直接启动redis-server服务时, 采用的是默认的配置文件。采用redis-server xxx.conf 这样的方式可以按照指定的配置文件来运行Redis服务。下面是Redis2.8.9的配置文
- 第五章 常用Lua开发库3-模板渲染
jinnianshilongnian
nginxlua
动态web网页开发是Web开发中一个常见的场景,比如像京东商品详情页,其页面逻辑是非常复杂的,需要使用模板技术来实现。而Lua中也有许多模板引擎,如目前我在使用的lua-resty-template,可以渲染很复杂的页面,借助LuaJIT其性能也是可以接受的。
如果学习过JavaEE中的servlet和JSP的话,应该知道JSP模板最终会被翻译成Servlet来执行;而lua-r
- JZSearch大数据搜索引擎
颠覆者
JavaScript
系统简介:
大数据的特点有四个层面:第一,数据体量巨大。从TB级别,跃升到PB级别;第二,数据类型繁多。网络日志、视频、图片、地理位置信息等等。第三,价值密度低。以视频为例,连续不间断监控过程中,可能有用的数据仅仅有一两秒。第四,处理速度快。最后这一点也是和传统的数据挖掘技术有着本质的不同。业界将其归纳为4个“V”——Volume,Variety,Value,Velocity。大数据搜索引
- 10招让你成为杰出的Java程序员
pda158
java编程框架
如果你是一个热衷于技术的
Java 程序员, 那么下面的 10 个要点可以让你在众多 Java 开发人员中脱颖而出。
1. 拥有扎实的基础和深刻理解 OO 原则 对于 Java 程序员,深刻理解 Object Oriented Programming(面向对象编程)这一概念是必须的。没有 OOPS 的坚实基础,就领会不了像 Java 这些面向对象编程语言
- tomcat之oracle连接池配置
小网客
oracle
tomcat版本7.0
配置oracle连接池方式:
修改tomcat的server.xml配置文件:
<GlobalNamingResources>
<Resource name="utermdatasource" auth="Container"
type="javax.sql.DataSou
- Oracle 分页算法汇总
vipbooks
oraclesql算法.net
这是我找到的一些关于Oracle分页的算法,大家那里还有没有其他好的算法没?我们大家一起分享一下!
-- Oracle 分页算法一
select * from (
select page.*,rownum rn from (select * from help) page
-- 20 = (currentPag