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#分子模拟#PLIP:蛋白配体联系分析工具

PILP（Protein-Ligand Interaction Profiler）是一个在线的蛋白配体非共价联系的分析工具，其简单易用，同时提供Github版本利于学习其设计模式。PILP可以直接使用四字符的PDB code或者使用自己的pdb结构文件。之后分析复合物，结果将会展示所有可测定的在原子水平的非共价联系（氢键，水桥，盐桥，卤键，疏水联系，π-堆积，π-离子联系，金属复合物）。同时结果可以下载文本结果，机器可读的XML格式以及PyMOL可视化文件（pse），同时网站上也有JSmol应用的3D联系图像。

其网址为:http://plip.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index
Github地址为:https://github.com/ssalentin/plip

首先上传PDB或者直接输入PDB code，例如1XDN：

#分子模拟#PLIP:蛋白配体联系分析工具_第1张图片
主界面

结果如图：

#分子模拟#PLIP:蛋白配体联系分析工具_第2张图片
结果图

可以看出结果图片可以说达到发表级，也难怪其可以在2015年发表到NAR这种高水平的杂志上，相关的解释与测定标准可以看官网上的帮助文档:http://plip.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/help

同样你也可以下载pse文件，导入进PyMOL中查看:

#分子模拟#PLIP:蛋白配体联系分析工具_第3张图片
PyMOL

参考文献:
Salentin,S. et al. PLIP: fully automated protein-ligand interaction profiler. Nucl. Acids Res. (1 July 2015) 43 (W1): W443-W447. doi: 10.1093/nar/gkv315

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#分子模拟#PLIP:蛋白配体联系分析工具_第4张图片

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