- 生信地基系列--常规分析流程
可能性之兽
还在到底搜索一些R的分析流程吗?biocondutor已经给你准备好了29篇Bioconductor-BiocViewsimage.png注释流程生物导体可以导入多种与序列相关的文件类型,包括Fasta、fastq、BAM、VCF、gff、bed和wig文件等。包支持常见的和高级的序列操作操作,例如修剪、转换和对齐。领域特异性分析包括质量评估、ChIP-seq、差异表达、RNA-seq和其他方法。
- 批量转换基因名
BeeBee生信
做通路富集分析常需要批量进行基因ID转换,总结了3种简便方法与大家分享。方法1和2依赖于基因组注释R包,如果无相应物种R包就必须用方法3。好在的是常用物种人、小鼠、大鼠等都是有的,一般能满足需要。基因组注释R包全集在网站Bioconductor-3.9AnnotationDataPackages查看,如我们能在里面找到人基因组注释R包org.Hs.eg.db,我们安装这个注释包,就能用方法1和2转
- R语言杂谈(一)
爱思考的照
首先,你需要一个Rstudio,其次每一个项目需要一个文件夹以方便自己且路径中不要出现中文和空格,如果需要请用下划线替代。1.安装R包if(!require("tidyr"))install.packages("tidyr",update=F,ask=F)#或者选择安装Bioconductor上的R包if(!require("limma"))BiocManager::install("limma"
- ClusterProfiler做GO、KEGG富集(一)
南栀ioo
今天新学会了clusterprofiler,把学习过程记录下来。Clusterprofiler是Y叔开发的一个R包,功能强大,常更新,还有美观的可视化图片。安装source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("clusterProfiler")browseVignettes("clusterProfiler")#查看关于cluste
- 2019-12-30 作业2,总结ID转换需要的数据包
程凉皮儿
前天的作业用偷懒的方法完成后,很惭愧,虽然后来也找到了转换ID的代码,但是确实没有太多的编程思维,还是需要训练。上次拿到的是人的genesymbol,转换成"ENTREZID"的geneID,而且如果丢失太多的情况下需要先转换成ENSEMBL再转。所以今天来总结一下,争取记住一个包:参考学习资料:http://www.bioconductor.org/packages/release/data/a
- 非模式物种GO/KEGG富集分析
谢俊飞
前言:微博参与话题#给你四年时间你也学不会生信#先前的富集分析教程[1]主要是以模式物种人为例子,展开的分析,今天在B站看了孟浩巍视频教程[2],学习新的技能,豁然开朗,欣然记之。本文主要针对非模式物种,但是有参考基因组可用1.R包安装及database下载#non-model,buthavethegenome>source("https://bioconductor.org/biocLite.R
- 使用OmicCircos包--绘制基因圈图
小杜的生信筆記
本期内容为[R语言可视化-精美图形绘制系列]--使用OmicCircos包--绘制基因圈图教程网址:教程可以查看OmicCircos帮助文档也可以(OmicCircos_vignette.pdf(bioconductor.org)),里面讲的非常详细。也可以在我们的社群中获得。本教程代码(搬砖)1.1安装包if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRU
- 2020-06-06 day6 导入dplyr包---cat
CAT_6430
1.设置镜像网站,用于快速下载包(1).初级模式运行这两条命令,对应清华镜像网站;下次再打开Rstudio会发现,下载Bioconductor可能还是会回到官方镜像,可以通过options()$BioC_mirror命令查询是否是需要的镜像网站。options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options(
- 2021-07-24 R包maftools从GitHub安装报错记录
我们一起舔过铁栏杆
屏幕截图2021-07-24205817.png从GitHub里面安装R包maftools失败。报错显示如图所示。有趣的是,从bioconductor安装就成功了。
- 学习小组Day6笔记--Yoda
UseeseeU0
学习任务:学习R包1.检查镜像检查CRAN镜像是否配置完成:options()$repos2.在Rstudio中设置自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像#options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))#对应清华源options(BioC_mi
- 使用clusterProfiler给非模式物种做富集分析的一些参考资料
小明的数据分析笔记本
1https://guangchuangyu.github.io/cn/2017/07/clusterprofiler-maize/#disqus_thread非模式生物玉米玉米虽然是非模式物种,但是研究的人也挺多的,注释信息也非常完整了2https://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de/packages/2.12/bioc/vignettes/clust
- 四、函数和R包
Kururu1799
生信技能树数据挖掘课程学习笔记1.函数与参数(1)形式参数与实际参数seq(from=3,to=21,by=3)函数seq形式参数fromtoby,函数作者设计的,熟练后可不写实际参数3213,使用者可改的(2)写函数的函数(3)默认参数作者会设计很多参数,但只有前1~n个是必须填的,其他的参数都有默认值。2.R包(Rpackage)介绍3.R包来源(1)CRAN网站(2)Bioconductor
- 报错:ERROR: lazy loading failed for package
微光**
r语言
ERROR:lazyloadingfailedforpackage常用的服务器崩了只能换台服务器,新的服务器好多R包都没有安装,今天安装DESeq2居然报错了各种R包,如果不在R语言官网上,那它极有可能在Bioconductor或者Github上我是用的以下安装方法,然后报错BiocManager::install('DESeq2')然后我使用Github(https://github.com/)
- Day 6 Joey
连店
R包的学习1.啥是R包R包是多个函数的集合,一般从Bioconductor网站下载,这些R包可以进行统计以及图表的制作,不同的R包行使的功能不同,此处以dplyr为例。2.安装和加载R包2.1镜像设置在使用Rstudio的时候为了加速包的下载,都会配置一个国内镜像初级模式打开Rstudio-tools-Globaloptions-packages-change-CHINA-(Beijing)...
- 生信人的20个R语言习题-高级
DrKu
安装一些R包:数据包:ALL,CLL,pasilla,airway软件包:limma,DESeq2,clusterProfiler工具包:reshape2绘图包:ggplot2不同领域的R包使用频率不一样,在生物信息学领域,尤其需要掌握bioconductor系列包。if(!require(ALL))BiocManager::install("ALL")if(!require(CLL))BiocM
- OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet
小贝学生信
对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html现行主流的Droplet-based单细胞测序技术主要思路是一个磁珠捕获一个细胞置于油包水的腔室里完成添加标签、建库操作。但在磁珠捕获的过程会出现未捕获到细胞或者两个细胞的异常情况。这就需要我们在分析单细胞数据中识别、过滤掉这些badbarcode(cell)。
- 利用clusterProfiler进行富集分析
谢俊飞
前言:微博参与话题#给你四年时间你也学不会生信#主要参考:GEO数据挖掘小尝试:(三)利用clusterProfiler进行富集分析Y叔开发的R包clusterProfiler的确是最好用的,没有之一,可参看为Y叔疯狂打call1、安装clusterProfiler>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")>biocLite('clusterProf
- Rstudio安装(笔记一)
YX_Andrew
mac换到win,简单记录。首先安装R,下载好一直点击安装。然后下载Rstudio,一植点击安装,找到安装目录文件夹下的bin/Rstudio,属性为管理员控制,然后开始使用Rstudio。查看R包安装的位置,并设置权限.libPaths()安装CRAN上的R包先在Tools/Global设置好全局的内容。install.packages("tidyr")其余类似安装Bioconductor上的R
- 学习小组Day6笔记--LBB
LBB
今天的学习内容是R包安装和dplyr函数的运用一、安装和加载R包镜像设置1.Tools-Options-Packages设置CRAN的镜像,单不能下载Bioconductor的包1.png2.png2.R的配置文件.Rprofile用file.edit('~/.Rprofile')来编辑文件,在编辑器输入options代码options("repos"=c(CRAN="[https://mirro
- 2019-02-19 volcano plot
e8a37405cb53
https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/EnhancedVolcano/inst/doc/EnhancedVolcano.html#installation
- GDAS003-Bioconductor与基因组级数据分析简介
backup备份
title:GDAS003-Bioconductor与基因组级数据分析简介date:2019-09-0312:0:00type:"tags"tags:Bioconductorcategories:GenomicsDataAnalysisSeries前言本篇笔记主要是介绍了Bioconductor与基因组级数据分析的关系。R语言,R包与仓库(repositories)学习这一系列课程的前提是你已经有
- 2018-10-11
一路向前_莫问前程_前程似锦
使用GEOquery包if(T){source("http://bioconductor.org/biocLite.R")options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")biocLite("GEOquery")library(GEOquery)eSeteSet$GSE62832_series_matrix.txt.gzExpressio
- docker 中运行Rsudio
伍鸿荣
dockerrun--namerstudio-ePASSWORD=bioc-p8787:8787-v/mnt/public:/home/rstudio/public_data-v/home/user/R_workdir:/home/user/R_workdirbioconductor/bioconductor_docker:devel
- 用EnhancedVolcano 绘制火山图
欧阳松
最近发现一个新包EnhancedVolcano,画火山图令人发指的简单,而且用户自主设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性,还可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象,强烈分享一下:介绍来源:https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/EnhancedVolcano/inst/doc/Enhance
- GO.db:存储Gene Ontology信息的R包
生信修炼手册
欢迎关注”生信修炼手册”!在生信分析领域,R语言由于其简单易用的特点和良好的生态环境,占用重要的一席之地。其中,Bioconductor作为生信分析专用的R语言社区,提供了许多的R包。Bioconductor上的所有R包可以分成4大类别,示意图如下software类型的R包用于执行某项具体的分析内容,比如edgeR,DESeq2等,AnnotationData类型的包在R中存储了对应的数据库,比如
- 《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1
小潤澤
前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用,这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节:1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq数据分析4.Chip-seq数据分析5.ATAC-seq数据分析6.单细胞RNA-seq数据fenx7.下游分析8.上游分析Chapter1照例我们先介绍下R,基础的语法就不介绍了1.将字符
- bioconductor入门——第一弹
鹿无为
写在前面的废话说话要算数,挨打要立正……既然之前说了要写一个bioconductor系列,那肯定不能食言。image.png当然了,现在天气这么冷,我猜你们肯定不愿意动手撸代码。没关系,咱今天不看代码,不写脚本,写点看起来比较轻松的蹲坑读物image.png太长不看系列今天没有太长不看系列……既然是蹲坑读物,那必须要长,要有意思,能让你蹲的腿脚发麻才算是成功image.png废话超多系列你既然选择
- 自动批量安装加载cran, bioconductor和github三个平台的所有的R包
邢博士谈科教
GEO数据挖掘生信分析视频教程可视化作图大全R语言和数据挖掘分析入门教学r语言github数据分析数据挖掘linux
自动批量安装加载cran,bioconductor和github三个平台的所有的R包R包管理自动批量安装加载cran,bioconductor和github三个平台的所有的R包自动安装cran,bioconductor和github三个平台的R包auto_install0){install.packages(new.cran.pkgs)#安装那些还没有安装的包}}if(!is.null(bio.p
- OSCA单细胞数据分析笔记-9、Clustering
小贝学生信
对应原版教程第10章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html“物以类聚,人以群分”分群步骤即将基因表达(降维结果)相似的细胞归为同一个群体,往往对应一种特定的细胞类型或者细胞轨迹状态。从一步开始,就可以开始叙述我们的生物学故事了~源网,侵删~笔记要点1、clustering是一个显微镜2、基于图聚类的分群3、其它分群算法(k均
- 安装SingleR之前,先看看它的数据库里有没有你要的细胞
小鱼同学的踩坑记录
singleR这个R包,还有它配套的celldex数据库,安装真的好麻烦啊为了安装它,把我的的R升到了最新版,结果更新又很麻烦……好不容易安上了这个包,发现自动注释出来的结果跟我聚类出来的图一对比,不能说是一模一样吧,只能说是毫不相关。最后翻到了celldex数据库里七个参考数据集的具体内容,在这里:https://bioconductor.org/packages/release/data/ex
- TOMCAT在POST方法提交参数丢失问题
357029540
javatomcatjsp
摘自http://my.oschina.net/luckyi/blog/213209
昨天在解决一个BUG时发现一个奇怪的问题,一个AJAX提交数据在之前都是木有问题的,突然提交出错影响其他处理流程。
检查时发现页面处理数据较多,起初以为是提交顺序不正确修改后发现不是由此问题引起。于是删除掉一部分数据进行提交,较少数据能够提交成功。
恢复较多数据后跟踪提交FORM DATA ,发现数
- 在MyEclipse中增加JSP模板 删除-2008-08-18
ljy325
jspxmlMyEclipse
在D:\Program Files\MyEclipse 6.0\myeclipse\eclipse\plugins\com.genuitec.eclipse.wizards_6.0.1.zmyeclipse601200710\templates\jsp 目录下找到Jsp.vtl,复制一份,重命名为jsp2.vtl,然后把里面的内容修改为自己想要的格式,保存。
然后在 D:\Progr
- JavaScript常用验证脚本总结
eksliang
JavaScriptjavaScript表单验证
转载请出自出处:http://eksliang.iteye.com/blog/2098985
下面这些验证脚本,是我在这几年开发中的总结,今天把他放出来,也算是一种分享吧,现在在我的项目中也在用!包括日期验证、比较,非空验证、身份证验证、数值验证、Email验证、电话验证等等...!
&nb
- 微软BI(4)
18289753290
微软BI SSIS
1)
Q:查看ssis里面某个控件输出的结果:
A MessageBox.Show(Dts.Variables["v_lastTimestamp"].Value.ToString());
这是我们在包里面定义的变量
2):在关联目的端表的时候如果是一对多的关系,一定要选择唯一的那个键作为关联字段。
3)
Q:ssis里面如果将多个数据源的数据插入目的端一
- 定时对大数据量的表进行分表对数据备份
酷的飞上天空
大数据量
工作中遇到数据库中一个表的数据量比较大,属于日志表。正常情况下是不会有查询操作的,但如果不进行分表数据太多,执行一条简单sql语句要等好几分钟。。
分表工具:linux的shell + mysql自身提供的管理命令
原理:使用一个和原表数据结构一样的表,替换原表。
linux shell内容如下:
=======================开始 
- 本质的描述与因材施教
永夜-极光
感想随笔
不管碰到什么事,我都下意识的想去探索本质,找寻一个最形象的描述方式。
我坚信,世界上对一件事物的描述和解释,肯定有一种最形象,最贴近本质,最容易让人理解
&
- 很迷茫。。。
随便小屋
随笔
小弟我今年研一,也是从事的咱们现在最流行的专业(计算机)。本科三流学校,为了能有个更好的跳板,进入了考研大军,非常有幸能进入研究生的行业(具体学校就不说了,怕把学校的名誉给损了)。
先说一下自身的条件,本科专业软件工程。主要学习就是软件开发,几乎和计算机没有什么区别。因为学校本身三流,也就是让老师带着学生学点东西,然后让学生毕业就行了。对专业性的东西了解的非常浅。就那学的语言来说
- 23种设计模式的意图和适用范围
aijuans
设计模式
Factory Method 意图 定义一个用于创建对象的接口,让子类决定实例化哪一个类。Factory Method 使一个类的实例化延迟到其子类。 适用性 当一个类不知道它所必须创建的对象的类的时候。 当一个类希望由它的子类来指定它所创建的对象的时候。 当类将创建对象的职责委托给多个帮助子类中的某一个,并且你希望将哪一个帮助子类是代理者这一信息局部化的时候。
Abstr
- Java中的synchronized和volatile
aoyouzi
javavolatilesynchronized
说到Java的线程同步问题肯定要说到两个关键字synchronized和volatile。说到这两个关键字,又要说道JVM的内存模型。JVM里内存分为main memory和working memory。 Main memory是所有线程共享的,working memory则是线程的工作内存,它保存有部分main memory变量的拷贝,对这些变量的更新直接发生在working memo
- js数组的操作和this关键字
百合不是茶
js数组操作this关键字
js数组的操作;
一:数组的创建:
1、数组的创建
var array = new Array(); //创建一个数组
var array = new Array([size]); //创建一个数组并指定长度,注意不是上限,是长度
var arrayObj = new Array([element0[, element1[, ...[, elementN]]]
- 别人的阿里面试感悟
bijian1013
面试分享工作感悟阿里面试
原文如下:http://greemranqq.iteye.com/blog/2007170
一直做企业系统,虽然也自己一直学习技术,但是感觉还是有所欠缺,准备花几个月的时间,把互联网的东西,以及一些基础更加的深入透析,结果这次比较意外,有点突然,下面分享一下感受吧!
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- 淘宝的测试框架Itest
Bill_chen
springmaven框架单元测试JUnit
Itest测试框架是TaoBao测试部门开发的一套单元测试框架,以Junit4为核心,
集合DbUnit、Unitils等主流测试框架,应该算是比较好用的了。
近期项目中用了下,有关itest的具体使用如下:
1.在Maven中引入itest框架:
<dependency>
<groupId>com.taobao.test</groupId&g
- 【Java多线程二】多路条件解决生产者消费者问题
bit1129
java多线程
package com.tom;
import java.util.LinkedList;
import java.util.Queue;
import java.util.concurrent.ThreadLocalRandom;
import java.util.concurrent.locks.Condition;
import java.util.concurrent.loc
- 汉字转拼音pinyin4j
白糖_
pinyin4j
以前在项目中遇到汉字转拼音的情况,于是在网上找到了pinyin4j这个工具包,非常有用,别的不说了,直接下代码:
import java.util.HashSet;
import java.util.Set;
import net.sourceforge.pinyin4j.PinyinHelper;
import net.sourceforge.pinyin
- org.hibernate.TransactionException: JDBC begin failed解决方案
bozch
ssh数据库异常DBCP
org.hibernate.TransactionException: JDBC begin failed: at org.hibernate.transaction.JDBCTransaction.begin(JDBCTransaction.java:68) at org.hibernate.impl.SessionImp
- java-并查集(Disjoint-set)-将多个集合合并成没有交集的集合
bylijinnan
java
import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
import java.util.HashMap;
import java.util.HashSet;
import java.util.Iterator;
import java.util.List;
import java.util.Map;
import java.ut
- Java PrintWriter打印乱码
chenbowen00
java
一个小程序读写文件,发现PrintWriter输出后文件存在乱码,解决办法主要统一输入输出流编码格式。
读文件:
BufferedReader
从字符输入流中读取文本,缓冲各个字符,从而提供字符、数组和行的高效读取。
可以指定缓冲区的大小,或者可使用默认的大小。大多数情况下,默认值就足够大了。
通常,Reader 所作的每个读取请求都会导致对基础字符或字节流进行相应的读取请求。因
- [天气与气候]极端气候环境
comsci
环境
如果空间环境出现异变...外星文明并未出现,而只是用某种气象武器对地球的气候系统进行攻击,并挑唆地球国家间的战争,经过一段时间的准备...最大限度的削弱地球文明的整体力量,然后再进行入侵......
那么地球上的国家应该做什么样的防备工作呢?
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- oracle order by与union一起使用的用法
daizj
UNIONoracleorder by
当使用union操作时,排序语句必须放在最后面才正确,如下:
只能在union的最后一个子查询中使用order by,而这个order by是针对整个unioning后的结果集的。So:
如果unoin的几个子查询列名不同,如
Sql代码
select supplier_id, supplier_name
from suppliers
UNI
- zeus持久层读写分离单元测试
deng520159
单元测试
本文是zeus读写分离单元测试,距离分库分表,只有一步了.上代码:
1.ZeusMasterSlaveTest.java
package com.dengliang.zeus.webdemo.test;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import org.junit.Assert;
import org.j
- Yii 截取字符串(UTF-8) 使用组件
dcj3sjt126com
yii
1.将Helper.php放进protected\components文件夹下。
2.调用方法:
Helper::truncate_utf8_string($content,20,false); //不显示省略号 Helper::truncate_utf8_string($content,20); //显示省略号
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- 安装memcache及php扩展
dcj3sjt126com
PHP
安装memcache tar zxvf memcache-2.2.5.tgz cd memcache-2.2.5/ /usr/local/php/bin/phpize (?) ./configure --with-php-confi
- JsonObject 处理日期
feifeilinlin521
javajsonJsonOjbectJsonArrayJSONException
写这边文章的初衷就是遇到了json在转换日期格式出现了异常 net.sf.json.JSONException: java.lang.reflect.InvocationTargetException 原因是当你用Map接收数据库返回了java.sql.Date 日期的数据进行json转换出的问题话不多说 直接上代码
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- Ehcache(06)——监听器
234390216
监听器listenerehcache
监听器
Ehcache中监听器有两种,监听CacheManager的CacheManagerEventListener和监听Cache的CacheEventListener。在Ehcache中,Listener是通过对应的监听器工厂来生产和发生作用的。下面我们将来介绍一下这两种类型的监听器。
- activiti 自带设计器中chrome 34版本不能打开bug的解决
jackyrong
Activiti
在acitivti modeler中,如果是chrome 34,则不能打开该设计器,其他浏览器可以,
经证实为bug,参考
http://forums.activiti.org/content/activiti-modeler-doesnt-work-chrome-v34
修改为,找到
oryx.debug.js
在最头部增加
if (!Document.
- 微信收货地址共享接口-终极解决
laotu5i0
微信开发
最近要接入微信的收货地址共享接口,总是不成功,折腾了好几天,实在没办法网上搜到的帖子也是骂声一片。我把我碰到并解决问题的过程分享出来,希望能给微信的接口文档起到一个辅助作用,让后面进来的开发者能快速的接入,而不需要像我们一样苦逼的浪费好几天,甚至一周的青春。各种羞辱、谩骂的话就不说了,本人还算文明。
如果你能搜到本贴,说明你已经碰到了各种 ed
- 关于人才
netkiller.github.com
工作面试招聘netkiller人才
关于人才
每个月我都会接到许多猎头的电话,有些猎头比较专业,但绝大多数在我看来与猎头二字还是有很大差距的。 与猎头接触多了,自然也了解了他们的工作,包括操作手法,总体上国内的猎头行业还处在初级阶段。
总结就是“盲目推荐,以量取胜”。
目前现状
许多从事人力资源工作的人,根本不懂得怎么找人才。处在人才找不到企业,企业找不到人才的尴尬处境。
企业招聘,通常是需要用人的部门提出招聘条件,由人
- 搭建 CentOS 6 服务器 - 目录
rensanning
centos
(1) 安装CentOS
ISO(desktop/minimal)、Cloud(AWS/阿里云)、Virtualization(VMWare、VirtualBox)
详细内容
(2) Linux常用命令
cd、ls、rm、chmod......
详细内容
(3) 初始环境设置
用户管理、网络设置、安全设置......
详细内容
(4) 常驻服务Daemon
- 【求助】mongoDB无法更新主键
toknowme
mongodb
Query query = new Query(); query.addCriteria(new Criteria("_id").is(o.getId())); &n
- jquery 页面滚动到底部自动加载插件集合
xp9802
jquery
很多社交网站都使用无限滚动的翻页技术来提高用户体验,当你页面滑到列表底部时候无需点击就自动加载更多的内容。下面为你推荐 10 个 jQuery 的无限滚动的插件:
1. jQuery ScrollPagination
jQuery ScrollPagination plugin 是一个 jQuery 实现的支持无限滚动加载数据的插件。
2. jQuery Screw
S