RNAseq，转录，isoform相关概念

transcription转录过程

1.DNA上有转录启动位点和终止位点，RNA聚合酶结合到上面。得到RNA
2.RNA被切掉内含子，加上5帽子和3尾巴，得到成熟mRNA
3.mRNA到核外，翻译成蛋白。

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lncRNA

long non-coding RNA定义：长度大于200bp的，non coding RNA。
有很多mRNA的特性：5帽子，内含子剪切？，3AAA，但几乎没有ORF

primary transcript

1. DNA通过转录得到的RNA，可以进一步processing得到成熟RNA产品比如mRNA，rRNA，tRNA。准备成为mRNA的primary transcript会被modifeid，从而准备翻译蛋白。
2. mRNA前体是premary transcript的一种。
3. processing包括：5端帽子，3端plolyA，可变剪切。
   —可变剪切：一个primary transcript可能得到多个mature mRNA，从而编码不同的蛋白

RNA-seq：

whole transcriptome shotgun sequencing
目前的技术：next-gen sequencing of cDNA
用来分析细胞内transcriptome的持续性变化。可以研究
mRNA transcripts
1）可变剪切transcripts2）转录后modification3）基因融合4）变异，SNPs5）不同细胞或实验组的基因表达
整体RNA
total RNA，small RNA（miRNA，tRNA，rTNA）
理解：RNA-seq研究的是成熟mRNA，即已经被切掉了intron。

gene isoform：

mRNAs：产生于同一个位置，但转录起始位置，CDS或者非转录区（UTR）不同，因此可能影响蛋白的功能。

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就是可变剪切吗

isoform vs transcript

isoform：特指某个基因的众多splice variants中的一个。暗示有多个isoforms
transcript：an expressed sequence。
举例：原核生物一般没有spliced，因此使用isoform没有意义。真核gene有conditionally-used exons，因此可以指代某个expressed sequences为isoforms。
理解：isoform说明有可变剪切，存在多个isoform；transcript没有此暗示

isoform vs transcript variants

isoform：同一个基因的不同版本的蛋白
transcript variant：同一个基因的不同mRNA transcript

Iso-seq

提供全长reads扫描整个transcript isoforms，从polyA尾巴到5端。每条序列就是一个全长cDNA。

其他

1. 注意 基因是DNA水平 -> RNA transcript -> 切掉intron得到mRNA -> protein
2. 多个基因可以同时转录吗
   可以，RNA聚合酶有很多copy，多个独立的转录事件常常同时发生。
3. 多个基因可以被一起转录来形成一个mRNA吗？
   看情况。这种常常在原核细菌中发生，得到的mRNA叫polycistronic mRNA。大多数原核的mRNA是这样的。
   真核中polycistronic mRNA很少见。大部分时候，1个mRNA就是1个gene（monocistronic mRNA）
4. Can a single mRNA transcript act as the template for multiple ribosomes simultaneously?
   Yes. But remember that each ribosome can only create one protein during a single translation event. The complex of a single mRNA together with many actively translating ribosomes is called a polysome or polyribosome. In eukaryotes polysomes are only found in association with membranes. In prokaryotes, polysomes are found free in the cytoplasm.

参考

1. good explanation!