CentOS下Zeppelin中R的配置教程

前言

使用CentOS下安裝Zeppelin中的步驟安裝完Zeppelin後，就可以直接在上面進行Spark編程。
但是如果想要在上面運行R的程序，則還需要另外配置。
本篇參考了R Interpreter for Apache Zeppelin這份官網上的教學。

步驟

在CentOS下安裝R

要使用R interpreter必須先在環境中安裝好R。

yum install -y R R-devel libcurl-devel openssl-devel

安裝完成後可以用：

R -e "print(1+1)"

來驗證安裝是否成功，以下是預期輸出：

R version 3.5.1 (2018-07-02) – “Feather Spray”
Copyright © 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

R ist freie Software und kommt OHNE JEGLICHE GARANTIE.
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‘help.start()’ für eine HTML Browserschnittstelle zur Hilfe.
Tippen Sie ‘q()’, um R zu verlassen.

print(1+1)
[1] 2

重啟Spark interpreter

可以參考如何除Zeppelin的錯？這篇教學來重啟Spark interpreter。

問題排除

sparkr is not responding

如果還沒在環境中安裝好R，就直接運行筆記本中有%R的paragraph，則會出現以下錯誤：

org.apache.zeppelin.interpreter.InterpreterException: sparkr is not responding
at org.apache.zeppelin.spark.ZeppelinR.waitForRScriptInitialized(ZeppelinR.java:294)
at org.apache.zeppelin.spark.ZeppelinR.request(ZeppelinR.java:236)
at org.apache.zeppelin.spark.ZeppelinR.eval(ZeppelinR.java:185)
at org.apache.zeppelin.spark.ZeppelinR.open(ZeppelinR.java:174)
at org.apache.zeppelin.spark.SparkRInterpreter.open(SparkRInterpreter.java:106)
at org.apache.zeppelin.interpreter.LazyOpenInterpreter.open(LazyOpenInterpreter.java:69)
at org.apache.zeppelin.interpreter.remote.RemoteInterpreterServer$InterpretJob.jobRun(RemoteInterpreterServer.java:617)
at org.apache.zeppelin.scheduler.Job.run(Job.java:188)
at org.apache.zeppelin.scheduler.FIFOScheduler$1.run(FIFOScheduler.java:140)
at java.util.concurrent.Executors$RunnableAdapter.call(Executors.java:511)
at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:266)
at java.util.concurrent.ScheduledThreadPoolExecutor$ScheduledFutureTask.access$201(ScheduledThreadPoolExecutor.java:180)
at java.util.concurrent.ScheduledThreadPoolExecutor$ScheduledFutureTask.run(ScheduledThreadPoolExecutor.java:293)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)

Error in library(knitr) : there is no package called ‘knitr’

如果R安裝完成，重啟spark interpreter運行%R的paragraph，可能會碰到以下錯誤：

java.lang.RuntimeException: Error in library(“knitr”): es gibt kein Paket namens ‘knitr’

at org.apache.zeppelin.spark.ZeppelinR.request(ZeppelinR.java:259)
at org.apache.zeppelin.spark.ZeppelinR.eval(ZeppelinR.java:185)
at org.apache.zeppelin.spark.SparkRInterpreter.open(SparkRInterpreter.java:112)
at org.apache.zeppelin.interpreter.LazyOpenInterpreter.open(LazyOpenInterpreter.java:69)
at org.apache.zeppelin.interpreter.remote.RemoteInterpreterServer$InterpretJob.jobRun(RemoteInterpreterServer.java:617)
at org.apache.zeppelin.scheduler.Job.run(Job.java:188)
at org.apache.zeppelin.scheduler.FIFOScheduler$1.run(FIFOScheduler.java:140)
at java.util.concurrent.Executors$RunnableAdapter.call(Executors.java:511)
at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:266)
at java.util.concurrent.ScheduledThreadPoolExecutor$ScheduledFutureTask.access$201(ScheduledThreadPoolExecutor.java:180)
at java.util.concurrent.ScheduledThreadPoolExecutor$ScheduledFutureTask.run(ScheduledThreadPoolExecutor.java:293)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1149)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)

解法一：安裝knitr包

這時候可以在命令行輸入以下指令來安裝knitr包：

R -e "install.packages('knitr', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"

安裝完成後再重啟spark interpreter，便可成功運行該paragraph。

解法二：禁用knitr

修改spark interpreter設置中的zeppelin.R.knitr這個欄位，將原來的true改為false。

參考連結

CentOS下安裝Zeppelin
R Interpreter for Apache Zeppelin
如何除Zeppelin的錯？