RDKit | 基于SSSR区分环状化合物和链状化合物

基于RDKit描述的SSSR概念进行相同的分类。

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导入库

from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw, Descriptors, PandasTools
import pandas as pd

载入数据

df = pd.read_csv('PD1_inhibitor_dataset.csv')
PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(df, 'smiles')

GetSSSR函数

SSSR有两个函数：GetSSSR和GetSymmSSSR。

首先，使用GetSSSR函数，这是一个可以获得SSSR数量的函数。

第一个分子的结构。

test_mol = df.loc[0, 'ROMol']
Draw.MolToImage(test_mol)