分类是根据事物的某种外部和内在特征将事物分组排列组合，是统计分析的前期工作，是认识事物发展规律，研究事物本质的一种行之有效的手段。
疾病分类是根据疾病的病因，解剖部位，临床表现和病理等特征，将疾病进行排列分组，使其成为一个有序的组合。
疾病分类是卫生信息领域中一个重要的学科，它集基础医学，临床医学，临床流行医学，医学英语，分类规则等方面的知识于一身。是将原始资料加工成为信息的重要工具。统一的疾病命名是分类的基础，标准化的分类方法又是医院间，地区间，乃至国际间交流比较的桥梁。不能遵循疾病命名规律的自由式疾病称呼将无法进行科学的疾病分类。不采用统一分类方法的病案资料将很难汇总，病案价值将因此而降低。
（一）疾病命名
疾病命名时给疾病起一个特定的名称，使之可以区别于其它疾病。理想的疾病名称应既能反映疾病的内在本质和外在表现的某些特点，又是唯一性的。例如急性阑尾炎，它表示了疾病的发生部位是在阑尾，又表示了疾病的临床表现是急性炎症，因此很容易理解疾病的本身，也容易区别其他疾病。
科学家一直试图将疾病名称标准化，医学术语的标准化命名历史可以追溯到1889年，国际解剖学会成立了命名委员会。在1895年该委员会提出了一份报告，确定了5万个解剖部位的名称，4500个组织结构。这些专业术语在瑞士的basle会议上被认可接受，就是著名的baslenomina anatomica方案。1970年，国际医学科学组织理事会（CIMOS）开始致力于国际疾病命名方法（InternationalNomenclature of Disease，简称IND）。1975年IND成为国际医学科学组织理事会和世界卫生组织的联合项目。其主要目的是对每个疾病提供一个单一的推荐名称，这一名称应是特异的（适用于一个且只适用于一个疾病），不含糊的，尽可能自我描述的，尽可能简单的，而且只要可行的话是基于原因的。许多广泛使用的，不完全符合上述标准的名称被作为同义词保留下来。IND的意图是与国际疾病分类（ICD）互补。在ICD中已经尽可能的优先采用了IND的术语。截至1992年已经出版的IND分卷有传染病，下呼吸道疾病，消化系统疾病，心血管疾病，代谢营养和内分泌疾病，肾下泌尿道和男性生殖系统疾病，女性生殖系统疾病，寄生虫等八卷。国内也有从事医学术语命名的组织，它是全国自然科学名词审定委员会，在其已出版的医学名词分册中有妇产科学，耳鼻咽喉科学，风湿病学，血液病学，呼吸病学内分泌病学，口腔医学，人体解剖学，微生物学，遗传学，组织学，胚胎学等分册。医学名称标准化的工作十分有意义，但推广却十分困难。由于地域不同，文化差异，习惯差异等因素，对疾病的命名并不完全理性化，在临床工作中会遇到下列的情况：
1、一种疾病有几种不同的名称
一种疾病有不同的名称是一种常见的情况，它将会导致分类的困难，如果不是专科医师，有时很难判断这些不同的名称同属于一种疾病。例如：肝豆状核变性又称威尔逊病。
2、以人名或地名命名的疾病
以人名或地名命名的疾病虽然反映了疾病的最初发现者或疾病的发生地，可以铭记发现者或发生地，但这种方法不能反映疾病的性质。如果在分类时索引不能准确地包含这个名称，就需要仔细地去了解疾病的性质和发生部位，才能进行编码。
3、随意命名疾病
随意命名疾病在上述情况中最为常见，影响也最大；分类人员几乎每天都要面对不规范的疾病名称。例如：闸门综合征，盆底综合征。人们无法理解在实际病例记录中，闸门综合征指的是一例后天性直肠纵隔，当然也无法理解盆底综合征是大便困难。
4、与国际上命名有冲突的特定含义命名
这是一种比较常见的情况，例如：颈椎病，乳腺增生。在国际上，如果笼统地称颈椎病，它是包括颈椎所有的疾病，如：颈椎管狭窄，颈椎管裂，颈椎突出，颈椎骨性关节炎等等。而我国临床上的特定含义是指颈椎骨性关节炎（骨质增生）。乳腺增生在国际疾病分类中归类于乳腺肥大，而我国临床上通常是指乳房纤维囊性病。在分类中一定要了解临床的实际含义，这样才能正确分类。
（二）疾病分类
疾病分类是根据疾病的某些特征，按照一定的规则把疾病分门别类。
疾病分类实际上也是一种分组，有时一个组别可以包含若干种相同或相似性质的疾病，纯地包含某种疾病。国际疾病分类是用编码的方法来表示疾病分组情况，例如：用A01表示伤寒和副伤寒。组别的确定主要是根据疾病的发生频率和疾病的严重程度以及流行情况等因素来确定。组别的设定除了突出疾病的上述特点外，还要考虑到分组的详细程度，也就是组别大小和层次。
在疾病分类方案中，比较有影响的分类系统有如下几个：
1、疾病和手术标准命名法
(StandardNomenclatureofDiseasesandOperations，简称SNDO)
疾病和手术标准命名法是美国医学会于1928年编写并在医院中广泛使用的分类方案。它称之为命名，而实际上是一个疾病分类列表。最后一版是1961年出版的第五版。它的权威性，影响力在世界医学界上都非常大，我国医院一直使用这一命名法，直到1974年才逐步结束使用。
疾病和手术标准命名是一个双重分类系统，每一个疾病分为两部分，一部分表达疾病的发生部位，部分表示疾病的原因。手术也分为两部分，一部分表示手术操作的部位，另一部分表示手术操作方式。例
对于肿瘤的编码，还增加两个字母，表示肿瘤动态。例如：
2、医学系统命名法(SystematizedNomenclatureofMedicine，简称SNOMED)
1977年，美国病理学会首次出版医学系统命名法，是在1965年出版的系统性病理命名基础上扩展的。
其1997年出版的3、5版包括了150000余个词条，分别组织在12个独立的系统模块中，包括解剖学、形态学、功能、症状和体征、化学制品、药品、酶及其它体蛋白、活有机体、物理因素、空间关系、职业、社会环境、疾病/诊断和操作。SNOMED的每一个术语（词条）均有一个编码与之对应，而且还容纳了多个国际性编码系统和资料，如ICD-9，ICD-10，ICD-9-CM等，交互检索功能强，该系统适用于信息的计算机存储和自动编码，己逐渐成为临床病理学界统一的语言。
3、最新操作命名（CurrentTerminology简称CPT)
它的第一版是1966年，是一个描述性术语和编码表，目的是报告医师所执行的医疗服务和操作。编辑此书的初衷是提供一个统一的、可以准确地描述内科、外科、及诊断性操作的术语，以便在美国境内建立一个可靠的，在医师、患者及第三方之间交流的平台。目前，CPT仍在使用中，使用的最新版是CPT—4。它被美国联邦政府列入医疗财务管理的常见操作编码系统，用以报告医师向患者提供服务的付款的情况。
除上述系统外，较有影响但现在不再使用的有1981年出版的当代医学信息和术语（CurrentMedicalInformationandTerminology）；1964年第一版，1976年第二版的运动性损伤标准命名（StandardN0menclatureofAthleticInjuries）；1965年出版的系统性病理命名（systemtizedNomenclatureof Pathology)等。
在诸多的分类方案中，最有影响力，在世界上最为普及的当数国际疾病分类(InternationalClassification Of Disease简称：ICD）。它最早是为了死亡原因的统计，这个目的直至今天仍然是重要的目的之一。ICD自第六次修订以后，加入了对医院疾病的分类，也因此受到世界各国的支持与欢迎，在以后的修订演变中，特别是从第九次修订起，更加照顾到了医院疾病统计、医疗管理和医疗付款等方面的需要，这种演变拓宽了ICD的用途。ICD-10的修订，在其内容上增补得更加详细，更能反映当前医学发展的现状，但在使用操作方面也变得更为复杂。
（三）疾病分类轴心
疾病分类轴心是分类时所采用疾病的某种特征。
在国际疾病分类中，使用的疾病特征可以归纳为四大类，即病因、部位、临床表现（包括：症状、体征、分期、分型、性别、年龄、急慢性、发病时间等）和病理，因此国际疾病分类称之为多轴心分类。疾病分类的轴心也是分类的标准，标准一旦确立，分类将围绕着标准进行。通常国际疾病分类的每个层次的分类轴心只有一个，例如，第一章某些传染病和寄生虫病的各个类目，都是以病因为分类标准；但是类目下的亚目分类，个别情况有两个分类轴心。如：A19粟粒性结核病的亚目，A19.0至A19.2的分类是以部位为一个层次中出现两个分类轴心的情况是特殊情况。轴心，而这个类目的主要分类轴心却是临床表现的急慢性。
疾病分类的目的是按照所设定的方案进行资料收集、整理、分析和利用。医疗单位为了临床研究的需要，通常希望有高度分化的疾病分类，希望能够详细到一病一码：预防保健单位、国家卫生部和世界卫生组织，一般来讲他们只需要能够提供足够的统计资料，只需要把疾病分成一组一组的就可以了。
一个分类系统的用途则取决于设定分类方案的初衷，也就是说设计者的目的。每一个分类方案都可以为一个或多个特殊目的而设定，因此可以说没有一种分类是万能的。一个分类方案只能尽量兼顾各方面的需求，争取最大限度上达到各方的满意。曾经有一个分类专家说：“国际疾病分类方案要尽量让各方面的人员同等的不满意”。实际上，分类方案是在平衡和协调不同的分类目的。例如，国际疾病分类既要考虑临床医师的检索，也考虑了病理学家的资料检索，同时还考虑了医院管理学家和流行病学家的资料检索。因此，一个分类方案往往是一个多轴心的分类系统。