木之如水
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cytoscape---插件clueGO的使用

这里我简单介绍一下clueGO的使用
首先需要下载clueGO的插件
app—App Manager—clueGO安装
需要进行注册，才可以使用，这也是为什么我不太喜欢用这个插件的原因之一
cytoscape---插件clueGO的使用_第1张图片
下面就是使用clueGO，先apps----clueGO，打开这个插件
cytoscape---插件clueGO的使用_第2张图片
选择合适的物种，这里我用的是人的，粘贴Gene symbol
cytoscape---插件clueGO的使用_第3张图片
分别勾选CC、MF。BP是默认选中的
cytoscape---插件clueGO的使用_第4张图片
在富集过程中，会通过超几何的方法计算p值，这里可以选择p小于0.05的，将这部分结果展示
cytoscape---插件clueGO的使用_第5张图片
然后点击start
cytoscape---插件clueGO的使用_第6张图片之后出现这样的界面，等待就可以了
cytoscape---插件clueGO的使用_第7张图片
cytoscape---插件clueGO的使用_第8张图片
cytoscape---插件clueGO的使用_第9张图片
该结果展示的是富集结果的网络图。每个节点是代表性富集通路，节点的连线表示通路之间的共有的基因数，颜色表示该节点的富集情况分类(隶属于哪个功能组，颜色也可以和表格形式的的ClueGO结果对应)。
注意，这里物种有很多，默认下载好的是人和小鼠的，我们也可以下载其他物种
cytoscape---插件clueGO的使用_第10张图片
cytoscape---插件clueGO的使用_第11张图片
选择合适的物种进行下载就可以了
cytoscape---插件clueGO的使用_第12张图片
当然有什么问题也可以给我留言，最近实在是太忙了，也不能实时更新，希望大家见谅

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