cytoscape构建ceRNA网络的输入文件如何制作

前面给大家介绍了☞miRNA相关数据库及miRNA靶基因批量预测

也给大家整理了☞cytoscape详细教程，以及详细的☞视频讲解

有些小伙伴发现，从miRNA预测结果到cytoscape展示ceRNA网络，这两者中间还有一个小小的gap。熟悉cytoscape的小伙伴应该都知道，它的输入文件一般是edges和nodes。

edges的格式一般如下，有两列。我们知道两个节点连接起来就是一条边，所以每一行是一条边，第一列是边的起始点，第二列是边的终止点。

我们经常在ceRNA相关的paper里面看到类似于下面这样的ceRNA网络图。会用不同的形状和颜色代表不同的RNA类型（miRNA，lncRNA，mRNA或circRNA）。

实际上这里的形状和颜色在cytoscape里面都属于节点的属性。要想将不同的RNA类型区分开，就必须有一个类似于下面的nodes文件。在这个文件里面给出了每个RNA究竟属于哪一种类型。

接下来小编就给大家捋一捋如何从miRNA靶基因的预测结果得到edges和nodes这两个文件。☞完整代码

1. 参考☞miRNA相关数据库及miRNA靶基因批量预测得到mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA之间的调控关系。

mRNA-miRNA之间的调控关系

lncRNA-miRNA之间的调控关系

2.取mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA之间的调控关系中共有的miRNA。

如果你手上有候选的miRNA，在这一步还可以再跟你的候选miRNA取个交集。

3.根据筛选过的miRNA，进一步筛选mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA的调控关系。

筛选过的mRNA-miRNA调控关系

筛选过的lncRNA-miRNA调控关系

4.合并筛选过的mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA调控关系就可以得到edges这个文件。

5.提取筛选过的mRNA-miRNA调控关系中的mRNA，加上类型mRNA。提取筛选过的lncRNA-miRNA调控关系中的lncRNA，加上类型lnc。前面筛选过的miRNA，加上类型miRNA。将这三者合并起来得到nodes文件。

接下来再参考☞视频讲解，就可以得到ceRNA网络图了

我们得到的最终ceRNA网络如下，绿色V型是lncRNA，红色六边形是miRNA，蓝色椭圆形是mRNA。

从这张图上我们可以看到，PTEN这个基因跟XIST这个lncRNA共享3个miRNA，所以PTEN跟XIST很可能是一对内源性的竞争性的RNA对，也就是ceRNA对。

他们共享的这三个miRNA中两个已经有文献报道过了。

这篇2020年发表的文章就报道了XIST/miR-17/PTEN三者之间的关系。

这篇2017年的文章就报道过XIST/miR-181a/PTEN三者之间的关系。

貌似还剩下一个miR-105，突然感觉好像有了新的研究方向：）