找到TP53基因在TCGA数据库的乳腺癌数据集的表达量分组看其是否影响生存

使用http://www.oncolnc.org/
1.打开网站，输入“favorite gene”

2.选择cancer，P-K一下

image.png

3.输入percentile

image.png

可见，高TP53表达影响BRCA患者的长期生存

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同样地，我们自己画一下吧
1.导出数据

image.png

2.运行R代码

options(stringsAsFactors = F)
a=read.table('BRCA_7157_25_25.csv',sep = ',',fill = T,header = T)
dat=a
library(ggplot2)
library(survival)
library(survminer) 
table(dat$Status)
dat$Status=ifelse(dat$Status=='Dead',1,0)
sfit <- survfit(Surv(Days, Status)~Group, data=dat)
sfit
summary(sfit)
ggsurvplot(sfit, conf.int=F, pval=TRUE)
ggsave('survival_TP53_in_BRCA_TCGA.png')

image.png

没差

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参考来源：生信技能树

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