在单机上安装、配置MPI 并行环境(Linux版)

在单机上安装、配置MPI 并行环境

1 Linux 的安装
可以安装任何Linux 发布版, 推荐RedHat-9
一些必须安装的包(关于如何用RedHat 的rpm 命令安装软件包可参看Maximum RPM)
gcc 包GNU C, 用于C 程序的编译
gcc-g77 包GNU Fortran 77, 用于Fortran 程序的编译
rsh 包和rsh-server 包用于启动MPI 进程
配置rsh-server, 下面的操作必须以root 身份执行。
– 编辑文件/etc/hosts.equiv, 在其中加上本机主机名(单独占一行)。如果该文件不存在则创建一个。
– 开启rsh 服务:
/sbin/chkconfig rsh on
– 测试rshd 的配置。以普通用户(非root) 登录并运行命令:
rsh 主机名/bin/hostname
如果配置正确该命令应该显示本机主机名。如果出错可查看/var/log/messages 文件中的错误信息。
– 注意保证shell 初始化文件(.cshrc, .profile, .bashrc 等) 不要往stdout 和stderr 输出任何信息，即上述命令的输出除了主机名外不应该有任何其它内容。否则可能影响MPI 进程的启动。
2 MPICH 的安装
MPICH 的手册在源程序的doc 目录中。
从网址http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/ 处下载MPICH 最新版本的源程序, 文件名为mpich-1.x.x.tar.gz, 其中1.x.x 为MPICH 的版本号(目前的最新版本为1.2.5)。在下面描述的过程中需用MPICH 的实际版本号替换1.x.x
展开MPICH 源程序:
tar xzpvf mpich-1.x.x.tar.gz
配置、编译MPICH:
cd mpich-1.x.x
./configure -prefix=/usr/local/mpi --disable-weak-symbols
make
上述命令生成的MPICH 库应该使用ch_p4 进行底层通信。
选项--disable-weak-symbols 的使用是为避免MPICH 1.2.5 的一个bug, 否则产生的库中
将没有MPI_File_xxxx 等函数(只有PMPI_File_xxx 等函数)
安装MPICH:
make install
这一步必须以root 身份执行, 它将MPICH 的文件安装到目录/usr/local/mpi 中。安装完毕后可以删除MPICH 源文件目录。
分别将“/usr/local/mpi/bin” 和“/usr/local/mpi/man” 加入到环境变量PATH 和MANPATH 中。
只需在目录/etc/profile.d 中创建两个文件mpich.sh 和mpich.csh, 它们分别对Bourne shell和C shell 起作用, 这两个文件的内容如下:
– /etc/profile.d/mpich.sh :
#!/bin/bash
export MANPATH=${MANPATH}:/usr/local/mpi/man
export PATH=${PATH}:/usr/local/mpi/bin
– /etc/profile.d/mpich.csh :
#!/bin/csh
if ( $?MANPATH == 0 ) then
setenv MANPATH :/usr/local/mpi/man
else
setenv MANPATH ${MANPATH}:/usr/local/mpi/man
endif
setenv PATH ${PATH}:/usr/local/mpi/bin
测试MPICH:
C 程序
cp /usr/local/mpi/examples/cpi.c .
mpicc -o cpi cpi.c .
mpirun -np 1 cpi
mpirun -np 2 cpi
Fortran 程序
cp /usr/local/mpi/examples/pi3.f .
mpif77 -o pi3 pi3.f .
mpirun -np 1 pi3
mpirun -np 2 pi3
(程序运行过程中依次输入10000 和0)。