Cytoscape在基础功能和参数介绍

一. Cytoscape的安装 

       首先要安装Java程序，才能够在Linux, Windows, and Mac OS X系统上运行。虽然没有职位上的支持关系，其它的UNIX平台例如Solaris or FreeBSD需要高于Java 5以上的版本。

二.界面的简单介绍

这些功能在工具栏上都有形象的展示~

三、一般流程

1 、打开 Cytoscape（version3.51） 。您应该会看到一个窗口，看起来像这样：

2 、导入如下的一个网络(一般存为csv格式，分为3个部分source,targe和你要展示的网络关系值)。在 File 菜单下，选择 Import，然后 Network，然后打开file选择你要画的网络。

3、根据 Layout 菜单中， 选择不同的样式进行展示。当不需要某条网络线时，可以将其在cytoscape中删除，然后通过style进行nodes和edges颜色和大小与位置关系的调节。