Qupath软件的安装与使用

Qupath是一款开源的医学图像标注软件，适合放射影像及数字病理切片等的查看。同时，其自带的标注功能使得医生可以直接通过该软件进行病变区域的标注和分类。跟进一步的，该软件提供groovy脚本运行接口，可供操作者编写和运行脚本，将标注信息转换为xml或者json格式的数据进行进一步的后序处理。同时，也可以通过运行groovy脚本，将模型预测出来的xml或json格式的结果进行可视化。为人们的标注和标注处理工作等带来极大的便利。

软件安装

软件下载

1.官网下载
https://qupath.github.io/

2.windows版本百度云下载
由于本人系统是windows版的，所以提供windows版本的百度云,软件版本为0.1.2
链接：https://pan.baidu.com/s/1_DHaX5wYzKS2jQKbHKfdDQ
提取码：vmwz

软件安装【windows版】

step1:

step2：等待

step3:自动打开，点击Not now（现在不更新），点击取消

简单使用

文件打开

注意：文件路径不要有中文
对于医学显微图像等常用的格式.svs .mrxs .dzi等都可以通过该软件打开，以乳腺组织病理切片svs文件打开为例，拖入软件中即可打开。

人工标注

具体标注过程常用以上几个工具

标注后可在右侧Annotation界面修改标注颜色和标注名称等

标注导出和导入

实际的运用过程中，为了方便标注的进一步处理，我们常常利用groovy脚本进行标注的输出和标注的绘制。
具体的groovy脚本可参考（导出标注到xml文件）：
https://github.com/m081429/wsitools/blob/8b7a4ba3b1df07bcc0677ae815df46c01e602d36/wsitools/wsi_annotation/QuPath_scripts/export_anno_tcga_xml.groovy
使用之前需要保证相应的jar已经导入。

groovy脚本的运行：

几个重要的官方说明书

qupath功能强大，可以利用其进行数据分析，其自带了很多分析功能，如分类，分割，细胞检测等。具体的可以参考以下两个链接：
https://qupath.readthedocs.io/en/latest/docs/tutorials/cell_classification.html

https://github.com/qupath/qupath/wiki