1.R Markdown基础

开始使用R Markdown时，RStudio已经自动完成安装或加载rmarkdown包。
RStudio中有R Notebook和R Markdown两种

R Notebook & R Markdown

1.1.R Markdown

R Markdown

R Markdown文件包含3种重要的内容类型：
(1)两个---之间的（可选） YAML文件头
(2)两个```之间的 R代码段
(3)Markdown文本语法，比如# 表示文本标题，可以参考献给写作者的 Markdown 新手指南
YAML文件头： output：决定输出的文件格式
要运行代码段， 必须将光标放在对应的代码段，然后点击Run图标(Ctrl+Shift+Enter)运行代码段。结果会显示在相应代码段下面。
若要生成包含所有文本、代码和输出的完整报告，点击Knit图标(Ctrl+Shift+K)。
若要在文本某位置中插入代码段，点击Insert按钮(Ctrl+Alt+I)。

1.2.R Notebook和R Markdown比较

R Notebook 和 R Markdown 比较

R Notebook：输出格式为html_notebook，点击Preview图标得到完整报告。
☆Tips：千万别点击Preview图标 下拉选项，其选项都会输出Markdown报告，YAML文件头会变成

错误输出

R Markdown：输出格式为html_document，点击Knit图标得到完整报告。
参考答案：R Notebook显示编辑器内的输出，同时隐藏控制台。 R markdown文件显示控制台内的输出，并且不显示编辑器内的输出。它们的YAML标头中的输出值不同。
（好像刚开始的时候有体会到，没有截图。尴尬.jpg）

1.2.1.输出html的结果比较

结果比较

R Notebook可以报告内显示/隐藏所有代码，或隐藏/显示某段代码，但代码结果不会在报告中显示 (若在文件中运行过代码结果，则会在报告中显示)
R Markdown的报告：a.文本部分都会显示；b.代码部分，可以根据代码段选项选择是否显示；c.代码运行结果根据代码选项是否输出。

1.3.R Markdown输出格式

当选择输出word和pdf后，YAML文件头会增加

输出格式

【重中之重】R Markdown输出pdf时，RStudio会有如下提醒：

需要LaTex

接下来是MikTex的安装和输出结果：

LaTex安装

展示三种输出结果：

三种输出结果

有些代码输出时，提示texi2pdf（）输出，需要用到texi2dvi（linux的工具软件），请将“pdf”改为“tex”，然后手动输出成pdf格式

2.用Markdown格式写

结果

2.1.代码段

插入代码：图标Insert=组合键盘Ctrl+Alt+I，符号:{r}和。
````{r by-name}`:"by-name"是赋予该段代码名称，便于1.自身快速选择代码段所在位置；2.了解代码段意义；3.建立缓存代码段的网络——通过代码段选项实现

2.1.1.代码段选项

代码段选项完整版：knitr: elegant, flexible, and fast dynamic report generation with R
几个常用代码段选项：

选项名称	作用
eval = FALSE	禁止代码求值
include = FALSE	不在最终文档显示代码和结果
echo = FALSE	隐藏代码，显示结果
warning = FALSE/message = FALSE	隐藏消息或警告信息
result = 'hide'/fig.show = 'hide'	隐藏结果输出/隐藏图形输出
error = TRUE/FALSE	包含出错信息/出错无法生成文档

2.1.2.多种表格结果比对

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《R数据科学》——R Markdown的摸索