使用MAKER进行注释: 输出基因模型的人工检查

使用MAKER运行结束后可以使用Jbrowse对基因模型进行可视化。由于MAKER和JBrowse同属于GMOD项目，因此能够很方便的输出结果转成GMOD所需形式。如果需要对模型进行手工编辑，那么Apollo可以直接使用JBrowse的数据。

第零步: 安装一些必须软件

# Ubuntu
sudo apt install build-essential zlib1g-dev
sudo apt install docker
# CentOS/RedHat
sudo yum groupinstall "Development Tools"
sudo yum install zlib-devel perl-ExtUtils-MakeMaker
sudo yum install docker

JBrowse

JBrowse项目官方站点： https://jbrowse.org/

第一步: 安装JBrowse

curl -L -O https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.9-release/JBrowse-1.16.9.zip
unzip JBrowse-1.16.9.zip
cd jbrowse
./setup.sh

第二步: 使用maker2jbrowse转换MAKER输出结果

bin/maker2jbrowse -d /path/to/genome_master_datastore_index.log

第三步: 使用python作为网页服务器

python2 -m SimpleHTTPServer 9999
python3 -m http.server 9999

此时，我们可以在http://你的服务器IP地址:9999上看到MAKER的输出结果

Fig1

Apollo

虽然Apollo基于JBrowse进行开发，但是安装步骤比较繁琐，因此建议直接用容器（或者看这篇注释手工校正工具Apollo-安装篇）

docker pull gmod/apollo

接着准备如下目录, 用来保存运行中产生的数据($PWD表示当前目录)

• JBrowse的data目录，例如$PWD/jbrowse_data
• 准备数据库所需的目录, 例如$PWD/postgres_data
• 准备Apollo上传数据存放目录，例如$PWD/apollo_data

mkdir -p $PWD/jbrowse_data
mkdir -p $PWD/postgres_data
mkdir -p $PWD/apollo_data

其中jbrowse_data对应的是maker2jbrowse的输出目录，建议以物种进行命名，以测试数据集(yeast)为例

wget https://s3.amazonaws.com/apollo-data/yeast.tgz
tar xf yeast.tgz
mv yeast $PWD/jbrowse_data

运行方式如下

docker

docker run -it  \
    --privileged \
    -v $PWD/jbrowse_data:/data  \
    -v $PWD/apollo_data:/var/lib/postgresql  \
    -v $PWD/apollo_data:/data/temporary/apollo_data \
    -e APOLLO_ADMIN_EMAIL=adminuser \
    -e APOLLO_ADMIN_PASSWORD=superdupersecretpassword \
    -p 9999:8080 docker.io/gmod/apollo

打开网页导入数据

Fig2

我尝试使用singularity启动容器，并不可行，因此只能用docker。