OpenCL Kernel 结构不支持二级指针？
最近在做一个关于用OpenCL来处理字符串匹配的小程序，
导师给出的题目是这样的，首先生成一个长度尽可能大的随机字符串（由ATCG这四个字符组成），然后设定1000个长度在2-10之间的随机字符串（也是由ATCG四个字符组成，然后将每个字符小字符串与大字符串去匹配，返回匹配项的下标值。
由于笔者才疏学浅，所以刚开始用于测试的算法是自己写的最笨的穷举法：
由于要和cpu比较运行时间,所以在主程序中：
char* X=(char*)malloc(10000*seizeof(char)); //动态分配大字符串的空间
char**Y=(char**)malloc(1000*seizeof(clar*));//动态分配指向小字符串指针的空间
for(int i=0;i<1000;i++)
{
Y[i]=(char*)malloc(11*seizeof(char)); //动态分配每个小字符串的空间
}
分配空间后，就给他们随机赋值，这里代码省略，
接下来就是匹配代码(返回匹配项代码省略)：
void PipeiCPU(char **Y,char *X)
{
int i=0;
for(int j=0;j<1000;j++)
{
int k=0;
while(X[i]!='/0')
{
while(Y[j][k]!='/0')
{
if(Y[j][k]==X[i+k])
k++;
else break;
}
i++;
}
j++;
}
}
好，在主程序下测试成功了，接下来就是写opencl的内核程序，我心想也不难，我设定了1024个work-items,也就是说gpu能够并行执行1024个相同的__kernel函数，我之所以设定1024个work-items的原因是有1000个小字符串，我希望这1000个小字符并行去匹配，这样一来的话效率的提升不就显而易见了。
好，我照着葫芦画瓢
下面是我的kernel程序：
__kernel void PipeiGPU(const __global char *X
const __global char **Y)
{
uint y=get_global_id(0);
if(y<1000)
.........
}
其实kernel里的程序相比主程序反而简单了，少了一层对小字符串指针的遍历，因为y取到了当前工作的work-items的ID,也就是说我们知道了这个kernel在哪个work-item下工作，这样我们就知道这是哪个小字符串了。
好，原本以为一切就绪了，一编译，结果出问题了，编译器不认识const __global char **Y，后来网上一查资料，有人说opencl C是不支持二级指针的，那怎么办？我一下子郁闷了。
后来没办法，由于只能传一级指针，我只能先把前面的小字符串存放到一个指针下，我给这个指针分配了
1000*11+1个字符空间
char *T=(char*)malloc((1000*11+1)seizeof(char));
为什么这么分配，我把每个小字符串长度设定为11,统计出来不满11的，我就在后面加空格，至于最后一个一是个结束符。
然后我还得定义一个指针p,当我从T中取每个小字符串的时候，赋给p
char *P=(char*)malloc(11*seizeof(char));
然后写kernel:
__kernel void PipeiGPU(const __global char* X
const __global char* T
const __global char* P)
{
uint y=get-global_id(0);
int p=0;
for(int i=y*11;i<(y+1)*11;i++)//1：将单个小字符串写到P里
{
if(T[i]!=' ')
{
P[p]=T[i];
p++;
}
else break;
}
P[p]='/0';
int j=0;
while(X[j]!='/0') //2：P与X进行匹配
{
int p=0;
while(P[p]!='/0')
{
if(X[j]==P[p])
p++;
else break;
}
j++;
}
}
终于！！！！执行成功，最后测试发现gpu的速度是cpu速度执行的1.5倍，效果并不是很理想，重要的一点原因是因为在kenrel里多了个1这个步骤，浪费了很多时间，呵呵。
当然，算法方面也有很大的余地，所以接下来笔者准备改良一下算法，希望能找到更好的解决方法，提高更多的效率，呵呵。