geneid/genesymbol/ensemblid等之间的转换

 

在基因注释时，难免碰到各种GENE在不同数据库之间的ID转换（例如，Ensembl ID 转Entrez ID，或者Entrez ID与GENE Symbol之间的转换）。这里介绍一下常用的三个在线网站， DAVID、bioDBnet、Ensembl Biomart， DAVID访问太慢，Ensembl Biomart参数配置太麻烦，推荐使用bioDBnet。

bioDBnet RESET API

bioDBnet除支持web在线转换外，还提供了RESET API接口，允许程序语言(python、perl、R等)进行访问。

参考资料

DAVID

bioDBnet

Ensembl Biomart

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