转载ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析

转自：生信技能树
这是目前发现不错的ATAC系列，原作者在也有更新https://www.jianshu.com/u/d5b900bea027

ATAC系列连载：

ATAC-Seq入门加高阶传送门 （点击进入交流群）

第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同

第2篇：原始数据的质控、比对和过滤

第3篇：用MACS2软件call peaks

第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools

第5篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC

第6篇：重复样本的处理——IDR

第7篇：用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化

第8篇：用网页版工具做功能分析和motif分析

第9篇：差异peaks分析——DiffBind

第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析（本系列完结，内附目录）

ATAC-seq基础知识（资源整理） - https://www.jianshu.com/p/04396ba18248
3D基因组 #表观遗传 - https://www.jianshu.com/p/08cf58ff3842
给学徒的ATAC-seq数据实战 - https://www.jianshu.com/p/5bce43a537fd
ChIP-seq基础入门 - https://www.jianshu.com/p/a7b6ce208f98
Analysis of single cell RNA-seq data
https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html

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