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3.genCov画每个突变位点附件的coverage,跟igv有点相似。这个操作起来很复杂,但是图还是挺有用的。可以考虑。由于我的referencegenomebuild是hg38BiocManager::install(c("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene","BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38"))library(TxDb.Hsapien
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博客原文宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理,这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前,我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解,宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集,这个环境可以是下水道,河流等自然环境,也可以是人体内肠道,口腔等体环境。而宏基因组中的生物往往指的是微生物,如真菌,细菌,病毒,古细菌。我们这里主要以肠道微生物
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P1优先选择二进制可执行软件来安装不同组学任务模块比对重要全基因组测序/外显子测序找差异和变异转录组相关计数软件安装规律:二进制,下载解压,全路径调用#C语言查看在还是不在whichmakewhichcmakewhichjavawhichperlwhichpython#查看版本python--versionperl--version查看版本,版本问题导致错误如何判断所有软件是否是二进制,进入软件官
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随着现代医学的发展,研究者发现有越来越多的疾病与人类基因组的突变或缺失有关。几十年来,人们一直在探索一些疾病在分子水平的治疗,试图通过对患者基因的调控达到治疗某种疾病的目的。目前,多数研究集中在将外源基因插入到基因组的某个位置,以促进或抑制某种特定基因的表达,这就要求有一种可以将外源基因引入机体细胞中的运载工具,而逆转录病毒载体正是迎合了这种需要而产生的。逆转录病毒载体是根据逆转录病毒的特性设计出
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基于深度学习的基因组数据分析利用深度学习技术来处理和分析基因组数据,帮助解决基因组学领域中一些复杂且具有挑战性的问题。这种方法已经在疾病预测、基因功能预测、变异检测、基因表达调控分析、个性化医疗等方面取得了显著进展。1.基因组数据分析的核心挑战基因组数据分析涉及以下主要挑战:高维数据与稀疏性:基因组数据通常包括数百万到数十亿个碱基对,数据维度非常高。同时,许多基因变异事件是稀有的,这种稀疏性使得数
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生物信息名词汇总|生物信息基础知识GWAS-Genome-wideassociationstudies,全基因组关联研究:用于识别遗传区域(基因组)和性状/疾病之间关联的方法。Predixcan:GWAS找到大量的SNP,可是可以解释生物学功能的SNP位点却是很有限的。gene-based关联分析软件——PredicXcan。PrediXcan包括两个步骤:-在具有可用基因型的队列中预测基因表达(
- refgenie:参考基因组下载商店
小贝学生信
http://refgenie.databio.org/HereweprovideawebinterfaceandaRESTfulAPItoaccessgenomeassetsforpopularreferencegenomeassemblies.refgenie提供了人、鼠等常见物种的参考基因组以及注释文件等信息(fasta、gtf...)以及常用fastq比对工具的(star、hisat2..
- 分子生物学-3
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1.共线性(synteny):一个物种的基因组中相互连锁的基因,在另一物种的基因组中也是连锁关系,而且在两个物种的遗传图上的位置也是相似的。例如,人与小鼠之间就有一百多个共线区。在进化过程中一些基因始终保持着连锁关系,这意味着这种连锁可能在一定条件下具有选择上的某种优势。2.经典遗传学(正向遗传学,ForwardGenetics,Classicalgenetics)是从生物的性状、表型到遗传物质来
- Signac::EnhanceCoveragePlot 参考实现流程
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Signac中的CoveragePlot是一种用于展示基因组覆盖度的图形工具,常用于ATAC-seq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing)数据分析。它显示了特定基因组区域内测序读取的覆盖度,即每个位置上读取的频率。覆盖度图形对于理解基因组的开放区域、调控元件活性以及染色质状态等方面具有重要作用。通过将多个样本的Coverag
- 血液DNA提取产量高吗?
清风拂面vv
产品特点◎操作简便快速,20分钟左右可获得理想的DNA;◎提取DNA纯度高,无抑制剂,1.7◎产量更高,较国内同类产品高出20%;◎样本范围广,可用于新鲜、冷冻或陈旧的血液样本。产品介绍BIOGBloodDNAIsolateKit是专门用于血液DNA的提取纯化。本试剂盒采用独特的裂解液配方,可直接从新鲜、冷冻或陈旧的全血中提取高质量的基因组DNA,也可以直接提取得到血液中感染的细菌或转移的肿瘤细胞
- 细菌/真菌DNA提取注意事项
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产品特点◎提取DNA纯度高,无抑制剂,A260/A280为1.7-1.9;◎产率高,同样的样本量提取的DNA更多;◎不含苯酚和氯仿等有毒溶剂,安全无毒;◎细胞壁较厚的革兰氏阳性菌和真菌也有较好的提取效果。产品介绍BIOGDNAFungi&BacteriaKit是专门用于从各种细菌和真菌样本中提取基因组DNA的试剂盒。BIOGDNAFungi&BacteriaKit采用特别配制的菌体裂解酶裂解真菌和
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Introduction大多数蕨类植物的大基因组和复杂度,阻碍了其通过基因组组装来阐明蕨类生物学和陆地植物的进化。本研究对水蕨(Ceratopterisrichardii)进行了染色体水平的基因组组装,以及相关的甲基组、转录组和代谢组分析。该组装揭示了一段非常动态的基因组进化历史,包括大约6000万年前最近一次全基因组复制后基因组内容和结构的快速变化。包括大量基因丢失、串联复制和来自细菌的多个水平
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GWAS(全基因组关联研究)关联到的SNP(单核苷酸多态性)位点注释是一个复杂的过程,涉及多个步骤,旨在理解这些位点在基因组中的生物学意义。1.对SNP位点进行注释涉及的一般步骤:确定SNP位点:从GWAS分析中获取与疾病或性状显著相关的SNP位点列表,包括它们的染色体位置和关联统计数据。使用专业数据库:利用如dbSNP、1000GenomesProject、gnomAD等公共数据库查询SNP的基
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生信修炼手册
欢迎关注”生信修炼手册”!可视化是数据分析中非常重要的一个环节,对于NGS分析数据的可视化,最常用的就是各种基因组浏览器了,既有UCSC,GBrowse等基于web的基因组浏览器,也有igvtools等本地化的图形界面软件。对于Hi-C数据,在前面的文章中也介绍过基于web的WashUEpigenomeBrowser基因组浏览器和本地化的juicebox软件。熟练掌握其中一个软件的用法就可以满足大
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基因染色体分布情况可视化程序所在位置需要输入的内容1、基因组gff文件2、基因ID3、Chr列表:用fastastats生成excel文件,取第一列即可(如下图)https://www.jianshu.com/p/b9034ce82ec2其中提到的生成第一个染色体长度文件即可4、开始结果如下:
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创业是一场赌博,但我们或许可以更好地理解,为什么有些创业公司能取得发展,而更多创业公司走向衰亡。这就是已经成立8年的“创业公司基因组”组织的使命。这个组织吸引了一批研究员和创业者,他们每年会采访全球数千名创业者和投资人,从而更好地了解,创业的热门领域发生了什么变化,以及哪些情况是不变的。这个项目更大的目标是研究,如何帮助更多创业公司取得成功。今年,该组织在CrunchBase和Dealroom等合
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时下,是否生二胎依然是热门话题。作为新晋俩孩宝妈,对于是否要生二胎,我想从自己的经历谈起,算是“现身说法”吧。希望读到这篇文章的你,如果还在犹豫要不要生二胎,可以从中找到答案。01关键词:遗憾每对决定了生二胎的父母,大体都会有“儿女双全”的愿望,而我和老公也不例外。这倒不是说我俩有重男轻女的观念,而是因为我俩对基因组合的奇妙都有些好奇。大宝是女孩,样貌上遗传了老公的大部分基因。走到哪儿,都有人说,
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派森诺与华中农业大学合作,在MolecularPlant上发表了题为《Genome-andtranscriptome-wideassociationstudiesprovideinsightsintothegeneticbasisofnaturalvariationofseedoilcontentinBrassicanapus》的研究结果。该研究为提高甘蓝型油菜和其他油料作物的有机碳提供了丰富的遗
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- 高通量测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2
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博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库:1.NCBI的SRA数据库,2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库:NGDC你可以直接通过网页下载数据,或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站上输入项目号获得样本的下载链接。用wget或者其他下载工具进行下载,示例的命令如下:wget-cftp://
- 转录组结果和qRT-PCR结果又不一致?!
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什么?!按照转录组筛选的5个最明显的差异基因只有2个与qRT-PCR结果一致?转录组测序(RNA-seq)将细胞内某一类型(或全部)的RNA逆转录成DNA,通过高通量测序的方法测定其序列并统计其表达水平的一项技术。是检测基因表达变化的通用方法。qRT-PCR是指通过对PCR扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测从而实现对起始模板定量及定性的分析。RNA-seq无需知道实验样本的基因组序列含比传
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- 3.QTL定位:Rqtl —— Multiple-QTL analyses
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在进行单QTL和双QTL基因组扫描后,最好将确定的位点合并成一个联合模型,然后进一步探讨QTL的可能性。在此工作中,我们使用由makeqtl()创建的QTL对象,利用fitqtl()拟合多qtl模型。流程如下:1.首先进行单qtl基因组扫描,选择LOD评分最高的位置;2.固定QTL模型:a.加性QTL扫描;b.对于当前模型中的每个QTL,扫描另一个相互作用的QTL;c.如果当前模型中有2个QTL,
- 【动植物研究动态】20220501文献解读
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NG|农科院油料所伍晓明&诺禾:揭示现代油菜遗传改良的基因组学基础Genomicselectionandgeneticarchitectureofagronomictraitsduringmodernrapeseedbreeding基于418份现代油菜种质高深度重测序数据,解析了油菜育种过程中农艺性状的基因组选择和遗传结构,研究结果破解了油菜产量提升的基因奥秘,奠定了油菜持续增产的理论基础。揭示了
- 疾病是进化的不完美
颜江坤
因为人类进化的不完美,是导致了疾病伴随终生的原因。进化的不完美体现在三个方面:首先是我们的基因不完美。比如癌基因,在我们出生以前,这个坏东西就潜伏在我们的基因组里面,等待时机被激活。除了癌症,各种遗传病、慢性病都跟基因有关。这表明我们生命巨大遗传信息的最底层东西都是不完美的。其次,人体设计也是不完美的,比如贴反的视网膜,射进眼睛的光线要穿过血管层才能进入视网膜的感光细胞,视网膜上形成视觉盲点,要不
- 肠道微生物研究的“法宝”
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摘要人类微生物组由以细菌为主的微生物群的集体基因组组成,这些微生物生活在人体的各个部位,其中肠道包含更多的微生物群。由于缺乏用于分离非培养微生物的科学工具,肠道微生物组的最重要特性尚不清楚。随着分子测序工具和技术的迅速发展,肠道微生物组在人类微生物组的研究过程中取得了长足的进步。这些发现揭示了在重组和改革疾病病理与药物方面有着非凡未来的可能性。新的科学方法,如通过二代测序的宏基因组工具,为基于肠道
- R语言|绘制曼哈顿图
维凡生物
曼哈顿图(manhattanPlot)是一种散点图,因形似曼哈顿摩天大楼而命名,常用于全基因组关联研究(GWAS)以显示重要的SNP。曼哈顿图作为经典的可视化方式,通常用于显示具有大量数据点,许多非零振幅和更高振幅值分布的数据,不仅可以展示数据全貌,又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息。小编今天给大家分享一下manhattanPlot的绘制方法,使用R的qqm
- 转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦!
尐尐呅
染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序,使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。来自同济大学的研究人员开发了人类和小鼠ChIP-seq和染色质可及性数据库:CistromeDB(CistromeDataBrowser),为转录和表观遗传调控研究提供最全面数据资源。其相关研究成果已发表在《Nucleicacidsresearch》。Cistrom
- 关于旗正规则引擎规则中的上传和下载问题
何必如此
文件下载压缩jsp文件上传
文件的上传下载都是数据流的输入输出,大致流程都是一样的。
一、文件打包下载
1.文件写入压缩包
string mainPath="D:\upload\"; 下载路径
string tmpfileName=jar.zip; &n
- 【Spark九十九】Spark Streaming的batch interval时间内的数据流转源码分析
bit1129
Stream
以如下代码为例(SocketInputDStream):
Spark Streaming从Socket读取数据的代码是在SocketReceiver的receive方法中,撇开异常情况不谈(Receiver有重连机制,restart方法,默认情况下在Receiver挂了之后,间隔两秒钟重新建立Socket连接),读取到的数据通过调用store(textRead)方法进行存储。数据
- spark master web ui 端口8080被占用解决方法
daizj
8080端口占用sparkmaster web ui
spark master web ui 默认端口为8080,当系统有其它程序也在使用该接口时,启动master时也不会报错,spark自己会改用其它端口,自动端口号加1,但为了可以控制到指定的端口,我们可以自行设置,修改方法:
1、cd SPARK_HOME/sbin
2、vi start-master.sh
3、定位到下面部分
- oracle_执行计划_谓词信息和数据获取
周凡杨
oracle执行计划
oracle_执行计划_谓词信息和数据获取(上)
一:简要说明
在查看执行计划的信息中,经常会看到两个谓词filter和access,它们的区别是什么,理解了这两个词对我们解读Oracle的执行计划信息会有所帮助。
简单说,执行计划如果显示是access,就表示这个谓词条件的值将会影响数据的访问路径(表还是索引),而filter表示谓词条件的值并不会影响数据访问路径,只起到
- spring中datasource配置
g21121
dataSource
datasource配置有很多种,我介绍的一种是采用c3p0的,它的百科地址是:
http://baike.baidu.com/view/920062.htm
<!-- spring加载资源文件 -->
<bean name="propertiesConfig"
class="org.springframework.b
- web报表工具FineReport使用中遇到的常见报错及解决办法(三)
老A不折腾
finereportFAQ报表软件
这里写点抛砖引玉,希望大家能把自己整理的问题及解决方法晾出来,Mark一下,利人利己。
出现问题先搜一下文档上有没有,再看看度娘有没有,再看看论坛有没有。有报错要看日志。下面简单罗列下常见的问题,大多文档上都有提到的。
1、repeated column width is largerthan paper width:
这个看这段话应该是很好理解的。比如做的模板页面宽度只能放
- mysql 用户管理
墙头上一根草
linuxmysqluser
1.新建用户 //登录MYSQL@>mysql -u root -p@>密码//创建用户mysql> insert into mysql.user(Host,User,Password) values(‘localhost’,'jeecn’,password(‘jeecn’));//刷新系统权限表mysql>flush privileges;这样就创建了一个名为:
- 关于使用Spring导致c3p0数据库死锁问题
aijuans
springSpring 入门Spring 实例Spring3Spring 教程
这个问题我实在是为整个 springsource 的员工蒙羞
如果大家使用 spring 控制事务,使用 Open Session In View 模式,
com.mchange.v2.resourcepool.TimeoutException: A client timed out while waiting to acquire a resource from com.mchange.
- 百度词库联想
annan211
百度
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
<title>RunJS</title&g
- int数据与byte之间的相互转换实现代码
百合不是茶
位移int转bytebyte转int基本数据类型的实现
在BMP文件和文件压缩时需要用到的int与byte转换,现将理解的贴出来;
主要是要理解;位移等概念 http://baihe747.iteye.com/blog/2078029
int转byte;
byte转int;
/**
* 字节转成int,int转成字节
* @author Administrator
*
- 简单模拟实现数据库连接池
bijian1013
javathreadjava多线程简单模拟实现数据库连接池
简单模拟实现数据库连接池
实例1:
package com.bijian.thread;
public class DB {
//private static final int MAX_COUNT = 10;
private static final DB instance = new DB();
private int count = 0;
private i
- 一种基于Weblogic容器的鉴权设计
bijian1013
javaweblogic
服务器对请求的鉴权可以在请求头中加Authorization之类的key,将用户名、密码保存到此key对应的value中,当然对于用户名、密码这种高机密的信息,应该对其进行加砂加密等,最简单的方法如下:
String vuser_id = "weblogic";
String vuse
- 【RPC框架Hessian二】Hessian 对象序列化和反序列化
bit1129
hessian
任何一个对象从一个JVM传输到另一个JVM,都要经过序列化为二进制数据(或者字符串等其他格式,比如JSON),然后在反序列化为Java对象,这最后都是通过二进制的数据在不同的JVM之间传输(一般是通过Socket和二进制的数据传输),本文定义一个比较符合工作中。
1. 定义三个POJO
Person类
package com.tom.hes
- 【Hadoop十四】Hadoop提供的脚本的功能
bit1129
hadoop
1. hadoop-daemon.sh
1.1 启动HDFS
./hadoop-daemon.sh start namenode
./hadoop-daemon.sh start datanode
通过这种逐步启动的方式,比start-all.sh方式少了一个SecondaryNameNode进程,这不影响Hadoop的使用,其实在 Hadoop2.0中,SecondaryNa
- 中国互联网走在“灰度”上
ronin47
管理 灰度
中国互联网走在“灰度”上(转)
文/孕峰
第一次听说灰度这个词,是任正非说新型管理者所需要的素质。第二次听说是来自马化腾。似乎其他人包括马云也用不同的语言说过类似的意思。
灰度这个词所包含的意义和视野是广远的。要理解这个词,可能同样要用“灰度”的心态。灰度的反面,是规规矩矩,清清楚楚,泾渭分明,严谨条理,是决不妥协,不转弯,认死理。黑白分明不是灰度,像彩虹那样
- java-51-输入一个矩阵,按照从外向里以顺时针的顺序依次打印出每一个数字。
bylijinnan
java
public class PrintMatrixClockwisely {
/**
* Q51.输入一个矩阵,按照从外向里以顺时针的顺序依次打印出每一个数字。
例如:如果输入如下矩阵:
1 2 3 4
5 6 7 8
9
- mongoDB 用户管理
开窍的石头
mongoDB用户管理
1:添加用户
第一次设置用户需要进入admin数据库下设置超级用户(use admin)
db.addUsr({user:'useName',pwd:'111111',roles:[readWrite,dbAdmin]});
第一个参数用户的名字
第二个参数
- [游戏与生活]玩暗黑破坏神3的一些问题
comsci
生活
暗黑破坏神3是有史以来最让人激动的游戏。。。。但是有几个问题需要我们注意
玩这个游戏的时间,每天不要超过一个小时,且每次玩游戏最好在白天
结束游戏之后,最好在太阳下面来晒一下身上的暗黑气息,让自己恢复人的生气
&nb
- java 二维数组如何存入数据库
cuiyadll
java
using System;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Windows.Forms;
using System.Xml;
using System.Xml.Serialization;
using System.IO;
namespace WindowsFormsApplication1
{
- 本地事务和全局事务Local Transaction and Global Transaction(JTA)
darrenzhu
javaspringlocalglobaltransaction
Configuring Spring and JTA without full Java EE
http://spring.io/blog/2011/08/15/configuring-spring-and-jta-without-full-java-ee/
Spring doc -Transaction Management
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- Linux命令之alias - 设置命令的别名,让 Linux 命令更简练
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linuxalias
用途说明
设置命令的别名。在linux系统中如果命令太长又不符合用户的习惯,那么我们可以为它指定一个别名。虽然可以为命令建立“链接”解决长文件名的问 题,但对于带命令行参数的命令,链接就无能为力了。而指定别名则可以解决此类所有问题【1】。常用别名来简化ssh登录【见示例三】,使长命令变短,使常 用的长命令行变短,强制执行命令时询问等。
常用参数
格式:alias
格式:ali
- yii2 restful web服务[格式响应]
dcj3sjt126com
PHPyii2
响应格式
当处理一个 RESTful API 请求时, 一个应用程序通常需要如下步骤 来处理响应格式:
确定可能影响响应格式的各种因素, 例如媒介类型, 语言, 版本, 等等。 这个过程也被称为 content negotiation。
资源对象转换为数组, 如在 Resources 部分中所描述的。 通过 [[yii\rest\Serializer]]
- MongoDB索引调优(2)——[十]
eksliang
mongodbMongoDB索引优化
转载请出自出处:http://eksliang.iteye.com/blog/2178555 一、概述
上一篇文档中也说明了,MongoDB的索引几乎与关系型数据库的索引一模一样,优化关系型数据库的技巧通用适合MongoDB,所有这里只讲MongoDB需要注意的地方 二、索引内嵌文档
可以在嵌套文档的键上建立索引,方式与正常
- 当滑动到顶部和底部时,实现Item的分离效果的ListView
gundumw100
android
拉动ListView,Item之间的间距会变大,释放后恢复原样;
package cn.tangdada.tangbang.widget;
import android.annotation.TargetApi;
import android.content.Context;
import android.content.res.TypedArray;
import andr
- 程序员用HTML5制作的爱心树表白动画
ini
JavaScriptjqueryWebhtml5css
体验效果:http://keleyi.com/keleyi/phtml/html5/31.htmHTML代码如下:
<!DOCTYPE html>
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"><head><meta charset="UTF-8" >
<ti
- 预装windows 8 系统GPT模式的ThinkPad T440改装64位 windows 7旗舰版
kakajw
ThinkPad预装改装windows 7windows 8
该教程具有普遍参考性,特别适用于联想的机器,其他品牌机器的处理过程也大同小异。
该教程是个人多次尝试和总结的结果,实用性强,推荐给需要的人!
缘由
小弟最近入手笔记本ThinkPad T440,但是特别不能习惯笔记本出厂预装的Windows 8系统,而且厂商自作聪明地预装了一堆没用的应用软件,消耗不少的系统资源(本本的内存为4G,系统启动完成时,物理内存占用比
- Nginx学习笔记
mcj8089
nginx
一、安装nginx 1、在nginx官方网站下载一个包,下载地址是:
http://nginx.org/download/nginx-1.4.2.tar.gz
2、WinSCP(ftp上传工
- mongodb 聚合查询每天论坛链接点击次数
qiaolevip
每天进步一点点学习永无止境mongodb纵观千象
/* 18 */
{
"_id" : ObjectId("5596414cbe4d73a327e50274"),
"msgType" : "text",
"sendTime" : ISODate("2015-07-03T08:01:16.000Z"
- java术语(PO/POJO/VO/BO/DAO/DTO)
Luob.
DAOPOJODTOpoVO BO
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http://bigocheatsheet.com/
http://www.sitepoint.com/time-complexity-algorithms/