FSL里的FAST [4]

FSL里的FAST工具（FMRIB’s Automated Segmentation Tool）

如果读过很多论文的话，知道很多时候都避免不了分割操作。比如，将大脑组织分割成白质和灰质，然后再送到神经网络里去训练，提高精度。FAST就是这样的工具——可以将大脑的三维图像分割成不同的组织类型（灰质、白质和脑脊液）

需要先进行大脑提取

BET brain extraction 是FSL中的第一个菜单项，使用起来很简单。生成的图像如下所示：

分割出白质、灰质和脑脊液

Number of classes默认为3，就是脑脊液、灰质和白质三类，一般不用修改。其他也基本上用默认的，若是有什么不明白的可以留言。

单击Go需要等一段时间，这是令人不爽的地方。然后就会在相同的文件夹下生成以a1_brain开头的文件，如下图：
b其中的a1_brain_pve_0.nii.gz是分割出的脑脊液的图，a1_brain_pve_1.nii.gz是分割出灰质的图，a1_brain_pve_3.nii.gz是分割出白质的图。其他的图到底是什么，可以打开主界面的FSLeyes看一看。如下所示：分别针对的是脑脊液、灰质和白质的分割。