Freesurfer简介及学习推荐

    Freesurfer是用于MRI图像处理和分析的一款开源软件，可以进行多种模态数据的预处理、皮层重建、volume与surface的互相 之间的配准等。

    Freesurfer许多功能都可以利用软件包中集成好的pipeline来实现，可以参考官网进行了解，也可以调用一些单独的命令来实现自己的需求，比如查看.mgz/.nii.gz等格式文件的信息时用到的mri_info等。

    具体介绍可以参考官网：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/，或者豆瓣上一个科技科普类的专栏（中文）：FreeSurfer使用手册

Freesurfer学习推荐：

    1. 利用搜索引擎搜索，但是由于中文资料较少，所以作为了解以及补充知识还可以，如果是实际使用中遇到问题的话能够搜索到的资料可能较少，而且部分邮件内容来自于第三条所列举到的mailing list。

    2. 查看官方文档说明，可以了解软件各个指令的功能。或者在使用中多多利用shell中的`--help`  参数进行了解。

比如想要了解mri_info命令的使用方法，就可以在Ubuntu1404的Terminal中输入：

$mri_info --help

或者在freesurfer wiki的右上角搜索  mri_info，然后进入页面：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/mri_info

需要注意由于版本更新或者系统差异等原因，freesurfer部分指令的说明是存在问题的，实际使用中注意判别。

    3. 此外freesurfer还提供了查询存档邮件（会被搜索引擎搜索到）的功能，所以遇到问题可以考虑优先搜索邮件存档中别人是否遇到相同的问题，但是由于邮件存档都是一段时间之前的问题，因此想要得到实时反馈的话建议通过mailing list订阅后发邮件询问，可以直接与freesurfer开发人员交流问题，也是一个有效的途径。具体可以在 freesurfer主页-Support 中了解。

    4. 最后如果对于阅读源代码比较感兴趣，可以通过https://github.com/freesurfer/freesurfer阅读指令的源代码，但是由于多数指令是利用shell命令写的（少数利用c语言），因此可能需要相应的编程基础才能看懂。