Freesurfer

使用HCPpipelines分割皮层

文章的最开始一部分是使用HCPpipelines对T1和T2像进行皮层分割，调用的是freesurfer6。

长腿猴子请来的救兵·2024-02-04 07:36

LGI-局部回旋指数的生成

Freesurfer中的方法（作为-localGI标志）基于MarieSchaer的“ASurface-basedApproachtoQuantifyLocalCorticalGyrifi

MRI_lab·2024-01-13 09:14

用freesurfer对扩散指标（FA，MD）进行VBA分析（基于体素的分析）-dt_recon

freesurfer官网–https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/dt_recon步骤：需要对3DT1图像进行renconall预处理将输入转换为nifti（

MRI_lab·2024-01-13 09:40

freesurfer-reconall后批量提取TIV（颅内总体积）

#提取TIV#singleline=$(grepEstimatedTotalIntracranialVolume/usr/local/freesurfer/subjects/bect-3d+bold-wangjingchen

MRI_lab·2024-01-10 21:32

Freesurfer学习笔记——TRACULA tutorial（2） 11/13

diffusion_reconscd$TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial##bashexportFREESURFER_HOME=/path/to/freesurfersource$FREESURFER_HOME

KaSuo幻影·2023-11-09 18:12

Freesurfer学习笔记——Longitudinal Tutorial 9/13

1.PreparationsexportFREESURFER_HOME=/Applications/freesurfersource$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.shexportTUTORIAL_DATA

KaSuo幻影·2023-11-09 18:12

CONN工具箱分析fmri数据笔记2

ICAnetworks二、二阶分析1、seed-to-voxel2、ROI-to-ROI3、graphtheory4、voxel-to-voxel5、ICAnetworks三、附录1、添加自己的ROI文件2、使用freesurfer

长腿猴子请来的救兵·2023-10-28 22:24

FreeSurfer和FSL的安装和使用教程

原文链接：链接https://blog.csdn.net/zuzhiang/article/details/107562854

sta@ma@brain·2023-10-25 09:11

freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍

freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍freesurfer的安装freesurfer对结构像分割流程及批处理代码freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍scripts文件夹

sta@ma@brain·2023-10-08 23:10

使用freesurfer进行海马亚区分割学习笔记

前言freesurfer是一个强大的结构像数据处理软件，除了可以分割皮层之外，还可以进行海马、杏仁核和岛叶等区域的进行亚区的分割，因此这几天学习了一下如何进行海马亚区分割，特记录下来以便今后查看macOS

长腿猴子请来的救兵·2023-10-08 23:40

freesurfer对结构像分割流程及批处理代码

freesurfer对结构像分割流程及批处理代码概述freesurfer对结构像分割流程freesurfer批处理代码recon-all并行运行概述FreeSurfer是一个能够分析结构MRI图像的软件

sta@ma@brain·2023-10-08 23:40

fsl左右海马体分割+freesurfer合并

文章目录背景bash直接运行python+nipype实现背景需要分割出海马体。可借鉴方法：深度学习（UNet分割），形态学上的开闭，fsl中的分割。使用fsl种的分割时需要注意，fsl分割分为左海马和右海马方法：使用fsl中的first命令进行分割。先在终端输入first查看需要输入的参数：可以看到-i要从哪个文件进行提取，-k输出分割文件名称，-m分割的标准文件（*.bmv），-l做flirt

九久呀·2023-10-08 23:09

Linux Freesurfer脑数据分割

surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall注意每次使用之前都要设置环境变量##bash$>exportFREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

evanna-y·2023-10-08 23:09

关于Freesurfer6.0海马体的分割环境以及步骤

利用freesurfer6.0进行海马分割的步骤（亲测有效）：在/usr/local/freesurfer路径下解压MatlabRuntime压缩包并把license.txt文件复制在该路径下（此过程为搭建环境

小陈爱科研·2023-10-08 23:39

利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤，以及获取海马体积

利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤MatlabRuntime安装1.运行recon-all：2.利用recon-all-ssubj-hippocampal-subfields-T1进行海马分割

sta@ma@brain·2023-10-08 23:08

freesurfer海马亚区的分割

海马杏仁核亚区分割官网地址7.3+分割算法freesurfer7.3之前版本：1.先安装freesurfer2.安装MatlabR2014b地址2.1先进入root状态下才可以运行：2.1.1如何进入root

神经影像数据处理·2023-10-08 03:44

freesurfer安装及环境配置

1.下载所需软件包获取licence，在官网点击打开链接上注册一下，填写自己的邮箱，提交之后会收到一个邮件。打开附件，复制附件信息，新建一个licence.txt,将内容粘贴到该txt文件中。2.安装包复制与解压将下载的软件包复制到/usr/local下，要保证有足够大的空间。在ubuntu系统下打开命令窗口，输入sudocp安装包名字/usr/local这里安装包名字不仅要是全称，还要将位置信息

神经影像数据处理·2023-10-08 03:14

ABIDE Preprocessd 结构态MRI数据集介绍及下载（FreeSurfer流程）

引言本博客书接上文：ABIDEPreprocessed结构态MRI数据集介绍及下载，写前一篇的时候因为觉得FreeSurfer流程处理完成的数据过于庞杂，想要从中获得需要的ROI层面形态学特征过于复杂，

夜半罟霖·2023-09-04 21:58

fresurfer功能介绍

功能介绍Freesurfer是用于MRI图像处理和分析的一款开源软件，可以进行多种模态数据的预处理、皮层重建、volume与surface的互相之间的配准等该软件是一款用于分析脑神经数据的工具集合，它提供了一系列的算法来量化人脑的功能

MRI_lab·2023-07-26 04:57

freesurfer-海马/杏仁核亚区体积分割

segmentHA_T1.shsubj1.recon-allsegmentHA_T1.shresult1mri_segstatsmri_segstats--segmri/aseg.mgz--ctab$FREESURFER_HOME

MRI_lab·2023-07-26 04:57

freeesurfer---recon_all--重建

每次使用前都需要配置环境变量exportFREESURFER_HOME=$Computer/usr/local/freesurfer#freesurfer文件夹位置exportSUBJECT_DIR=$

MRI_lab·2023-07-26 04:26

freesurfer输出结果查看

freesurfer输出结果labellabel/lh.aparc.annot---皮层标记（cortparc）recon-all-s${output_dir}-sd${output_path}-cortparc

MRI_lab·2023-07-26 04:56

Python科学计算包MNE——头模型和前向计算

目录前言一.Freesurfer安装及配置1.1Freesurfer下载安装1.2Freesurfer功能测试二.计算和可视化BEM表面2.1创建BEM的surfer三.可视化配准四.计算源空间4.1源空间定义

东洋 Dongyang·2023-04-02 01:26

ubuntu20.04 报错：This application failed to start because no Qt platform plugin could be initialized.

我是在用freeview的时候出现这个问题，freesurfer正常但是freeview打不开查了一下是因为freeview中调用的python依赖qt，但是qt没装好试了很多方法，最后真正对我有效的是

皎皎如月明·2023-03-11 07:12

使用Voxelmorph配准IXI：数据预处理之颅骨去除及仿射对齐

更新日志2020.8.25更新：完善freesurfer的下载链接和教程freesurfer处理代码recon-all后面增加-parallel，可以使用多线程（感谢评论区mamemory同学指出）增加预处理后裁剪

Alpha收割机·2023-02-01 13:19

使用freesurfer和3Dslicer进行脑区分割和电极定点（日常记录）

一、前期准备Linux系统安装Freesurfer、MATLAB插件spm12、fieldtrip，Windows下载mricron、Slicer3D（需要插件SlicerFreeSurfer）软件文件准备

zQIANYUN·2023-01-08 16:04

Ubuntu系统下MRIcroN、FSL6.0.5、Freesurfer7.1.1、ANTs、MRtrix3、AFNI的安装详解——核磁共振数据处理必备

Ubuntu系统下MRIcroN、FSL6.0.5、Freesurfer7.1.1、ANTs、MRtrix3、AFNI的安装详解一、安装MRIcroN二、FSL6.0.5完整安装与FSLeyes等NotFound

sta@ma@brain·2022-12-25 01:39

freeview - segmentation fault

按照官方教程在M1芯片的MacBook上安装了freesurfer，想要打开freeview，却发现报出了如下的错误。

auto_star·2022-12-16 18:50

FreeSurfer数据质量指标：欧拉数Euler Number

欧拉数在代数拓扑中，欧拉示性数（Eulercharacteristic）是一个拓扑不变量，对于一大类拓扑空间有定义。其中V,E和F分别是点，边和面的个数。对于所有和一个球面同胚的多面体，这就是欧拉公式，翻译成白话就是在一个不和自己交叉的多面体中(和球面球面同胚)，面(Face)的个数，加顶点(Vertice)的个数，减边(Edge)的个数永远等于2。例如，对于立方体，我们有6−12+8=2，而对于

懒麻蛇·2022-12-05 07:16

Freesurfer教程（ubuntu）

Freesurfer教程（ubuntu）参考链接：http://www.wjhsh.net/zhhfan-p-13405572.html1.安装freesurfer的安装教程各个网站上都用详细的过程，这里不再叙述这个命令是在处理

凹凸曼杰瑞·2022-11-27 07:25

Freesurfer的简单使用和一些基础知识

FreesurferFreesurfer是用于MRI图像处理和分析的一款开源软件，可进行多种模态数据的预处理，皮层重建，volume与surface的互相之间的配准等。MRI成像https://www.csdn.net/tags/Mtzagg1sNzM3MTMtYmxvZwO0O0OO0O0O.htmlMRI成像原理：含单数质子的原子核，例如人体广泛存在的氢原子，其质子有自旋运动，带正电，产生磁距

凹凸曼杰瑞·2022-11-27 07:55

IXI数据预处理 + Linux + freesurfer

目录1.freesurfer下载安装测试1.1下载受阻，安装axel-2.4,多线程下载1.2安装1.3安装时出现的问题1.4测试1.5使用前注意2.freesurfer处理IXI2.1freesurfer

Emily卷得动·2022-11-07 10:22

Ubuntu20.04安装医学影像处理工具R, ANTs, AFNI, FSL, FreeSurfer, Fiji等

安装如下几个工具：RANTsAFNIFSLpython中的torchbiomed库FreeSurfer)ITK-SNAPMRIcronFijimrtrix3和dipy参考链接https://zhuanlan.zhihu.com

·2022-05-21 17:02

用bash直接提取freesufer统计数据

使用asegstats2table可以直接用freesurfer提供的asegstats2table命令可以提取。很多软件的原理都是调用Freesurfer提供的asegstats2table函数。

懒麻蛇·2022-02-27 06:43

在afni, suma和freesurfer中自定义colorbar

在写文章的过程中大脑的激活图，ROI的颜色等需要和文章的整体风格以及数据展示的颜色相匹配，这时候需要使用自定义的color。由于最近使用到了suma，所以这里根据以suma为例，展示如何自定义colorbar。在suma中使用自定义的colorbar，用到的是afni命令生成的cmaps文件，步骤如下：afni的命令：MakeColorMap根据命令行的步骤：1.写一个color的txt文件，如b

solimania·2021-06-20 01:49

怎么提取mask的边界_HCP是怎么处理结构像数据的

对于FreeSurfer，我们在使用的时候，只需要一句recon-all就可以执行完所有的计算，接着就可以进行读取结果，关于recon-all的计算细节我们可能不怎么关心。

jiyulishang·2021-01-12 03:05

MRI脑图像处理-场矫正：python SimpleITK.N4BiasFieldCorrection

场矫正：如果未校正偏置字段将导致所有成像处理算法（例如，分段（例如，Freesurfer）和分类）输出不正确的结果。在进行分割或分类之前，需要预处理步骤来校正偏

迷路在代码中·2020-09-17 03:51

Freesurfer简介及学习推荐

Freesurfer是用于MRI图像处理和分析的一款开源软件，可以进行多种模态数据的预处理、皮层重建、volume与surface的互相之间的配准等。

子若无双·2020-09-11 20:33

Freesurfer学习笔记

Freesurfer官网：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeSurferWikiFreesurfer安装及验证是否成功：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu

卡索幻影·2020-09-11 19:29

FSL/FreeSurfer安装教程

（注：本文仅供参考，由于系统版本更迭或自行操作不当造成的问题，本人概不负责）在Ubuntu下安装FSL/FreeSurfer准备:（1）装有Ubuntu16.04LTS操作系统的电脑一台。

鸸鹋先生·2020-08-21 08:27

学习笔记44—Linux下安装freesurfer

第一步：安装ubuntu（略过）第二步：下载freesurfer：从freesurfer的官方网站上下载：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Download

weixin_30758821·2020-08-20 19:02

Ubuntu1404下freesurfer6.0.0及补丁的安装

FreeSurferSystemRequirementsSummaryofRequirements:OperatingSystem:Linux,macOSProcessorSpeed:2GHzatleastRAM:8GBrecommendedGraphicscard:3Dgraphicscardwithitsowngraphicsmemory&acceleratedOpenGLdriversSiz

子若无双·2020-08-20 18:13

ubuntu 18.04安装freesurfer 7

自己没用freesurfer，实验室师兄师姐们在用，想着以后可能会用，先安装上，安装记录以供参考，不涉及使用。

苏酥胖·2020-08-20 17:28

ubuntu12.04 安装 freesurfer