- http://www.cnpop.org/portal.php,生物信息的84个新晋网红应用
weixin_39699163
Descriptionsofnewonlinedatabasesinthe2018NARDatabaseissueDatabaseURLBriefdescriptiona3DIVhttp://kobic.kr/3div3D-genomeInteractionVieweranddatabaseAAgMarkerhttp://bioinfo.wilmer.jhu.edu/AAgMarker/index
- 【生信知识】---全网最佳方案下载SRA数据库文件!
卡布达b1
前言:众所周知,NCBI对我朝的局域网不甚友好,对于国内的生信玩家来说,想要下载SRA数据库的.sra或者.fastq经常遇到网速问题,慢到你怀疑人生有木有!因此,我在这里摸索了一个目前看来最高效的方法,那就是。。。ascp+ENA数据库!详解:1.首先安装ascp这个神器就不多介绍了,没有安装的同学先把ascp安装到自己的服务器上吧,推荐安装教程www.bioinfo-scrounger.com
- bioinfo100-第9题-FastQC报告中的duplicate
RachaelRiggs
duplicate问题zhn去除duplicate可以这样理解:去除“假重复”(人为造成的重复序列方面的bias)保留“真重复”(天然存在的重复序列)。第9题读懂FastQC报告中的duplicate问题本周我们预计会把前10个问题提出来,结束我们的测序原理与FastQC部分。今天我们来详细聊聊duplicate问题。duplicate的产生主要是因为Illumina建库的过程中,一般会需要使用P
- 2019-08-21 gffread----gff、gtf格式转换
老_Z
三代数据分析,用Minimap2分析出结果,生成了gff文件,想继续用为了想用到MatchAnno去,但是MatchAnno需求是gtf文件,所以想找大家都推荐的cufflinks中的脚本gffread来做。寻找过程中发现gffread有官网直接下载http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtmlhttp://www.bioinfo-scrounger
- 卡梅 计算机生物专业怎么样,美国卡梅生物信息学专业录取案例
weixin_39683863
卡梅计算机生物专业怎么样
宫同学基本情况本科学校:山东大学;gpa:85.44;托福:107;gre:3.5录取Carnegiemellonuniversity卡耐基梅隆大学computationalbiology计算机生物学Universityofmichigan,annarbor密歇根大学安娜堡分校bioinformatics生物信息学Georgiainstituteoftechnology佐治亚理工学院bioinfo
- bioinfo100-第22题-都有了SAM文件,为什么还需要BAM文件?
RachaelRiggs
Hello大家好!前面的若干问题,我们一直在围绕着SAM文件的记录格式做了详细地讨论,我相信大家通过我们的问题,跟随我们学习的思路已经掌握了SAM文件作为标准的比对格式的合理性以及相关特点。1.背景介绍和数据下载SAM文件不但记录了reads详细的mapping信息,还记录了reads的原始信息,内容很是全面。这样很好,但也存在很多问题:比如我的原始FASTQ文件是100G,那么我的SAM文件一定
- Freebayes用法简单介绍
京古
本文转载自:http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/254Freebayes身为众多call变异软件中的一员,一直被使用到现在,肯定有其独到之处。因此对其的简单使用方法做个笔记下载及安装gitclone--recursivegit://github.com/ekg/freebayes.gitmakemakeinstall软件介绍及原理可参考一篇博客htt
- bioinfo100-第13题-从双序列比对开始学起
RachaelRiggs
参考:孟浩巍的知乎zhn第13题从双序列比对开始学起Hello大家好!经过我们之前的12个问题,我们对Illumina测序的原理,测序的储存模式,测序数据的质控已经有了一个比较清楚的认识。那么我们今天就开始用接下来的若干次提问来学习与比对有关的知识。比对其实应该对应的单词是alignment,但往往特指低通量的序列之间的比较。比如10条序列,进行多序列比对就是我们常说的multiplealignm
- bioinfo100-第10题-FastQC报告之adapter与kmer
RachaelRiggs
参考:孟浩巍的知乎zhn第10题读懂FastQC报告之adapter与kmerHello大家好!我们又见面了!今天是我们的FastQC中最后1次提问啦!今天,我们要聊得是adapter与kmer的问题。我们在[生物信息学100个基础问题——第5题测序建库的adapter](https://zhuanlan.zhihu.com/p/34691037"\t"_blank)的时候讨论过adapter的问
- 有没有人带?这些都是学习生信的一大助力!
生信宝典
人工智能编程语言数据可视化微软大数据
经常能看到某人5篇SCI!某实验室10篇SCI!科研学习过程中,一年多篇文章的人是如何保持科研创新能力的?及时关注学界动态,高效获取优质资源非常重要。但是大量的科研资讯,热点也层出不穷,那么作为硕博新生的你,如何做好科研呢!下个优质公众号,由科研大咖主持分享最有影响力的经典文献,提供前沿的研究思路、提供生信和基因分析的科研方法,更有投稿、选刊等论文秘笈。生信补给站Bioinfo_R_Python▲
- 清华大学鲁志实验室内部生物信息学培训教材
可以公开的秘密Scarlett
授课的配套PPT都是共享在清华大学校园网盘:-[Bioinfo2020](https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/b707e65b559549069938/?p=%2Fbioinfo2020%2FLectures&mode=list)-[Bioinfo2019](https://cloud.tsinghua.edu.cn/d/b707e65b559549069938/?p=
- 【R】数据相关性的可视化
风风是超人
r语言数据库服务器
一千零一技|相关性分析及其可视化:copy&paste,搞定.libPaths(c("/bioinfo/home/software/miniconda3/envs/R4.0/lib/R/library"))#data("mtcars")library("PerformanceAnalytics")#pdf("test.pdf")#my_data<-mtcars[,c(1,3,4,5,6,7)]#p
- linux创建账户
点滴生信
创建组groupaddbioinfo创建用户useradd-u1006-d/data/users/lb-m-gbioinfolb-u1006指定id适用于已经创建过用户,再是系统重装等原因造成的需要重新创建账号,保持与原始的记录一致-d指定目录结构-g指定归属组最后设置账号名字设置密码passwdlb更改目录归属权限chownlb:bioinfo-Rtest-R要更改的目录lb:bioinfo即将
- bioinfo100-第23题-转录组的比对与基因组的比对有何不同?
RachaelRiggs
参考:孟浩巍的知乎zhn第23题转录组的比对与基因组的比对有何不同?Hello大家好!我们今天又见面了!我们通过前期的22个问题,从数据的简单质控,到测序数据的mapping,再到mapping后的SAM文件都有了一个比较清楚的认识。那么说了半天的mapping问题,一直都是在以DNA进行举例,RNA的比对我们都还没有谈。那么今天我们就来简单谈谈RNA序列的mapping,尤其是真核生物的RNA序
- 又发现了一本对纯生信友好的期刊
SCI狂人团队
今天分享一本对纯生信数据挖掘友好的期刊——BioMedicalEngineeringOnLine,BioMedicalEngineeringOnLine期刊官方给出的影响因子:2.059,中科院最新分区:4区,审稿周期:1-3个月,版面费:$2290.00,不在中科院《国际期刊预警名单(试行)》名单(2021年1月发布版)上。该期刊主要对以下研究领域感兴趣,其中生物信息学排在第一位:Bioinfo
- 【bioinfo】samtools stats 输出结果解读
青灯照颦微
bioinfo笔记bioinfosamtools
参考:samtoolsstats#samorbaminput$samtoolsstattest.sam>test_sam_stat.txt下图为示例统计的SN关键字部分:统计结果中包含的信息有:关键字官方解释说明CHKChecksum校验和SNSummarynumbers摘要编号FFQFirstfragmentqualitiesRead1片段质量LFQLastfragmentqualitiesRe
- 懒人版肿瘤细胞系鉴定神器:CCLA
概普生信
你是否遇到过癌症细胞系污染或者误用的情况呢?今天介绍一款简单易用的,基于基因表达数据的癌症细胞系鉴定工具CCLA(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/CCLA/)发表于杂志:BriefingsinBioinformaticsIF:8.99背景介绍癌症细胞系(Cancercellline,CCL)是癌症研究中最常用的实验材料。然而由于长期培养和传代,CCL容易被污
- 生信分析Python实战练习 4 | 视频22
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- 2020-02-21 单因素/多因素分析-R语言
清水煮竹笋
R语言学习笔记参考内容:https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/647/#注意该文章中,部分代码前面多了>符号https://www.jianshu.com/p/2da6645e0a86#两篇文章采取的函数略有不同library("survival")library("survminer")data("lung")#载入lung数据库head(lung
- 【bioinfo】bwa mem 比对分值参数测试
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bioinfo生物信息学bwa序列比对
常用的序列比对软件bwa:command对应的多种命令,这里使用的是mem,即使用BWA-MEM算法进行序列比对。bwamem命令比对:下方官网上介绍的mem命令:bwamem比对分值参数:参数默认比对情况分值说明-A[1]Match11bp比对得1分-B[4]Mismatch-41bp错配扣4分-O[6,6]gap(ins,del)-6,-61bp的ins扣6分,del扣6分-E[1]gapex
- 生信分析Python实战练习 3 | 视频21
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- R语言基础--向量
山竹山竹px
R-基础-向量运行代码快捷键:ctrl+entertab补全控制台清屏:ctrl+l赋值(globaloptions=>appearance=>zoom=>150%符号皆为英文符号?函数名,查看帮助文档设置工作目录setwd('E:\bioinfo_study\one')#设置工作目录Error:'\o'isanunrecognizedescapeincharacterstringstarting
- 生信分析matplotlib 绘图 Python简明教程 | 视频17
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- bioinfo100-第1题-(1)fasta&fastq
RachaelRiggs
参考:孟浩巍知乎zhn博客入门课程1.入门课程image.png2.测序原理(待填坑)3.分析流程image.png第1题,与FASTQ与FASTA格式有关1.0掌握fasta格式概述一下,fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式,可以储存核酸序列(DNA/RNA)也可以储存蛋白质的氨基酸序列(AminoAcidsequence,简称AA序列),主要分成2个部分。举个例子1.>sp|P6990
- GSEA输入文件准备——转载自生信笔记
whykm
转载网址:https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/557/说到富集,富集是将基因根据一些先验的知识(也就是常见的注释)进行分类的过程。我们一般会想到最常见的是GO/KEGG富集,其思路是先筛选差异基因,然后确定这些差异基因的GO/KEGG注释,然后通过超几何分布计算出哪些通路富集到了,通常会选择一个阈值来卡一下,比如p值和FDR等。因此这会涉及到人为的
- 宏基因组之物种注释(基于nr库)
凯凯何_Boy
昨天下午捣鼓了一下宏基因组物种注释过程(基于nr库),现在将整个流程记录一下。软件需求:blast,diamond,taxonkit(安装自行百度)构建细菌子库blast方法可能会准确点,但是它的速度简直让我怀疑人生,俩种软件的方法我都说下吧,因为我比对的主要是细菌,我首先想到是干脆按照网上的方法构建一个细菌的子库可能速度会更快点~说干就干参考连接:https://www.bioinfo-scro
- 2019-04-21解决xshell的backspace键无法删除却显示出了“^H”问题
司令_b2bc
xshell在输入命令时,如果敲错字母了的时候,想通过按退格键删除敲错的字母,却在屏幕显示出了“H”,退格不行,再按删除键,却显示出“[[3~”,怎么着就是删除不了输错的字母。修改办法:xshell文件-->打开--->属性-->终端-->键盘吧delete和backspace序列改为ASCII127即可。image.png本文参考于,致谢!作者:bioinfo2011链接:https://www
- 微生物组(16S rRNA)数据分析套件PMS尝鲜
凯凯何_Boy
前几日宏基因组公号上推送了《iMeta:青岛大学苏晓泉组开发跨平台可交互的微生物组分析套件PMS》一文,但软件中示例文件貌似是单端数据,于是想着拿手里一批已发表过的双端测序16S数据集尝试一番。Paper准备代码Tutorial:Github:https://github.com/qdu-bioinfo/parallel-meta-suiteGittee:https://gitee.com/qdu
- TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析
沉迷工作的我
导读:今天有小伙伴问我,筛选完差异基因后,想看自己关注的基因和其他基因的关系,应该怎么做?那当然要先做一下相关性分析了!好,下面让我给大家娓娓道来......正文:step1:我们先读取下所需要的数据library(openxlsx)setwd("E:\\Bioinfo_analysis\\scripts\\corr\\corr_batch")#设置工作路径fr<-read.xlsx('infil
- Spring4.1新特性——综述
jinnianshilongnian
spring 4.1
目录
Spring4.1新特性——综述
Spring4.1新特性——Spring核心部分及其他
Spring4.1新特性——Spring缓存框架增强
Spring4.1新特性——异步调用和事件机制的异常处理
Spring4.1新特性——数据库集成测试脚本初始化
Spring4.1新特性——Spring MVC增强
Spring4.1新特性——页面自动化测试框架Spring MVC T
- Schema与数据类型优化
annan211
数据结构mysql
目前商城的数据库设计真是一塌糊涂,表堆叠让人不忍直视,无脑的架构师,说了也不听。
在数据库设计之初,就应该仔细揣摩可能会有哪些查询,有没有更复杂的查询,而不是仅仅突出
很表面的业务需求,这样做会让你的数据库性能成倍提高,当然,丑陋的架构师是不会这样去考虑问题的。
选择优化的数据类型
1 更小的通常更好
更小的数据类型通常更快,因为他们占用更少的磁盘、内存和cpu缓存,
- 第一节 HTML概要学习
chenke
htmlWebcss
第一节 HTML概要学习
1. 什么是HTML
HTML是英文Hyper Text Mark-up Language(超文本标记语言)的缩写,它规定了自己的语法规则,用来表示比“文本”更丰富的意义,比如图片,表格,链接等。浏览器(IE,FireFox等)软件知道HTML语言的语法,可以用来查看HTML文档。目前互联网上的绝大部分网页都是使用HTML编写的。
打开记事本 输入一下内
- MyEclipse里部分习惯的更改
Array_06
eclipse
继续补充中----------------------
1.更改自己合适快捷键windows-->prefences-->java-->editor-->Content Assist-->
Activation triggers for java的右侧“.”就可以改变常用的快捷键
选中 Text
- 近一个月的面试总结
cugfy
面试
本文是在学习中的总结,欢迎转载但请注明出处:http://blog.csdn.net/pistolove/article/details/46753275
前言
打算换个工作,近一个月面试了不少的公司,下面将一些面试经验和思考分享给大家。另外校招也快要开始了,为在校的学生提供一些经验供参考,希望都能找到满意的工作。 
- HTML5一个小迷宫游戏
357029540
html5
通过《HTML5游戏开发》摘抄了一个小迷宫游戏,感觉还不错,可以画画,写字,把摘抄的代码放上来分享下,喜欢的同学可以拿来玩玩!
<html>
<head>
<title>创建运行迷宫</title>
<script type="text/javascript"
- 10步教你上传githib数据
张亚雄
git
官方的教学还有其他博客里教的都是给懂的人说得,对已我们这样对我大菜鸟只能这么来锻炼,下面先不玩什么深奥的,先暂时用着10步干净利索。等玩顺溜了再用其他的方法。
操作过程(查看本目录下有哪些文件NO.1)ls
(跳转到子目录NO.2)cd+空格+目录
(继续NO.3)ls
(匹配到子目录NO.4)cd+ 目录首写字母+tab键+(首写字母“直到你所用文件根就不再按TAB键了”)
(查看文件
- MongoDB常用操作命令大全
adminjun
mongodb操作命令
成功启动MongoDB后,再打开一个命令行窗口输入mongo,就可以进行数据库的一些操作。输入help可以看到基本操作命令,只是MongoDB没有创建数据库的命令,但有类似的命令 如:如果你想创建一个“myTest”的数据库,先运行use myTest命令,之后就做一些操作(如:db.createCollection('user')),这样就可以创建一个名叫“myTest”的数据库。
一
- bat调用jar包并传入多个参数
aijuans
下面的主程序是通过eclipse写的:
1.在Main函数接收bat文件传递的参数(String[] args)
如: String ip =args[0]; String user=args[1]; &nbs
- Java中对类的主动引用和被动引用
ayaoxinchao
java主动引用对类的引用被动引用类初始化
在Java代码中,有些类看上去初始化了,但其实没有。例如定义一定长度某一类型的数组,看上去数组中所有的元素已经被初始化,实际上一个都没有。对于类的初始化,虚拟机规范严格规定了只有对该类进行主动引用时,才会触发。而除此之外的所有引用方式称之为对类的被动引用,不会触发类的初始化。虚拟机规范严格地规定了有且仅有四种情况是对类的主动引用,即必须立即对类进行初始化。四种情况如下:1.遇到ne
- 导出数据库 提示 outfile disabled
BigBird2012
mysql
在windows控制台下,登陆mysql,备份数据库:
mysql>mysqldump -u root -p test test > D:\test.sql
使用命令 mysqldump 格式如下: mysqldump -u root -p *** DBNAME > E:\\test.sql。
注意:执行该命令的时候不要进入mysql的控制台再使用,这样会报
- Javascript 中的 && 和 ||
bijian1013
JavaScript&&||
准备两个对象用于下面的讨论
var alice = {
name: "alice",
toString: function () {
return this.name;
}
}
var smith = {
name: "smith",
- [Zookeeper学习笔记之四]Zookeeper Client Library会话重建
bit1129
zookeeper
为了说明问题,先来看个简单的示例代码:
package com.tom.zookeeper.book;
import com.tom.Host;
import org.apache.zookeeper.WatchedEvent;
import org.apache.zookeeper.ZooKeeper;
import org.apache.zookeeper.Wat
- 【Scala十一】Scala核心五:case模式匹配
bit1129
scala
package spark.examples.scala.grammars.caseclasses
object CaseClass_Test00 {
def simpleMatch(arg: Any) = arg match {
case v: Int => "This is an Int"
case v: (Int, String)
- 运维的一些面试题
yuxianhua
linux
1、Linux挂载Winodws共享文件夹
mount -t cifs //1.1.1.254/ok /var/tmp/share/ -o username=administrator,password=yourpass
或
mount -t cifs -o username=xxx,password=xxxx //1.1.1.1/a /win
- Java lang包-Boolean
BrokenDreams
boolean
Boolean类是Java中基本类型boolean的包装类。这个类比较简单,直接看源代码吧。
public final class Boolean implements java.io.Serializable,
- 读《研磨设计模式》-代码笔记-命令模式-Command
bylijinnan
java设计模式
声明: 本文只为方便我个人查阅和理解,详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/
import java.util.ArrayList;
import java.util.Collection;
import java.util.List;
/**
* GOF 在《设计模式》一书中阐述命令模式的意图:“将一个请求封装
- matlab下GPU编程笔记
cherishLC
matlab
不多说,直接上代码
gpuDevice % 查看系统中的gpu,,其中的DeviceSupported会给出matlab支持的GPU个数。
g=gpuDevice(1); %会清空 GPU 1中的所有数据,,将GPU1 设为当前GPU
reset(g) %也可以清空GPU中数据。
a=1;
a=gpuArray(a); %将a从CPU移到GPU中
onGP
- SVN安装过程
crabdave
SVN
SVN安装过程
subversion-1.6.12
./configure --prefix=/usr/local/subversion --with-apxs=/usr/local/apache2/bin/apxs --with-apr=/usr/local/apr --with-apr-util=/usr/local/apr --with-openssl=/
- sql 行列转换
daizj
sql行列转换行转列列转行
行转列的思想是通过case when 来实现
列转行的思想是通过union all 来实现
下面具体例子:
假设有张学生成绩表(tb)如下:
Name Subject Result
张三 语文 74
张三 数学 83
张三 物理 93
李四 语文 74
李四 数学 84
李四 物理 94
*/
/*
想变成
姓名 &
- MySQL--主从配置
dcj3sjt126com
mysql
linux下的mysql主从配置: 说明:由于MySQL不同版本之间的(二进制日志)binlog格式可能会不一样,因此最好的搭配组合是Master的MySQL版本和Slave的版本相同或者更低, Master的版本肯定不能高于Slave版本。(版本向下兼容)
mysql1 : 192.168.100.1 //master mysq
- 关于yii 数据库添加新字段之后model类的修改
dcj3sjt126com
Model
rules:
array('新字段','safe','on'=>'search')
1、array('新字段', 'safe')//这个如果是要用户输入的话,要加一下,
2、array('新字段', 'numerical'),//如果是数字的话
3、array('新字段', 'length', 'max'=>100),//如果是文本
1、2、3适当的最少要加一条,新字段才会被
- sublime text3 中文乱码解决
dyy_gusi
Sublime Text
sublime text3中文乱码解决
原因:缺少转换为UTF-8的插件
目的:安装ConvertToUTF8插件包
第一步:安装能自动安装插件的插件,百度“Codecs33”,然后按照步骤可以得到以下一段代码:
import urllib.request,os,hashlib; h = 'eb2297e1a458f27d836c04bb0cbaf282' + 'd0e7a30980927
- 概念了解:CGI,FastCGI,PHP-CGI与PHP-FPM
geeksun
PHP
CGI
CGI全称是“公共网关接口”(Common Gateway Interface),HTTP服务器与你的或其它机器上的程序进行“交谈”的一种工具,其程序须运行在网络服务器上。
CGI可以用任何一种语言编写,只要这种语言具有标准输入、输出和环境变量。如php,perl,tcl等。 FastCGI
FastCGI像是一个常驻(long-live)型的CGI,它可以一直执行着,只要激活后,不
- Git push 报错 "error: failed to push some refs to " 解决
hongtoushizi
git
Git push 报错 "error: failed to push some refs to " .
此问题出现的原因是:由于远程仓库中代码版本与本地不一致冲突导致的。
由于我在第一次git pull --rebase 代码后,准备push的时候,有别人往线上又提交了代码。所以出现此问题。
解决方案:
1: git pull
2:
- 第四章 Lua模块开发
jinnianshilongnian
nginxlua
在实际开发中,不可能把所有代码写到一个大而全的lua文件中,需要进行分模块开发;而且模块化是高性能Lua应用的关键。使用require第一次导入模块后,所有Nginx 进程全局共享模块的数据和代码,每个Worker进程需要时会得到此模块的一个副本(Copy-On-Write),即模块可以认为是每Worker进程共享而不是每Nginx Server共享;另外注意之前我们使用init_by_lua中初
- java.lang.reflect.Proxy
liyonghui160com
1.简介
Proxy 提供用于创建动态代理类和实例的静态方法
(1)动态代理类的属性
代理类是公共的、最终的,而不是抽象的
未指定代理类的非限定名称。但是,以字符串 "$Proxy" 开头的类名空间应该为代理类保留
代理类扩展 java.lang.reflect.Proxy
代理类会按同一顺序准确地实现其创建时指定的接口
- Java中getResourceAsStream的用法
pda158
java
1.Java中的getResourceAsStream有以下几种: 1. Class.getResourceAsStream(String path) : path 不以’/'开头时默认是从此类所在的包下取资源,以’/'开头则是从ClassPath根下获取。其只是通过path构造一个绝对路径,最终还是由ClassLoader获取资源。 2. Class.getClassLoader.get
- spring 包官方下载地址(非maven)
sinnk
spring
SPRING官方网站改版后,建议都是通过 Maven和Gradle下载,对不使用Maven和Gradle开发项目的,下载就非常麻烦,下给出Spring Framework jar官方直接下载路径:
http://repo.springsource.org/libs-release-local/org/springframework/spring/
s
- Oracle学习笔记(7) 开发PLSQL子程序和包
vipbooks
oraclesql编程
哈哈,清明节放假回去了一下,真是太好了,回家的感觉真好啊!现在又开始出差之旅了,又好久没有来了,今天继续Oracle的学习!
这是第七章的学习笔记,学习完第六章的动态SQL之后,开始要学习子程序和包的使用了……,希望大家能多给俺一些支持啊!
编程时使用的工具是PLSQL