bwa

修改bam文件的染色体信息

的数据流程的时候，生成marked.bam文件之后的染色体是12这样的，但是下载的gatk的人的基因组的fa文件的染色体是chr1chr2这样的信息，所以进行后续的recal和bqsr的时候会报错，这是由于自己之前bwa
jiarf·2024-02-05 09:11

200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引

注：后面可能还会构建鼠源的x参考：RNA-seq(5):序列比对：Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2
dicklim·2024-02-03 15:13

BWT比对算法

简介BWT算法在多款序列比对软件（BWA，bowtie）中都有涉及，那么对于RNA-seq的2代数据，一般建库长度是单端300bp，双端各150bp左右。
小潤澤·2024-02-01 10:11

谈谈对BWT算法的理解

最近对分析流程里用的bwa和mutect2的原理感兴趣，打算稍微了解下。说起来本科时候也学过一些经典算法，印象最深刻的就是NW全局比对和SW局部比对了。
无话_·2024-01-29 07:08

高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组3

如何判断存在宿主污染的方法在上一篇文章中有提到，即GC含量严重偏离正态分布时我们就认为原始数据存在宿主污染，这里介绍的去除宿主污染的工具是bowtie2，同样的也有很多其他软件可以做到去污染，如bwa，
lantary·2023-12-27 23:49

后缀树算法

后缀树算法后缀树算法在现代的比对工具中也是非常常见的一类比对算法，常用的STAR软件利用的就是后缀树算法，而bowtie，BWA等比对软件用的是BWT算法，这就是为什么STAR的比对速度要比其他二代软件快
小潤澤·2023-12-20 21:15

基于BWA，Bowtie2，samtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比

计算contigs和genes相对丰度可以提供有关微生物群落结构和功能的信息。以下是计算这两个指标的意义：1.Contigs的相对丰度：contigs是利用基因组测序技术获得的碎片序列，通过计算contigs的相对丰度可以了解微生物群落中不同菌种的相对丰度。这可以帮助研究者理解微生物群落的物种组成和群落结构。2.Genes的相对丰度：基因是生物体内功能的基本单位，通过计算基因的相对丰度可以了解不同
小果运维·2023-12-16 18:28

BWT算法

1、BWT(Burrows–Wheeler_transform)算法介绍bwa是目前最流行的二代测序比对工具，其中就用到了BWT算法。
基因组分析·2023-12-15 04:38

BWA和Bowtie的安装使用及区别

本学期在学习谈老师讲的基因组重测序数据比对和变异检测软件这一章时，我们了解到了短序列比对软件主要有以下几种：主要短序列比对软件其中，BWA和Bowtie的使用较为普遍，接下来对这两个软件的安装使用进行介绍
可堪醉卧_b370·2023-11-04 05:24

关于call SNP无变异位点的解决方法

本次使用bcftoolscallSNPcd~/SC/zaohongsource/gss1/env/bwa_v0.7.17.envbwaindexref.fastasamtoolsfaidxref.fastasource
17号小行星·2023-11-01 01:22

php解析markdown前端渲染,前端小技巧：加载并解析Markdown文档

GitHub有一个你要用的开源程序，而你又是第一回用它，那么你一般会在这个仓库的Readme里读一读开发者提供的工具说明和使用的相关信息，这部分文档一般就是用Markdown的语法写的此处以李恒大神的BWA
特派禁烟员·2023-10-27 23:23

生信格式之sam、bam

Mapformat，直译就是序列比对格式；序列比对是测序结果分析中最基础的一步操作，它主要基于参考序列信息回答了每条reads来自人的哪条染色体的哪个区域；sequencemapping目前的比对软件很多，例如bwa
小贝学生信·2023-10-26 03:59

【工具速递】使用 Chromap 快速对齐和预处理染色质图谱-Fast alignment and preprocessing of chromatin profiles with Chromap

Chromap在比对精度上与BWA-MEM和Bowtie2相当，比传统工作流程在批量ChIP-seq/Hi-C配置文件上快10倍以上，在单细胞ATAC
六博说·2023-10-14 14:54

生信学习笔记：用conda安装bwa、samtools和tophat2以及问题解决

用conda安装bwa、samtools和tophat2bwa$condainstallbwasamtools$condainstallsamtoolstophat2安装wgethttp://ccb.jhu.edu
twocanis·2023-10-14 13:03

生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装

一、BWA1、介绍简介：用于建立index；基于BWT算法，将reads比对到参考基因组；最新版本bwa-mem2，Intel实验室对计算效率进行了优化。
weixin_43664814·2023-10-12 04:11

生信学习笔记：用gmap将dna的片段mapping到基因组上

gmap是一款可以用于将DNA片段mapping到基因组上的软件，相对于bowie和bwa有其优点，同学们可以比较下。
ccArtermices·2023-10-11 13:59

重测序分析

测序数据：fastq格式文件序列比对软件：BWA软件（快速把小片段比对到基因组上）分析过程：1.测序数据质控(fastqc)-t测序数据线程数，数目越多速度越快-o指定输出目录$/share/nas2/
每天都想睡觉的阿源·2023-10-10 13:41

重测序分析

/sequences.fa（bwa建立索引）gatk--java-options"-Xmx8G-Djava.io.tmpdir=.
每天都想睡觉的阿源·2023-09-20 02:11

DipC 构建基因组 3D 结构（学习笔记）

目录下载SRA数据使用SRAToolkit转换SRA数据为Fastq格式使用bwa比对测序数据使用Hickit计算样本的基因组3D结构使用散点图展示3D结构计算3D结构重复模拟的稳定性其他步骤1.下载SRA
浓香鸭腿面·2023-09-18 06:24

BWA比对及Samtools提取目标序列

今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在，主要使用BWA和Samtools：bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。
鲸鱼不是鱼592·2023-09-16 11:14

[SAMtools] 常用指令总结

首先呢，bam和sam文件主要是bwa、bowtie、tophat等序列比对工具产生的，这些软件我们后面会谈到。
weixin_34268310·2023-09-16 11:14

生信技能23 - Samtools提取BWA比对的mapped reads

ref.fasta.amb、ref.fasta.ann、ref.fasta.bwt、ref.fasta.pac、ref.fasta.sabwa比对+samtools进行sam2bam转换利用samtoolsview命令可将bwa
辉光君Glow·2023-09-16 11:10

2022-10-21 报错记录

bwa+samtools，ERR：couldn'tallocatememoryforbam_memsamtools需要设置合适的-m参数或-@参数，它们的乘积应小于系统内存。
染山·2023-09-13 01:06

【bioinfo】bwa mem 比对分值参数测试

常用的序列比对软件bwa：command对应的多种命令，这里使用的是mem，即使用BWA-MEM算法进行序列比对。
青灯照颦微·2023-08-31 04:09

2021-01-06GWAS全基因组关联分析流程

转载自：https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/109202042一、BWA比对1.构建索引bwaindex-aisexample.fasta#构建索引
麦冬花儿·2023-08-26 22:39

探针寻找之旅（9）——BWA-aln比对短序列探针到基因组

BWA-aln简介BWA（Burrow-WheelerAligner），是一款将DNA序列mapping到参考基因组上的软件，能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上。
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-08-14 04:31

2021-09-20libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory

这个报错很早之前就遇到过，当时是用自己安装的miniconda来下载安装samtools（非root用户），安装完成之后运行就这样报错了，但是其他的软件又可以正常运行，比如bwa。
__一蓑烟雨__·2023-08-09 21:40

序列比对BWA（Docker篇）

BWA，即Burrows-Wheeler-AlignmentTool。BWA是一种能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上的软件包。
组学大讲堂·2023-08-07 23:54

GATK-变异流程2

上次我们整理到bwa比对后得到bam文件，下一步我们要通过GATK流程从bam文件中callvariant。
家和建材广场·2023-07-31 19:47

2023.07.05【bug笔记】|bwa比对报错：Segmentation fault

项目场景：通过BWA对单端测序的小片段序列（710bp）进行基因组分析，寻找突变位点。
穆易青·2023-07-26 19:43

2022.11.21【bug笔记】|bam文件报错：Cannot add sequence that already exists in SAMSequenceDictionary

项目场景：sam文件是通过hisat2，bowtie2或者bwa将rawdata进行比对后得到的包含比对信息的数据格式。
穆易青·2023-07-26 19:42

评估组装中的污染

##选取部分组装结果##bwa把原始数据比对到组装结果上,samtools比对排序bwaindex-prefpart.genome.facatsample.list|whilereada;doecho"bwamem-t8
涤生生·2023-07-24 08:50

【GATK加速】替换BWA/GATK/Mutect2，Sentieon软件 肿瘤体细胞突变检测分析指南-系列1（WES or WGS）

前言本文介绍了两种体细胞变异检测pipeline：TNscope：使用Sentieon特有的算法，拥有更快的计算速度和更高的计算精度，对临床基因诊断样本尤其适用；TNhaplotyper2：匹配Mutect2（现在匹配到4.1.9）结果的同时，计算速度提升10倍以上。关于TNscope和TNhaplotyper2的完整脚本，可访问：https://github.com/Sentieon/senti
毅硕科技·2023-07-14 13:52

常用生信分析软件

官网源码安装&使用BWAhttp://bio-bwa.sourceforge.net/https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/http://www.cnblogs.com
weixin_30879833·2023-06-16 18:27

bam&sam文件浅析

1.sam和bam背景知识现在最流行的短序列比对软件就是bwa和bowite2，而sam文件就是通过这些比对软件进行序列比对后产生的文件的格式。
熊猫人和熊猫猫·2023-04-12 13:32

一个神奇的小软件bioawk

最高的两篇引用上万次的，分别是BWA和SAMtools对应的文章。曾发过的nature，他是
刘小泽·2023-04-12 05:47

fasta的几种index方法

1.bowtie2：bowtie2-buildgenome.fastagenome2.bwa:bwaindexgenome.fasta-pgenome3.hisat2第一步：转录本的index：extract_exons.pygencode.vM19
苏牧传媒·2023-04-03 00:38

生信软件的使用:bwa-mem2小测试

然后bwa最近进行了升级，升级为了bwa-mem2,因此我测试一下运行速度，非常快，但是也存在一些问题！首先是bwa2的安装，貌似现在不能使用conda安装，官网给了详
blue_unique·2023-03-30 10:08

RNA-seq实战分析流程

cutadapt•TrimGalore二、比对①目的：•将打断测序的reads比回参考基因组•samtools将比对结果排序后得到sort的bam，用于后续分析②工具：•hisat2•bowtie2•bwa
ShanSly·2023-03-29 04:58

Miniconda使用记录（2）

先创建一个文件夹在根目录下创建一个.biosoft文件夹再将这个文件夹添加到环境变量中exportPATH="~/.soft:$PATH"最后软链接ln-s~/miniconda3/bin/bwa~/.
YX_Andrew·2023-03-22 16:20

使用长读长测序reads进行基因组组装-miniasm

相对于二代测序，三代reads较长，bwa等软件效率太低，这里使用minimap2进行比对，速度很快。$g
xiaoji_hb·2023-03-17 16:20

GATK-找变异1

上次我们整理到bwa比对后得到bam文件，下一步我们要通过GATK流程从bam文件中callvariant。
家和建材广场·2023-03-16 10:16

GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）

我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出来给大家提供参考。
追梦生信人·2023-03-11 11:44

测序短读映射

FastQC(v0.11.9)wasusedtoassessthereadqualityhttp://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/2.BWA
所以suoyi·2023-03-11 02:32

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析

生物知识学习(biotechknowledgestudy.com)差异分析的步骤：1）比对；2）readcount计算；3）readcount的归一化；4）差异表达分析；背景知识：1）比对：普通比对：BWA
太甜了不要加糖·2023-03-10 16:01

samtools整合sam转bam/sort和index命令

使用bwa，hisat2等比对软件，常会得到sam文件，此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令vimsam2bam.sh#按一下i进入编辑模式，写入以下内容!
王梓维·2023-03-09 18:16

FastQ_Screen 检测原始数据fastq污染情况

下载该软件需要以下依赖[Bowtie],[Bowtie2]或者[BWA].Perl*[Bismark](可选项，针对bisulfite数据)1.1有相关的软件之后，进入官方网站，点击下载https://
寒山梦绮·2023-01-28 01:35

通过blast在基因组中找相似序列

一种方法是通过bwa，通过AS和XS标签判断是否有次优比对；但是这种方法无法知道这段序列所有可能的比对位置；另一种方法就是blast，blast分为网页版以及本地版；网页版blast网址：https:/
生信汪·2023-01-27 14:56

2020.10.12丨二代变异检测

基因或基因组上的差别基因转录翻译过程变异类型CallingSNPs(Index)Overallprocedurefigstep.1mappingBWA(https://github.com/lh3/bwa
穆易青·2022-12-29 03:05

多组学分析

生信100天打卡系列文章目录生信100天打卡系列[1/100]多组学分析基础知识一、生物学基础1.突变2.重组3.单倍型4.突变与单倍型的关系5.总结[1/100]BWT算法（BWA，Bowtie，Bowtie2
grazieST·2022-12-21 17:42
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