R语言_生成带基因名的火山图_EnhancedVolcano

环境：R_x64_4.0.2 & RStudio_1.2.1335
相比网站生成火山图，使用R语言生成火山图可以满足更多的要求，但相关文章不甚清晰，遂记录一下生成 带标签火山图 的过程，留与媛媛查阅。

效果预览

一、EnhancedVolcano安装方法

1.安装

RStudio中输入

install.packages('devtools');devtools::install_github('kevinblighe/EnhancedVolcano');

这里代码意义是下载Github上的EnhancedVolcano包，如果选择节点记得选择国内节点

等待安装直到出现如下提示：

即已经完成安装。

2.检验

检验是否成功安装，输入

library(EnhancedVolcano)

声明包，若无ERROR字样即成功安装。

二、使用EnhancedVolcano绘制火山图

1.使用library(EnhancedVolcano)声明EnhancedVolcano包。
2.导入数据，以.csv文件为例

data=read.csv(file="test.csv",header=T,row.names=1,sep=',')

参数说明：

• file="" : 引号内为文件名称，文件要放在默认文件夹下，可打开右下Fils并将文件拖入，见下图
• header=T：列名默认设置。
• row.names=1：将第一列作为行名，就是我们要在图中展示的标签。
• sep=','：以,为分隔符，如果txt输入将参数换为" "（空格）。

示例数据：

3.使用EnhancedVolcano()语句生成火山图,举例如下：

EnhancedVolcano(data, lab = rownames(data), x = 'Foldchange', y = 'Pvalue',xlim = c(-17, 13),ylim=c(1,6),pCutoff = 0.001,FCcutoff = 2)

参数说明：

• data：导入的数据文件。
• lab = rownames(data)：设置标签，方便展示（此参数须在2.步中设置row.names才能使用）
• x = 'Foldchange'、y = 'Pvalue'：设置横纵坐标轴与data中列的对应
• xlim = c(-17, 13)、ylim=c(1,6)：设置x、y展示区间
• pCutoff = 0.001、FCcutoff = 2：自定义阈值线。

在右侧即可看到生成的火山图