scRNA

生物信息数据库开发之单细胞数据库scrna db（一）

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北京生信课堂·2025-02-23 04:18

单细胞分析（11）——scRNA-seq数据整合

单细胞RNA-seq数据整合：SeuratIntegrationandHarmony1.研究背景在单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中，批次效应（batcheffect）是不可忽视的问题。

生信小鹏·2025-02-16 01:15

2025年了, 都哪些物种有空转数据？

一、写在前面：之前给大家整理过类似的合集话题：2022年了，都有哪些器官/组织有scRNA-Seq数据|小鼠篇2022年了，都有哪些器官/组织有scRNA-Seq数据|人类篇2023年了,都哪些物种有scRNA-Seq

Biomamba生信基地·2025-02-15 13:38

单细胞分析基础-第一节数据质控、降维聚类

scRNA_pipeline\1.Seurat生物技能树可进官网查询添加链接描述分析流程准备：R包安装options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/

遗落凡尘的萤火-生信小白·2025-02-02 06:51

2022-04-17

NatBiotech|组织中单细胞转录组的空间图谱原创图灵基因图灵基因2022-04-1707:03收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）已经彻底改变了单细胞水平上的基因表达研究

图灵基因·2024-09-12 15:12

7+纯生信，单细胞识别细胞marker+100种机器学习组合建模，机器学习组合建模取代单独lasso回归势在必行！

本研究从GEO数据库下载单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，根据原始研究中定义的细胞标记重新注释各种免疫细胞，以确定其特异性标志。

生信小课堂·2024-09-11 14:08

seurat提取表达矩阵_10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-走Seurat标准流程

刘小泽写于19.10.15笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索10XGenomics技术相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55第二单元第7讲：走Seurat标准流程【文章结构总-分-总，结尾有完整的代码，熟悉者前面可以跳过，去看后面8min完成的代码】前言前面介绍了自己利用cellrangerc

幸福的小酒瓶·2024-09-07 18:25

scRNA-data中的R值

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心当我们测序拿得到各个样本中基因的表达值，就可以用基因表达值来表征样本间的相关性代码如下：#样本间相似性：R值相关性捕获到的基因在两个样本间表达趋势一致性exp_RNA1000)head(label)ggPoint(x=df$fed,y=df$memory_66d,size=1,title="r=0.41",colorDensity=TRUE,continuousSet

武艺晴小朋友你好·2024-09-07 17:17

文献01-单细胞多组学

|LINGER从单细胞多组学数据推断基因调控网络生信乐园#scRNA-seq数据分析#scATAC-se

hlllllllhhhhh·2024-08-21 20:54

scIMC：scRNA-seq插补方法基准

在scRNA-seq中一个主要的挑战即为“dropout”事件，它扭曲了基因表达，显著影响了单细胞转录组的下游分析。

tzc_fly·2024-02-19 12:03

单细胞scRNA-seq学习笔记5-单细胞异质性和批次效应

今天继续搬砖主要学习了一下内容：单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵-https://www.jianshu.com/p/33a7eb26bd31单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性-https://www.jianshu.com/p/2b16c40088db单细胞转录组数据校正批次效应实战（上）-https://www.jianshu.com/p/7b3d3a

天涯清水·2024-02-11 14:47

Scillus——提高scRNA-seq数据的处理和可视化(一)

通过对Seurat包的装饰，提高scRNA-seq数据的处理和可视化能力Scillus有两种使用方式：从原始数据开始，您应该浏览以下所有部分。

denghb001·2024-02-10 04:10

scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装

2020/5/25，下定决心用R语言了，Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞测序领域主要还是R的天下。（发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow！说明R也可以用于深度学习）注意下载软件的时候最好右键复制下载链接到迅雷或者其他下载器里下载，比chrome的直接下载快很多。一、Windows下R软件的下载和安装在官网里选择一个镜像下载适用于Window

切瓜少年·2024-02-03 20:37

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记scRNA-seq技术scRNA-seq分析流程数据预处理聚类标准化数据筛选有用的数据数据降维聚类Clustering注释细胞类型scRNA数据分析结尾该笔记来源于

是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:38

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记

该笔记来源于CostaLab-BioinformaticsCourse另一篇关于scRNA-seq的请移步单细胞ATAC测序前言因为我的最终目的是scATAC-seq的数据，所以这部分只是分享下我刚学的

是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:36

Scillus——提高scRNA-seq数据的处理和可视化(二)

数据处理1.加载原始数据首先要加载scRNA-seq原始数据：library(Scillus)library(tidyverse)library(Seurat)library(magrittr)scRNA500&

denghb001·2024-02-01 23:51

单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结

自从2009年**单细胞转录组测序（single-cellRNA-seq，scRNA-seq）**技术首次问世，至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。

AIPuFu·2024-02-01 09:22

单细胞转录组数据分析的10大软件/流程

正好我们前面一篇文章介绍了这样一个开源数据库：https://www.scrna-tools.org/，里面收集了几乎所有的单细胞数据分析工具，我们在这个网站上通过工具的引用数排序，截取前10行结果，得到目前引用数最多

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-01 09:21

Cell type identification in scRNA-seq data

本课件介绍了单细胞转录组数据分析的一个分析点：细胞类型识别。注意区分细胞类型与细胞状态目前大部分细胞类型的定义只能定义出已知的细胞类型，出现定义不了的细胞很正常大部分细胞类型定义工具都是需要先验知识的，也就是监督的学习细胞类型与细胞聚类之间的差异。本文介绍了几款分析工具，主要介绍SingleR的原理其他的没有介绍，不代表不重要。你需要多尝试几款工具，并在这个过程中理解细胞定义的一般思路。Thisl

周运来就是我·2024-01-31 16:32

Seurat24式太极拳之9单鞭---用于sctransform的标准化值存储在哪里？

九、单鞭转体运臂右脚内扣上体右转勾手收脚转体上步弓步推掌如我们的论文所述，sctransform使用“正负二项式回归”计算scRNA-seq数据中的技术噪声模型。该模型的残差为归一化值，可以为正或负。

Seurat_·2024-01-31 13:24

【细胞通讯】CellTalk

单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的发展可有效帮助研究人员认识细胞表型的异质性和复杂组织的细胞类型组成，促进了单细胞分辨率下对细胞间通讯的系统研究。

jjjscuedu·2024-01-31 10:13

评估LLM在细胞数据上的实用性(4)-插补，模拟生成，涌现

一般来说，插补有两个目标：对scRNA-seq数据进行插补，以减少数据噪声，并用具有生物学意义的值填充技术导致的零值。由于看不见或无法测量的基因，对空间转录组数据进行插补。

tzc_fly·2024-01-30 13:27

超过1000种工具揭示了单细胞RNA数据分析的趋势

文章：Over1000toolsrevealtrendsinthesingle-cellRNA-seqanalysislandscape杂志：GenomeBiology年份：2021从2016年开始，scRNA-tools

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:16

Seurat4.0：空间转录组与scRNA-seq参考整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。

Seurat_·2024-01-29 14:33

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析迁移之scGCN

图片.png单细胞组学数据，例如转录组（scRNA-seq），表观组（scATAC-seq）记录了细胞间的分子水平的差异性和相互作用，使生物学家得以深入了解复杂生物生态系统的单个细胞组成部分。

单细胞空间交响乐·2024-01-27 21:29

scATAC文献：利用scRNA-seq和scATAC-seq研究灵长类中间神经元发育过程中的进化保守和非保守调控

Evolutionarilyconservativeandnon-conservativeregulatorynetworksduringprimateinterneurondevelopmentrevealedbysingle-cellRNAandATACsequencing期刊：CellResearch发表时间：2022年3月技术：scRNA-seq

科研菜鸟·2024-01-27 16:09

【Single Cell Genomics】Part1 单细胞基因组学

文章目录1SingleCellGenomics1.1Whysinglecells1.2传统singlecell分析1.3scRNA-seq2ScalingupscRNA-seqtechnology2.1

丸丸丸子w·2024-01-25 20:24

2021-11-26

前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析，从而定义在肿瘤微环境中诱导的分子免疫状态；通过测序将免疫细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq

图灵基因·2024-01-23 22:41

scRNA-seq Course 学习

对scRNA-seq的介绍scRNA-seq是对单个细胞进行测序分析，便于研究单个细胞水平的问题，例如：鉴定细胞类型，鉴定细胞基因表达差异，细胞反应的差异，单个细胞内部的基因表达调控。

劳工小朋友·2024-01-20 01:29

一文带你读懂单细胞测序

单细胞转录技术（scRNA-seq）非常适合研究样本中各个细胞基因表达的异质性，其经典流程：分离单细胞（核），将RNA转换为cDN

生信大碗·2024-01-18 00:53

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

从样品制备上来讲，除原生质体难制备之外，scRNA-seq的样品要求较高，除了对数目有要求外，对细

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。

晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

风湿病年鉴 | scRNA-seq研究揭示骨关节炎患者的半月板退变新机制

骨关节炎（osteoarthritis,OA）是关节外科目前最常见的退行性疾病，其中，膝关节病变占85%。国内外流行病学显示，在60岁以上的老年人中，约40%女性和20%男性会出现膝骨性关节炎相应的不适症状。随着中国人口的老龄化，骨关节炎的发生率逐渐增加，是导致中老年人群生活质量降低，医疗费用增加，残疾率升高的主要原因之一。近年来，行膝和髋关节置换术的骨关节炎晚期患者不断增加，有研究预测，关节置换

生信宝典·2024-01-14 14:48

【单细胞组学】scCITE-seq（单细胞转录组+细胞表面蛋白表达）

单细胞水平的测序技术发展的越来越快，目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。

SciNote·2024-01-05 13:43

单细胞拟时序分析 | diffusionMap

1.简介DiffusionMap（扩散映射）是一款R软件，通过高斯模型和马尔科夫模型，把单细胞（scRNA）表达矩阵的非线性结构映射为连续性结构，并关联至对应细胞分组。

biomooc·2024-01-01 00:02

2022-07-18

CommBio|TAS-Seq提高单细胞测序准确性原创图灵基因图灵基因2022-07-1809:04发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术日本科学家开发了一种新的DNA扩增和测序方法，可提高单细胞RNA测序（scRNA-seq

图灵基因·2023-12-30 00:53

Clustering of scRNA-seq data

单细胞分析的一个亮点就是可以找出细胞的异质性，也就是可以对细胞进行分群，找出有意思的亚群。所以这节课很重要：数据聚类。数据质控：选择高质量的数据进行聚类特征选择什么叫聚类为什么说聚类是非监督学习如何面对不同聚类算法得到的不同的结果介绍了几种常见的聚类算法ThislecturebyAhmedMahfouz(LeidenComputationalBiologyCenter,LUMC,Netherlan

周运来就是我·2023-12-29 23:49

2021-09-03

Cell|37万单细胞测序揭示人类结直肠癌中的多细胞免疫中心原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：存在一棵树IF=41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、开发了一种基于scRNA-seq

图灵基因·2023-12-28 23:50

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

image研究内容：研究人员使用mCEL-Seq2进行了9例未患病肝脏组织的scRNA-seq。所创建的细胞图谱涵盖了所有重要的

生信宝典·2023-12-27 07:53

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（七）：空间转录组分析

10XVisium平台的空间转录组数据在许多方面是类似于scRNA-seq数据的，它包含5-20个细胞而不是单个细胞的UMI计数，但仍然与scRNA-seq相同，数据非常的稀疏，同时还具有相关组织中空间位置的附加信息

夕颜00·2023-12-17 01:04

【生物信息学】scRNA-seq数据分析（一）：质控~细胞筛选~高表达基因筛选

文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.质控2.细胞筛选3.高表达基因筛选一、实验介绍质控~细胞筛选~高表达基因筛选二、实验环境1.配置虚拟环境可使用如下指令：condacreate-nbiopython==3.9condaactivatebiopipinstall-rrequirements.txt 其中，requirements.

QomolangmaH·2023-12-16 14:11

【单细胞】scRNA-seq VS snRNA-seq

https://isbscience.org/about/what-is-systems-biology/单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的飞速发展使人们对组织中细胞种类、细胞的特殊状态有了深入认识

jjjscuedu·2023-12-04 19:44

TimiGP细胞互作算法

hx2024·2023-12-03 15:04

MAGIC||利用流形学习还原单细胞的基因表达

这些基因信号的缺失，将影响对基因间调控关系的解释，因此scRNA-seq数据的稀疏可能会阻碍下游的分析，难以建模和处理。

生信编程日常·2023-12-01 21:15

Seurat(v4)官方教程 | Introduction to scRNA-seq integration

https://satijalab.org/seurat/articles/integration_introduction.htmlhttps://blog.csdn.net/zengwanqin/article/details/114969068IntegrationgoalsThefollowingtutorialisdesignedtogiveyouanoverviewofthekinds

生信小博士·2023-11-30 16:27

2021-05-16 scRNA基础分析：差异基因富集分析

此前的分析我们按转录特征把细胞分成了很多类别，例如seurat聚类分析得到的按cluster分类，singleR分析得到的按细胞类型分类，monocle分析得到的按拟时状态（state）分类。不同的细胞类型之间，有哪些表达差异基因呢，这些差异基因有特别的意义吗？基因差异表达分析#基因差异表达分析library(Seurat)library(tidyverse)library(patchwork)l

学习生信的小兔子·2023-11-28 18:03

scDrug：从scRNA-seq到药物反应预测

scRNA-seq技术允许在转录组水平上对数千个细胞进行测量。scRNA-seq正在成为研究肿瘤微环境中细胞成分及其相互作用的重要工具。

tzc_fly·2023-11-25 14:38

Dimensionality reduction of scRNA-seq data

本课件介绍了单细胞数据分析过程中的降维分析。为什么要降维？在单细胞分析中两种降维方式的区别？PCA分析的基本原理几种其他的降维分析方法tsne与UMAP分析的区别与联系urlThislecturebyPauloCzarnewski(NBIS,ELIXIR-SE)ispartofthecourse"SinglecellRNA-seqdataanalysiswithR"(27.-29.5.2019).

周运来就是我·2023-11-25 07:27

关于植物单细胞转录组提核还是制备原生质体的思考

首先，上个表：表1植物单细胞转录组方法学对比项目提（抽）核snRNA-Seq原生质体（解离）scRNA-Seq细胞大小对细胞直径无限制细胞最大直径<40微米细胞类型全面性更全面，破碎提核法对不同类型细胞通用

SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:56

单细胞36计之18擒贼擒王---单细胞与空间转录组整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。2018。

Seurat_Satija·2023-11-23 05:41

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